两宋时期，兼习《华严》或专业《华严》的学僧遍布南北各地，以杭州慧因寺集中的人最多，被视为中兴华严宗的基地。实际上，自宗密后，华严与禅宗融合，并没有一个师徒相承的华严宗法系。但是，后出史书把北宋僧人子璿(一作濬)归于宗密下的法灯系，再传净源，使宋代华严宗传承一直未断绝。尽管传法世系并不重要，子璿的华严师承也不明确，但慧因寺系的确是两宋华严学最重要的一支。
一、子璿的《楞严经疏》
子璿(965—1038)是嘉禾人，幼年出家，先从天台宗僧人法敏习《楞严经》，又从临济宗汾阳善昭系下的琅琊慧觉习禅。慧觉告诉他：“汝宗(指华严宗)不振久矣，宜励志扶持，以报佛恩。”(《佛祖统纪》卷二十九)这表明，子璿是以华严宗僧人身份习禅的。但是，早期传记中并没有介绍他的华严宗师承，他本人日后也没有华严方面的著作。子璿离开慧觉后，住长水寺，以研究、宣讲《楞严经》和《大乘起信论》为主，听其讲经者近一千人。
子璿主张禅教融合，这既与他的求学经历有关，也与当时佛教界的潮流一致。他常对学僧讲：“道非言象得，禅非拟议知；会意通宗，曾无别致。”(《补续高僧传》卷二)对教与禅的这种态度，同时得到两方面的欢迎。
子璿的代表作是《楞严经疏》十卷(今本《首楞严经义疏》为二十卷)，因“御史中丞王随序而行之，纸为之贵，赐号楞严大师”(《补续高僧传》卷二)。《佛祖统纪》卷二十九谓此书是“以贤首宗旨”解释《楞严经》。最早认为子璿以注解《楞严经》宣扬华严教义的是其弟子净源。他在《教义分齐章重校序》中说：“若清凉(澄观)之释大经，圭峰(宗密)之解《圆觉》，长水(子璿)之注《楞严》，皆所以抗志一乘，潜神五教。”净源是在重校法藏的《五教章》时讲这番话的，实际上是把子璿与法藏、澄观、宗密并列，子璿被纳入华严宗系谱，与毕生以中兴华严寒为己任的净源不无关系。
从《楞严经疏》看，子璿的确有改造此经观点，使其符合华严宗教义的倾向。《首楞严经·大势至获念佛圆通章》中有一段：
若众生心忆佛念佛，现前当来，必定见佛。去佛不远，不假方便，自得心开。如染香人，身有香气，此则名曰香光庄严。我本因地，以念佛心，入无生忍。
这一段是说，人们心中想无量寿佛的形象，口中念其名字，就会见到佛，通过见佛而获得成佛解脱(入无生忍)。这是强调所见到的佛是真实存在的，并不是虚幻的假象。子璿对这一段的释文是：
念佛心者，初即以生灭心缘佛相好，专注一境，心无间。然见佛相好，如镜现像。复观所念之佛，俱为虚妄，本无自性，从念想现。故能念之心已起，未起自何而有?不见一法，毕竟空寂，本来离念。离念相者，等虚空界，无所不遍，法界一相，即是如来平等法身，故曰无生忍。
由于念佛者执著于忆念佛的庄严相貌，见到佛的幻影，这并不是真佛。子璿此说否定《楞严经》所宣扬的念佛法门，只把它视为一种修行方便，不把它作为真正的解脱之路。认为见到的佛“俱为虚妄，本无自性”，是人心产物的观点，与华严宗强调的“心造诸如来”相一致。子璿把“入无生忍”定义为观想“法界一相”、“如来平等法身”，虽与华严宗的“法界观”有相当距离，但与华严宗对“法身”的认识基本一致。因此，《楞严经疏》达不到净源所说的“抗志一乘，潜神五教”的程度，但它接受华严思潮的影响是明显的，而且与当时的禅学不矛盾，有更广泛的适应性。
子璿重视《楞严经》，得到净源肯定和推崇，影响其后的关注华严教义者兼重此经。令观(998—1088)是莆田人，俗姓黄，13岁出家广化寺，18岁受具足戒。他先热衷于《周易》、《老子》、《庄子》、《孟子》诸书，后专研大乘佛教经论。当他读《楞严经》时，“骇然大悟”，宣称：“世徒传当年《圆觉》之圭峰，何知不有今日《楞严》之我耶?”(《补续高僧传》卷二)这种轻《圆觉经》，重《楞严经》的倾向，以后影响了南宋时期慧因寺系的诸多僧人，并引起激烈论辩。另有无演天彭(?—1100)，曾从晓颜法师习《华严法界观》，但后来他“于《楞严》了义，指掌极谈”(《补续高僧传》卷二)。专就《楞严经》和《圆觉经》而论，在主导思想上都既与华严教义有相通处，也有不同处。此后华严学僧中出现重此轻彼的现象，主要原因不在经典本身，而在如何维护《华严经》地位，如何继承唐代华严学说方面。
子璿的另一部重要著作是《大乘起信论笔削记》二十卷。此书更便于和华严学相联系。唐代华严学说中，渗透了《起信论》的多种思想因素。到了宋代，关注华严教义的学僧中兼重此论者不乏其人。稍早于子璿的东京开宝寺守真(894—971)，一生“讲《起信》及《法界观》共七十余遍”(《宋高僧传》卷二十五)。从子璿习《起信》的净源此后接受了这个传统，从重视《起信论》中提出了排定华严宗初祖的法系传承说。总之，子璿并不是研究和弘扬《华严》的学僧，他被纳入华严系谱，与其弟子净源以后在慧因寺中兴华严宗有直接联系。
二、净源中兴华严宗事迹
净源(1011—1088)被称为宋代华严宗的“中兴教主”，他振兴华严宗的工作包括四个方面：其一，建立了永久弘扬华严宗的基地慧因寺；其二，终生致力于华严典籍的收集和整理；其三，提出华严宗新的传法世系；其四，以华严教义解释其它较流行的佛教典籍，促动华严学在整个佛学中的运行。
据《佛祖统纪》卷二十九、《武林西湖高僧事略》裁，净源俗姓杨，字伯长，泉州晋水(今福建晋江县)人。初依东京报慈寺海达法师出家，后游学南北各地。受具足戒之初，即随横海明覃习《华严经》，又习李通玄的《新华严经论》，曾到五台山求学于华严名僧承迁。最后又南返从学于长水子璿，习《楞严经》、《圆觉经》和《起信论》。净源离开子璿后，主要活动于江浙一带，住持过多处寺院，有泉州清凉寺、苏州报恩寺、杭州祥符寺、秀水(今浙江嘉兴)青镇的密印宝阁、华亭(今江苏松江)普照的善住宝阁。其后，在杭州的左丞蒲宗孟上奏朝廷，将杭州慧因禅寺改为教寺，命净源住持，使该寺成为永久弘扬华严宗的道场。宋代华严学的研究和传播中心地由此建立，历时长久不衰。
宋哲宗元祐元年(1086)，高丽僧统义天航海来宋，上表四次，请传授华严教义，以便归国弘传。朝廷命有关部门推荐可以传授华严学的法师，首选的便是东京觉严寺的诚法师，困他“讲《华严经》历席既久”(《补续高僧传》卷二)。但诚法师上表推荐净源，于是朝廷采纳他的建议，命与诚法师关系较密切的杨杰送义天到杭州慧因寺。义天在请教净源的同时，也带来了许多国内已佚失的唐代华严注疏，丰富了慧因寺的藏书。义天回国后，于第二年遣使送来金书《华严经》的三种译本一百八十卷，即“六十华严”、“八十华严”和“四十华严”，净源建华严阁安置。
经历唐末五代的动乱和灭佛运动，至北宋时，唐代华严类著述大多散失，净源常年致力于华严典籍的搜集和整理。由于他游学南北，熟悉各地的佛教情况，所以他对每一种重要著作校订和注解时，务必收集历代的注疏本，加以整理，刊出统一的注本。他所整理和注解的，包括了法顺、法藏、澄观、宗密等人的著作。在北宋时期，他是接触唐代遗留下来的华严典籍最多的人之一。他本人的著作，也以整理文献为特点。从他的记述中，可以了解唐末五代至北宋华严典籍的流传情况，以及华严学的发展情况。
第一，关于法顺的著作。从澄观开始，《华严法界观》即被认定为法顺所作，此书在宋代为华严学僧所重视。据净源《法界观助修记序》(参见《圆宗文类》卷二十二)介绍，为此书作注解者“殆盈四家：西蜀仁周法师、开宝守真大师、淅水从朗法师、景德有明大师”，可见《法界观》流行之广。净源认为，所有这些注疏本“虽皆连疏累偈托文为证，而于所解之义，有多互违者”。所以他“删众说之繁文，补诸祖之要义，勒成两卷”，以便传于后世，有助于学僧修习。他改订重编的注疏本，即《法界观门助修记》二卷。
第二，关于法藏的著作。净源整理、校释的法藏著作主要有四部，首先是《五教章》。当他随横海明覃习《华严经》时，即认为《五教章》“开一乘之渊旨，发五教之微言，故其立言判义，独耀古今。兹实先圣之遗烈，作后世之龟鉴者也”。但是，当时流传的《五教章》各本“其间标题有乖谬(书名不统一)，列门有参差(段落错乱，如第九门与第十门颠倒)，传写有讹误(错字别字很多)”。鉴于有此“三失”，净源收集南北各地流传的多种本子，“与二三子详校其辞，以垂当世”(《教义分齐章重校序》，见《圆宗文类》卷二十二)。
第二部是《华严经义海百门》。据此书“详校题辞”，净源曾花费数年时间，“遍搜古本，历考十门以前之九门，具彰序意(指《义海百门》所述十门之前的序言)，列义通结，唯后之一门。亡其通结(指十门之后没有与前面序言相对应的结语部分)，或诸本传写缺文耶，或祖师立言互略耶”。这是对此书结构逻辑关系的考证，对此书是否有缺文，还不能肯定。另外，原第六门为“圆明解缚”，属误题，改为“差别显现”。
第三部是《妄尽还源观》。北宋天台宗人认为此书是法顺作，孤山智圆即持此说。净源在阅读唐裴休的《妙觉塔记》时，发现裴休认为此书是法藏作，于是根据法藏的其它著作证实此说。熙宁元年(1068)，净源带上所收集的“诸郡《观》本”，请教钱塘通义子宁，又找出《妄尽还源观》中与《华严经义海百门》、《般若心经疏序》等相同的句子。从此，《妄尽还源观》被公认是法藏的著作。
在考证《妄尽还源观》的基础上，净源于元丰二年(1079)作《华严妄尽还源观疏钞补解》一卷。早在景祐年中(1034—1037)，净源在昆山慧聚法师处习《妄尽还源观》，所用疏文及科文均为法灯所作。净源认为，法灯大师“所释序文及诸观义，虽尽乎善，而未尽乎美”，所以，他“探清凉之疏旨，索《演义》之钞辞，补其遍善之功，成其具美之绩”。这是说，他要用澄观的《华严经疏》和《演义钞》来补法灯疏文之不足。实际上，他的疏文除引用澄观著作外，还引用了法藏的其它著作，以及僧肇的《肇论》、《宝藏论》(传为僧肇所作)等。特别引人注目的是，他还引用了子璿的《大乘起信论笔削记》。他受子璿重《起信论》的影响，并结合对法顺《法界观》和法藏《妄尽还源观》的理解，提出了马鸣为华严宗初祖说：
帝心(杜顺)冥挟《起信》，集三重法界(指《华严法界观》)于前；贤首显用论文，述六门还源(指《妄尽还源观》，此书分为六门)于后。推是言之，以马鸣大士为吾宗初祖，其谁谓之不然。(《华严还源观疏钞补解序》)
《起信论》传为印度马鸣所著，因认为此论弘扬华严宗旨，所以立马鸣为华严宗初祖。另外，净源还认为传说是龙树所撰的《十住毗婆沙论》与《起信论》性质相同，所以立龙树为二祖，加上从法顺到宗密的唐代五位祖师，即成“华严宗七祖”说。建立华严宗的新法系，也是净源中兴华严宗的一个重要内容。
第四部是《华严金师子章》。由于此书是简要介绍华严宗教义，文简义丰，易于理解，在宋代佛教界流传很广，所谓“禅丛讲席，莫不崇尚”。就其注疏本言，净源见过四家，“清源止观禅师注之于前，昭信法灯大士解之于后。近世有同号华藏者，四衢昭昱法师，五台承迁尊者，皆有述焉”。净源认为这四家注解“或文繁而义缺，或句长而教非”，于是“探讨晋经二玄，推穷唐经两疏”，选取其中“与祖师章旨炳然相符者，各从义类以解之”。他是参考智俨、法藏(晋经二玄)和李通玄、澄观(唐经两疏)的著作来注解《金师子章》，实际上释文中还引用了宗密等人的著作。净源注《金师子章》的著作名为《金师子章云间类解》，一卷，其序文作于元丰三年(1080)。
第三，关于澄观的著作。净源曾抄澄观的《华严经疏》，注于《华严经》经文之下，以便于观览，今存五十八卷。
第四，关于宗密的著作。治平二年(1065)，慧因寺的可中作《原人论》科文及赞，送净源审阅。熙宁七年(1074)，净源著《原人论发微录》三卷。此书引用典籍较多，尤其多引儒家和道家的典籍。但净源认为，此书是“录广钞之要辞，发斯论之微旨”，“然既录论主钞辞以发微旨，故号之曰《发微录》焉”。他用宗密的《圆觉经大疏钞》来解释《原人论》，其目的在于让人们全面理解宗密的著作。
以上是净源在整理和注释唐代《华严》注疏方面的主要著作，此外他还有《注仁王护国般若经》四卷、《佛遗教经论疏节要》一卷、《华严普贤行愿修证仪》一卷、《圆觉经道场略本修证仪》一卷、《首楞严坛场修证仪》一卷、《肇论中吴集解》三卷和《绪论集解令模钞》等。
就净源有关华严方面的著作言，具有传播华严学知识的特点。他的教学目的之一，是让学僧系统学习唐代《华严》注疏之作，融合各种不同见解，兼容并蓄。他在《策门三道》中提出三个令学僧思考的问题，前两个是《贤首判教》和《判教有差》，都是讲法藏与宗密在判教上有不同点，让人思考其不同的原因。第三个是《儒释言性》，列举儒家各种心性说，让人思考有哪些与佛教的心性论相同。这是把融合的范围扩大到儒释两教。总的说来，净源在华严学说方面的议论，没有超出唐代华严学。所谓华严宗的中兴，并不表现在提出新理论方面。
三、以华严释《肇论》的途径
除华严类典籍外，净源还研究过《肇论》，著有《肇论中吴集解》和《锗论集解令模钞》。前一部书是净源整理中吴秘思法师的遗稿著成，后一部书是对前者的再解释，并不是直接注解《肇论》本文。中吴秘思法师生前“久传《四绝》(指《肇论》)，名冠环中”(净源《集解题辞》)，所以，这两部书的学说特点，不仅反映净源本人的思想，而且反映北宋佛教界在理解《肇论》方面带普遍性的倾向。
《肇论中吴集解》在《宗本义》前题：“宗本之要，其妙明真心乎!然则心之为义，有性焉，有相焉。推之于相，万物不迁也；本之于性，万有不真也。统而括之，唯真俗二谛而已。夫观二谛之交彻，非般若无以穷其源。穷源极虑，故能内鉴照其真，外应涉乎俗。涉俗亡染，大悲所以不住；照真亡缘，圣智所以无知。以圣智无知之因，冥涅槃无名之果。”这段论述是讲《肇论》四篇论文的逻辑结构，也是对《肇论》学说的概括。按照这种解释，《肇论》学说建立在“真心”(即一真法界)论的基础上。由于“心”有性和相两方面，所以《物不迁论》是讲“心”的“相”，即由心产生的一切事物；《不真空论》讲“心”之“性”，即心的实体。把两者结合起来，不过真俗二谛，而《般若无知论》和《涅槃无名论》正是分别讲这两者。这实际上是用有宗改造空宗，用华严教义解释《肇论》。
以华严宗教义释《肇论》，是两部书的共同特点，以两书对“不真空”的解释为例可见。《肇论中吴集解》在释《宗本义》文中指出：“幻有即是不有有，真空即是不空空；不空空故名不真空，不有有故名非实有，非空非有是中道义。”《肇论集解令模钞》在释前者的《不真空论》解题文时指出：“直以非有非真有，非无非真无。非，不也，《演义》云：以不不之，故云不真空。”僧肇所讲的“不真空”，意为“不真”即是“空”，一切事物是虚假存在(不真)，此即为“空”的体现，并不承认有一个实在的心生起一切事物。唐代元康的《肇论疏》也以“不真即空”释“不真空”。净源则认为“不真空”是“不空空”，即不把“空”空掉。这样，“不真空”就是“不是真正的空”之义。这是强调“真心”的实存。
把《肇论》般若学进行改造，是净源的自觉行动，他曾因此指出僧肇的理论不足。《集解题辞》谓：“夫总万有之本，莫大乎一心，宗一心之源，莫深乎《四论》。昔者论主，生于姚秦，遮诠虽详，表诠未备。”“遮诠”是否定表述，“表诠”是肯定论述。般若学对一切都不作肯定回答，僧肇也继承了这种论证方式，所以他并没有肯定过“一心”的实存。《肇论集解令模钞》则进一步指出批评僧肇“遮诠虽详，表诠未备”的原因：“言遮诠虽详者，详，广也，以八部《般若》洎破相诸论，当姚秦时已传东夏，故云虽详。表诠未备者，如《华严》梵文虽赍此土，而未翻宣。《楞严》、《圆觉》诸经，《起信》、《十地》诸论，犹在西竺。唯《法华》、《净品》等经流通于此，故云未备也。”此处所讲的僧肇未看到的几部经和论，是宋代佛教界比较流行的典籍，不仅仅为华严学僧所重。般若学的方法论已为佛教各派所吸收，而突出“真心缘起”，则是改造《肇论》的一个重要方面。
