武则天对《华严》的推崇，八十华严的译出，法藏成功的传教活动，使该经不仅受到义学僧人的普遍关注，也激发起有佛教信仰的知识阶层的研究兴趣，李通玄就是其中的著名代表。
李通玄在多方面继承了智俨、法藏的华严思想。他的独创学说，集中在三个方面：其一，对《华严》经文组织的诸种分类；其二，以《周易》释《华严》；其三，以三圣一体释佛菩萨的关系。李通玄的学说既有与华严宗理论完全不同的方面，又有构成从法藏到澄观理论过渡的重要内容。他的学说既是华严学的分流，又是华严学发展过程中不可或缺的一环。
一、生平与著作
大历五年(770)，照明因“访道君子”询问李通玄生平事迹之“始末”，本着“不敢不言”的态度，作《华严经决疑论序》，概要介绍其事迹。其后的《释大方广佛新华严经论主李长者事迹》(简称《李长者事迹》)、《唐李长者通玄行迹记》(简称《行迹记》)、《宋高僧传·法圆》、《隆兴佛教编年通论》等，所记史实与照明记述有显著出入。对于诸种异说的来源已难详考，鉴于照明与李通玄来往甚密，曾“亲承训授，屡得旨蒙”，可以主要依据他的记述了解李通玄的生平事迹。
据照明介绍，李通玄是北京(今山西太原)人，李唐王室后裔，卒于开元十八年(730)三月二十八日。照明没有说李通玄的生年和年龄，从他说李通玄在则天朝之前就年过四十分析，后出史书谓李通玄卒时九十六岁的说法基本可取。以此推断，李通玄当生于唐贞观九年(635)。
李通玄年轻时代“学非常师，事不可测，留情《易》道，妙尽精微”。对《周易》的精通，也表现在他以后注解《华严》的著作中。他“放旷林泉，远于城市”，一直过着游荡求学的生活。“年过四十，绝览外书”，从注重儒家经典转向佛教典籍。“在则天朝，即倾心《华严经》”。他首先接触的是晋译《华严》，并且“寻诸古德义疏”。当时他所能看到的“古德义疏”，也都是晋译《华严》的注疏之作。
李通玄对以往的注疏著作并不满意，“每掩卷叹曰：经文浩博，义疏多家；惜哉后学，寻文不暇，岂更修行”?《华严经》本来就因为篇幅长而不易学，加上注释者多，各自发挥一家之言，学者理解都很困难，修行更无所适从。这是促动他进一步研究《华严》的原因，同时也表现出他力图统一华严理论的意图。“幸会《华严》新译，义理完备”，李通玄即以注解唐译《华严》建立自己的理论。新经于圣历二年(699)译出，李通玄之前还没有系统注释此经的著作。新译经与旧译经的差别，对他提出独有见解有启发作用。
李通玄隐居著述始自开元七年(719)，离新经译出已有20年。据《宋高僧传》卷二十二《法圆》后附所记，李通玄携带新译《华严》从定襄(今山西境内)到并州(今太原)孟县西南同颖乡大贤村高山奴家，开始撰写注疏著作，三年足不出户。后又隐居神福山原下的土龛(即太原寿阳方山土龛)，继续从事著述，直到逝世。他在隐居著述期间，“每日食枣十颗，柏叶饼一枚，余无所须”，所以后世称他“枣柏大士”。
李通玄的首部著作是《新华严经论》四十卷，照明谓此书乃是“考经八十卷，搜括微旨，开点义门，上下科节”。《新华严经论》体例仿自《探玄记》，可以分为两部分。第一部分是前八卷，具有序说概论性质，即所谓“悬谈”性质。其中前七卷分十门释经，实际上是提出十个方面的问题，从总体上论述他的华严学说，并不是结合经文的注释。卷八是讲对全经的分段及注解形式。第二部分是卷九至卷四十，逐品解释经文，属于“随文释义”性质。尽管李通玄的后出著作在某些方面有发挥和补充，但此论基本可以反映他的全部学说内容。
李通玄完成《新华严经论》后，“犹虑时俗机浅”(《华严经决疑论序》)读不懂此论，又著多种篇幅较短的文章，具有简明叙述和补充说明的性质，其中最重要的是《略释新华严经修行次第决疑论》(简称《决疑论》)四卷，侧重从有利于学僧修行的角度释经。李通玄认为，《华严经》乃是“一乘圆教佛果之门”，《决疑论》“但略叙纪纲，广申难尽，意令行者顺辙，不枉其功。于此一部之经，略立十门，以知进修之轨”(《决疑论》卷一之上)。他把全部经文分成十大段，也作为修行的十个阶段，同时也视为佛果的十种表现。这样，经文结构、修行过程、佛果体现三者被紧密的结合在一起。《宋高僧传》卷二十二谓此论是“绾十会果因之玄要，列五十三位之法门”。实际上，李通玄在此论中对修行阶位的说法有多种，有说五位，有说六位，对“五十三位”也没有固定的说法。宋代张商英说：“五十三胜友者，五十则五位也，三则文殊、普贤、弥勒也。”(《决疑论后记》)因此，“五十三”有两个来源，也有两重含义：其一，指善财所参访的五十三位善知识；其二，指修行的阶位，即“十住”、“十行”、“十回向”、“十地”、“十一地”，这是“五位”，每位有十个阶位，即为“五十”，然后再加上文殊、普贤和弥勒三位，共计五十三位。但是，这已经是后起的说法。无论如何，李通玄在使修行过程条理化方面做了许多努力。
李通玄的现存著作还有《大方广佛华严经中卷卷大意略叙》(简称《华严经大意》)一卷，介绍《华严经》各卷的大意、主要内容或特点，每卷一般仅用二十余字概括。《十二缘生解迷显智成悲十明论》(简称《华严十明论》)二卷，取材自《入法界品》和《十地品》等处所述的十二因缘，从新的角度解释。认为十二缘生既是一切众生“逐妄迷真”、随生死流传的大苦海，同时又是一切诸佛众圣贤的“宝庄严大城”。这个一切诸佛的“功德海”，重重无尽，与一切众生犹如光影，没有障碍。迷于十二缘生者即为众生，悟十二缘生者即是佛。修行者只要用戒定慧观照的“方便”力，照见(认识、体验)自身心境体相都是“自性空”，即众生心就是“全佛智海”。这样，修行者求解脱，最终归结为“无劳远求，但自净其心”。从李通玄的论述可见，他是运用“此阎浮提即是莲华藏世界”的华严旧理论重新解释十二因缘，并突出强调唯心思想。从华严学发展的角度讲，没有创新内容。在宋代，此论为禅宗僧人所重。
除上述四种现存著作外，照明谓李通玄还有“《略释十玄六相》、《百门义海》、《普贤行门》、《华严观》及诸诗赋，并传于世”。“十玄”、“六相”是华严宗人普遍重视的，从李通玄现存著作的论述看，虽然在某些方面对这两说有小改动，但所反映的思想实质与法藏没有区别。
在李通玄的所有著作中，以《新华严经论》和《决疑论》流通较广。唐代宗大历九年(774)，僧人广超见到上述两书，请人抄写。唐宣宗大中年间(847—859)，福州开元寺沙门志宁将《新华严经论》的注疏部分会于经文之下，合成一百二十卷。北宋乾德五年(967)，惠研又予以整理，题名《华严经合论》，“人所贵重焉”(《宋高僧传》卷二十二《法圆》)。从北宋开始，李通玄的著作与华严宗人的著作并行于佛教界。
二、经文组织与判教之争
李通玄对《华严》经文组织提出多种新见解，主要是认为此经应是十处十会四十品。提出这种新说有两方面的原因：其一，晋译经与唐译经在品会上不一致，促使他重提已被智俨否定过的意见，并且予以发挥；其二，为了适应教义的需要，特别是为了适应重新划分修行阶位的需要。
在《新华严经论》卷七，李通玄集中论述《华严》应有的经文结构问题：“此经在晋朝之译，有三十四品，今于唐朝再译，为三十九品。又检《菩萨璎珞本业经》云：……佛子，第四，十一地心者，名入法界心……此即在《十地品》后，是第十一地等觉位。计此品名还名《佛华品》，为依法为名故。……如《璎珞本业经》，即是说《华严经》意，化诸三乘众生，诣菩萨树下，二重叙初成正觉时所说华严五位法门，具如彼经说，为《华严经》少十一地一品经，今将彼配勘，方知次第。后有闻者，不须生疑。但取彼经勘验，可知皂白。今以第三禅中说十一地《佛华品》，即总有十处十会四十品。”此处说十一地法门，地位行门，广如《璎珞经》说，此以当《华严经》来文未足。
晋译经有七处八会三十四品，唐译经有七处九会三十九品，正是这种差别，使李通玄认识到两经都不完备。认为《华严》有缺文，并非新见解，也不会受到非议，因为法藏就指出过两部译经都有缺文。但是，认为《华严》的缺文要由《璎珞本业经》来补充，认为《璎珞本业经》也是讲华严教义，这就不仅是要把该经与《华严》并列，而且是要把该经置于《华严》之上。这种取消《华严》独尊地位的倾向，自然要受到佛教界的抵制。但是，他认为华严学的发展是多途径的，不仅反映在《华严》中，也反映在《璎珞本业经》中；他认为《华严》的编集和翻译是有发展阶段的，汉译《华严》的缺文是“来文不足”所致，这些观点都是很深刻的，符合华严类典籍形成的历史真实。
李通玄把《璎珞本业经》作为最重要的一品纳入《华严》，使《华严》成了四十品，然后又对处(佛说法地点)和会(佛说法次数)重新划分，使原经的七处九会成了十处十会：
第一，菩提场会；
第二，普光明殿会；
第三，升须弥山顶会；
第四，升夜摩天会；
第五，升兜率天会；
第六，升他化自在天会；
第七，升三禅天会；
第八，给孤独园会；
第九，觉城东大塔庙处会；
第十，于一切国刹及尘中一切虚空法界会。
与唐译《华严》相比，李通玄增加了三“处”，即“升三禅天”，依《璎珞本业经》加；“觉城东大塔庙”和“于一切国刹及尘中一切虚空法界”，是把原九会中《入法界品》分为两“处”。在原“九会”中，李通玄把其中“普光明殿”的三“会”合为一，再把所分的“三处”也作“三会”，这样，就有处、会相当的“十处十会”。
李通玄对叫“十处十会”说有多种论证，论据之一，是认为《华严》以“十”为圆数，所以“此经中诸法，皆以十为圆数，不可但言七处九会之说”。论据之二，是认为《璎珞本业经》与《华严》有相同处，可以用其补《华严》之不足。的确，《璎珞本业经》在论述教义形式方面，在叙述修行阶位方面，在包容的某些学说方面，都与《华严》有相同之处，属于《华严》“眷属经”类。这类经典很多，并不限于此一部。但是，把此类经典与《华严》集成本并列，则是华严宗人一贯反对的。
关于《璎珞本业经》及《梵网经》与《华严经》的关系，早就引起华严学僧的注意。智俨在《孔目章》卷四专列“释《璎珞本业》、《梵网》二经显《华严经》一乘分齐义”一节，集中说明两经与《华严经》的异同。在《璎珞本业经》和《华严经》的关系方面，他认为：“依大经本(指《华严经》)所显义门相，即容融理事自在，所有教义，一即一切，一切即一，如帝网喻，无尽不同。”《华严经》是讲“一即一切，一切即一”及“无尽缘起”教义的，这是其它经典所不具备的内容。所以，“《华严经》是一乘摄”，《璎珞本业经》是“二乘摄”，性质不同，不能把它们同等看待。在涉及为什么《璎珞本业经》“会数具十，《华严经》本但有七八(指晋译《华严》的七处八会)”的问题时，智俨专门论述了对“十”的看法：
十数之义，含有二门，一成圆教门，二不成圆教门。……《璎珞》等十数，即是单别，不具一切圆故，入三乘摄。不具十义数，亦有二种，一目彼三乘，令人分解；二目彼一乘，就被下机。相对以显一乘，分据相显发门故，用不满十数教，入一乘摄。
在智俨看来，“十”虽然是“圆数”，但是它既可以用来论述圆教教义，也可以用来论述不是圆教的教义。《璎珞本业经》虽然讲“十会”，运用“十”来论述教义，但它讲的“十”不具备“一即一切，一切即一”的圆教性质，是三乘教义中所使用的“十”。同样，不用十数，也是既能论述圆教教义，又能论述不是圆教的教义。对于三乘教的经典，使用不足十的数字论述教义，是让人逐一理解；对于圆教的经典，使用不足十的数字论述教义，是为了照顾素质低下的人，便于他们理解。用十数或用不足于十的数，具有相互对照显示一乘(即圆教，均专指《华严》教义)的作用。智俨所述自然都是为维护《华严》的独尊地位，但他认为同一种教义内容可以根据条件具有不同的表述形式，同一种形式可以在不同条件下表述不同的内容，作为形式的圆数与作为内容的圆教既有区别又有统一，等等，都比李通玄把圆数(“十”)与圆教(华严教义)简单等同更有说服力。
李通玄的“十处十会”之说，在此后的佛教界有褒有贬，《宋高僧传》卷二十二“系曰”记：“或曰：李《论》中加乎十会，经且缺焉。依梵字生解，可非迷名耶?何长者说法之有!通曰：十会理有，宜俟后到之经。”《宋高僧传》作者承认“十会”之说有其合理因素。
天台宗除反对李通玄的“十处十会”说外，主要是站在本宗立场上，反对他贬抑《法华》的判教学说。《佛祖统纪》卷三十九谓，李通玄“用新译《华严经》造释论四十卷，其立论以十处十会盛谈法界，与藏法师(指法藏)疏旨不同。又以教主、请主等十别对胜《法华》，而不知《法华》是开权显实之谈，不识《华严》是兼别说圆之典，故多为吾宗所斥”。
这里的“教主”，指宣讲经典的佛，“请主”又称“请法主”，指请佛讲经的人。所谓“教主、请主等十别”，指李通玄在判教过程中对《法华》和《华严》所作的十个方面的比较。这属于判教问题，而关于《法华》的评价，正是李通玄判教与法藏判教的一个重要区别。
李通玄指出，他通过“参详”“藏法师等前诸大德”的理论，认为“《法华经》引权器以归真；《华严》者，顿大根而直受。虽一乘名合，法事略同，论其轨范，多有差殊”。法藏推崇《法华经》，称其为“同教一乘”，地位仅次于被称为“别教一乘”的《华严经》。虽有“同教”、“别教”的区分，但它们同属“一乘”。李通玄在承认两经“一乘名合”的同时，重点找它们的“差殊”。他“略举十门，用知纲目”。“十门”也就是“十别”，其中，“教主别”列为十别之首。李通玄认为：“此《法华经》即是化身佛说……如《华严经》则不然，教主则是毗卢遮那为教主者，即是法报理智真身。”这就是说，《法华经》是方便之谈，《华严经》是真实之理。“请法主之别”列在十别第四位。李通玄认为：“说《法华经》时，请法主者是舍利弗，以为劝请之首；说《华严经》时，佛令文殊、普贤随位菩萨各自说自位法门，为说法首……文殊、普贤，表因位可说，说佛果法，示悟众生。”(上引均见《新华严经论》卷一)舍利弗是小乘阿罗汉，只是听佛讲经；文殊、普贤是大乘菩萨，不是听佛讲经，而是自己讲佛法，孰优孰劣，自然很清楚。这些说法，都是为了贬抑《法华经》，说明它虽与《华严》同享“一乘”之名，但相差很远。
李通玄的判教是“十宗十教”，不同于华严宗法藏的“五教十宗”名目。李通玄在“依教分宗”时说：“已上分宗，皆是承前先德所立宗旨，设有小分，增添不同，为见解各别。大义名目，亦多相似。”(《新华严经论》卷一)通过评判佛教各派学说抬高本宗所尊奉的经典，进而抬高本宗的地位，对李通玄来说，的确没有必要。他的判教内容对其学说构成也没有重要影响。不过，相对于法藏的判教言，他贬抑《法华》的倾向还是明显的。在“十教”判释中，《法华》列在《华严》、《涅槃》之后；在“十宗”判释中，《法华》列在《华严》、《涅槃》和《大集经》之后。然而，《法华》、《涅槃》同属有宗系统经典，学说无实质性差异，孰先孰后，并不反映李通玄的佛学思想有什么变化。天台宗人对李通玄的指责，主要还是从维护本宗利益角度提出来的，不涉及有理论性质的义理之争。而在李通玄那里，宗派观念是没有的。他贬抑《法华》的主要原因，不过是针对法藏“同教一乘”之说提出一点小分别而已。
三、取象表法与得意忘象
以《周易》(包括经和传)释《华严》，是李通玄注经的显著特点，其中既有牵强附会的内容，又为改造华严经学提供了新依据，在更广阔的范围里实现佛学与中国传统思想的交融。
《华严》以“十方”指代所有空间，李通玄则以八卦比附，进而用华严理论改造。他在释《华严·入法界品》中指出：
主方神随方回转者，震、巽、离、坤、兑、乾、坎、艮、上、下二方为十方，皆有神随逐回转而行。……十方之法难量，一方之法具有十方，互体参差，卒申难明，但随世法及出世法，随事回转……以明法无定体，随事变通。(《决疑论》卷三之上《十行位》)
“十方”是八卦所指代的八个方位加上下两方，这是用《周易》比附《华严》。“主方神”指《华严经》描述的居于某一方的具体的神，随方位不同而神不同，这里指难得行神。它随方位变换移动，使十方均有神跟随。用“一即十，十即一”、“重重无尽”的理论注解这幅形象画面，就得出了一方中具有十方，方位无尽，神也无尽的结论。这样，《华严》所描述的有可视形象的神及其它在各方的游动，就被认为蕴含着“法无定体，随事变通”的义理。这里的“法”指佛的“果法”，即佛的不可言说、不可名状的境界。这个境界也就是最终要认识的真理。因此，李通玄也是通过揭示《华严》形象描述的象征含义来改造华严经学，提出自己的理论，走着与地论师以来的华严学僧相同的思维路线。所不同的是，他更侧重用《周易》来沟通华严经学说与他要论证的学说之间的联系。他先用《周易》比附《华严》，再通过这种比附来发挥，提出自己的学说。仅从下面一例中即可看到他这种注经特点。
用八卦加上下两方配“十方”，贯穿于他对整部经的解释中。《入法界品》讲善财童子一路南行，寻访善知识。李通玄解释“南”行之意：“明托方隅而表法，以南为正、为离、为明，以离中虚，以中虚故，离为明，为日，为九天。在身为头、为目、为心，心达虚无智。”(《新华严经论》卷三十四)李通玄以离卦解“南”行，赋予南方以《周易》含义，但这种比附只是手段，目的在于说明善财南行要获得“心达虚无智”，最终又使《周易》具有佛教的含义。他所引用的《周易》内容，最终要以与自己的华严学说相协调为原则。
李通玄把《华严》中所有形象描述都归结为“取像以表法”，把所有的叙事都归结为“托事以显像”。如他在解释一些神的形相时说：“如鸠槃荼王所除恶鬼趣者，以此大囊垂下如冬瓜，坐以踞之，行以置之于肩，取像表法，以大悲垂俗担负众生，无辞劳倦。摩睺罗伽王者，此是腹行大蟒之类，取像表法，以胸腹行是恭敬义。”(《新华严经论》卷三十三)鸠槃荼王携大囊的形相，象征他担负着救度众生的重任；摩睺罗伽王爬行，象征着恭敬。在李通玄的注经中，常用“取之以像，表之以法”，“故取之像，表其道也”，“是故如来取像世间法则用表其法，令易解故”。把佛所说的《华严》的一切叙述，都视为具有“像”的性质，认为其中蕴含着有待发掘的佛“道”、佛“法”，这就为大胆发挥、努力创造提供了可靠的信仰保障。
实际上，这是把《华严》视为与《易经》性质相同的书。《系辞传下》谓：“古者包牺氏之王天下也，仰则观象于天，俯则观法于地，观鸟兽之文与地之宜，近取诸身，远取诸物，于是始作八卦。”《易传》认为制作八卦的圣人是取象于天地万物，李通玄则认为《华严》是如来“取像世间法”而作成。取象范围不同，性质没有不同。他的释经方法，继承了玄学家注经的传统；他的释经根据，来自易学中义理派处理言、象、意三者关系的理论。
王弼《周易略例·明象》说：“故言者所以明象，得象而忘言；象者所以存意，得意而忘象。”“言”是卦爻辞，是语言文字；“象”是卦爻象，指所有物象；“意”即玄妙的义理。“言”是明象的工具，“象”是得“意”的工具。研究的目的是从言象中探其所蕴含的义理，“搜玄”、“探玄”一直是华严学僧的追求，这与“得意忘象”的思路一致。在李通玄这里，就说得更直截了当：
今如来以方隅而显法，令启蒙者易解故，若不如是彰表令生信者，启蒙何托?有言之法，皆是托事以显像，故得意者，法像俱真也，言默皆契。(《新华严经论》卷十五)
这样，出自佛之口的《华严》只是一种方便施设，《华严》中的所有记述都是“世间法”，同于《周易》中的言和象，释经的过程即为“得意”的过程，也就是“搜玄”、“探玄”的过程。然而，在“得意”之后，又是“法像俱真”，从另一方面肯定了《华严》字字句句都蕴含着真理。这与只讲“得意忘象”又有所不同。
李通玄在以《易》解《华严》过程中，望文生义的曲解、比附之处甚多，这是他受人指责的重要原因。如他以离卦释“南方”的同时，把“南无”一词中的“南”也当成指方位的“南”，大加发挥：“是故礼佛皆云南无，明南方虚无也。但虚无之理，是南方之义。又南无者，为明正顺，正顺虚无之理，故号南无。”(《新华严经论》卷十四)
以《易》解《华严》并非李通玄首创，华严学僧也是致力于吸收《周易》内容改造华严经学，把儒家思想纳入佛学。在李通玄之前的法藏，释善财童子“南”行时说：“其南有四义：一是正义，如指南之说等，表所向非耶故；二是背暗向明义，表舍障向理故；三是离增灭义，如日东出西没是增灭相，南离二边，表中道法界；四是生义，谓南主其阳，是其生义。”(《探玄记》卷十八)法藏把“南”释为“正”、“明”、“生”、“阳”，明显是受了《周易》的影响，在吸收《周易》内容的基础上发挥本宗教义。
在李通玄之后的澄观，对“南行”的解释基本承自法藏，但又增加了新内容，仅举其中一条：“二者，明义，表舍暗向智故。南方之明，万物相见，圣人南面听政，盖取于此。”(《华严经疏》卷五十五)《周易·说卦传》在解离卦时说：“离也者，明也，万物皆相见，南方之卦也。圣人南面而听天下，向明而治，盖取诸此也。”一望可知，澄观在法藏释文基础上所增加的部分，正是抄自《说卦传》的内容，只是个别字有变动。仔细对照，华严宗人的许多释经内容都和李通玄所述一样，是采自《周易》的。差别在于，华严宗人像避讳一样，不提《周易》，只是把其中的内容不声不响地搬到自己的著作中。自然，这些都是次要问题，主要的问题在于他们实际上和李通玄一样，把《华严》所述视为“托事显法”，“取像表法”，在搜寻玄理的思想指导下改造华严经学，建立中国的华严学理论。他们的释经方法，同于易学义理派释经的方法。
在李通玄的注释中，《华严》提到的佛菩萨和诸神，提到的名相、概念，大多数都与《周易》发生了联系。过多的牵强附会搭配，把佛学与儒学的融合变成了佛学与儒学的等同，产生了适得其反的结果。但是，李通玄所明确的释经理论，既为改造华严经学说提供了新依据，又揭示了华严学一个重要方面的内容，表明华严学始终在中国固有思想文化的制约、诱导下发展演变。
四、三圣一体说
在树立佛菩萨信仰方面，李通玄以前的华严学僧有自己的独特学说。就法顺系而言，法顺劝人依经修普贤行；智俨主张“隐于文殊，独言普贤”；法藏在用“因果”概括华严教义时，专以普贤代表“因”，与佛“果”相对而言。李通玄提出“三圣一体”说，彻底改变了此系重普贤轻文殊的倾向，为以后华严宗人建立新的佛菩萨信仰体系开辟了道路。
李通玄不再专用“因果”说明佛菩萨之间的关系，也不再专用“因”指普贤，他提出了佛和文殊、普贤三位一体的崇拜对象格局。他在概括《华严》全经宗旨时说：“说此一部经之问答体用所乘之宗大意，总相具德有三：一佛，二文殊，三普贤。”(《新华严经论》卷三)这是说，《华严》对佛菩萨诸种问答的形象描述，所要表达的根本宗旨，从总体而言是讲佛、文殊和普贤，这三者既是《华严》所树立的具体崇拜对象，也象征《华严》中所蕴含的全部义理。
李通玄之所以提出这三者，首先出于适应修行的需要。“修行者，常以文殊师利、毗卢遮那、普贤三法为始终之体。如修道者，虽有拟成佛之意，多有滞一法，不知进修之路。”(《决疑论》卷一之上)佛代表修行的目的，最终的觉悟解脱，文殊象征佛的智慧，普贤指代具体的修行实践。在整个修行过程中，不能“滞一法”，即不能对其中任一个或专重或专轻，即不可偏废。因为，佛果、佛智慧和作为佛智慧体现的各种实践法门，是贯穿于整个修行过程的，此“三法为始终之体”。三圣之所以能被结合在一起，关键就是在“体”相同上。
李通玄专门详细分析了对三者有偏废的危害：“三身一时，法合如是，废一不可。若废文殊存普贤，所有行门属有漏；若废普贤存文殊，所证寂定是二乘；若废佛存文殊、普贤，佛是觉也，无觉者故。以是义故，三人不可废一。若废一，三不成故。”(《新华严经论》卷五)这种从宗教修行角度的分析表明，在整个修行过程中，偏废其中任何一个都不能获得解脱，所谓“若废一，三不成”。等于说，偏废其中任何一个即等于偏废了一切。在李通玄看来，“三人体一，寄安五位，用接凡迷”(《新华严经论》卷五)。在修行的五个阶段(五位)中的每一阶段，都有佛果、佛慧和佛行的统一。
从当时华严学发展的状态观察，这种不可偏废说是直接针对华严宗人而发的。从用普贤行和佛果概括《华严》到用三圣概括，这个转变的特点是抬高文殊的地位。李通玄指出：“以文殊主法身根本智之妙慧，为一切诸佛启蒙之师，亦乃一切众生皆自有之，皆以此法初入圣智也。”(《新华严经论》卷三十四)以文殊代表佛的“妙慧”，并把它作为“入圣智”之“始”，这种观点不是李通玄的创造，最早研究《华严》的地论师就是这种认识，华严宗人也接受了这种认识，并运用它说明多方面的问题。但是，以同样的认识立论，却有不同的结论。李通玄把文殊视为佛的“妙慧”的象征，便抬高文殊的地位，把它与佛、普贤并列。智俨则因此贬低文殊，认为文殊“虽复始起发于妙慧，圆满在于称周，是故隐于文殊，独言普贤也”(《华严一乘十玄门》)。法藏也不否认文殊象征“妙慧”，但他全盘接受智俨的观点，在《华严策林》开头便谓：“夫华严宗旨，其义不一，究其了说，总明因果二门。因即普贤行愿，果即舍那业用。”专用普贤象征“因”，完全抛开了文殊。李通玄的三圣不可偏说，首先就是针对这种观点而发。
李通玄把三圣并列，要说明三点：其一，三圣代表佛教的全部；其二，文殊与普贤相对于佛是完全平等的；其三，它们各有分工，共同组成一个整体。为了说明这三个方面的问题，李通玄进行了繁琐论证，既有牵强附会，又有结合佛学、儒学的理论分析。概括起来，有三个方面：
第一，用三宝说明三者关系。李通玄指出：“如《华严经》三宝者，佛为佛宝，文殊为法宝，普贤为僧宝，是古今佛之旧法故。若合即一切皆同。”(《新华严经论》卷六)“三宝”原指教主释迦牟尼(佛)、教义(法)和出家信徒(僧)。三者的完备，标志了佛教的建立。后来，其中的“佛宝”含义广泛，可以指一切佛。用“三宝”概括全部佛教，的确是“旧法”。李通玄则用三宝比附一佛二菩萨的关系，即是用三圣概括全部佛教，而不是仅仅概括它的全部教义。
第二，用因果说明三者关系。李通玄谓：“佛表果德，当不可说、不可修、不可得、不可证，但因成果自得；文殊因位可说，以此说法身果德劝修；普贤自行可行，行其行诲，充满法界故。用此三德，将为利乐众生。”(《新华严经论》卷三)佛果是佛的境界，离言绝相，不可言说。可以言说的只是处于因位的文殊的“慧”和普贤的“行”。无论是文殊的“慧”还是普贤的“行”，相对于佛果而言，都由于处在同样的“因”位而完全平等。“慧”和“行”的平等无高下，表明既要重义理探讨，也要重具体实践。一方面，作为佛果有不可言说、不可仿修、不可获得和不可亲证的性质，另一方面，由于“因成果自得”，那一切“不可”又转化为“可”。文殊、普贤在本质上又与佛平等。
第三，用三智说明三者关系。这是李通玄“三圣一体”说中最有特色的部分，是他的立论基础，他的大多数议论由此展开。李通玄说：
此经具明，此无相法身、根本智、差别智三法，是一根本智之无相无作神用之源，皆遍周法界、虚空界也。此一部经，以文殊师利，此云妙德，明无相法身智慧门；毗卢遮那佛，此云种种光明遍照，以根本智光遍照种种众生。同行济生，名曰普贤。(《决疑论》卷一之上)
李通玄所讲的“三智”是法身智、根本智和差别智，三者以根本智为主。所谓“根本智”是佛独具的智慧实体，作为生起万有的本原而存在(神用之源)，并且是万法的本质规定(周遍法界、虚空界)。这个“根本智”有两重特性：其一是“无相”，不可言说；其二是“无作”，不可仿修。这个“根本智”由毗卢遮那佛表示。“法身智”本是佛的智慧，以因位的文殊象征法身智，说明这个“法身智”是处于世间的佛智慧，是可以言说的，是“有相”的。文殊所象征的法身智是“明无相法身智慧”，即要以“有相”表“无相”，这样就解决了根本智的“无相”方面的问题。普贤象征“差别智”，指具体的修行，佛的根本智通过世间的具体实践表现出来。有“行”即“有作”，普贤行即以“有作”体现根本智的“无作”，这样就解决了根本智在“无作”方面的问题。这种论证表明，法身智与差别智的统一，是实现“根本智”的必要条件。在这种宗教议论中，包含着强调理和行统一、认识和实践统一的思想。用三智说明三者关系，说明三者既有对立又有统一，共同组成了一个不可分割的整体。
在论述三圣关系中，李通玄也重视文殊和普贤之间的关系。他指出：“以文殊为法界体、普贤为法界用，二人互为体用；或文殊为因，普贤为果，或二人互为因果。此一部经，常以此二人表体用因果，今古诸佛同然。”(《新华严经论》卷十)文殊表“因”、“体”，普贤表“果”、“用”，这是两者关系具有确定性的一方面；文殊和普贤可以互为体用，互为因果，这是两者关系具有的不确定性的一方面。李通玄通过描述两者关系既确定又不确定的两方面，论证了文殊与普贤的绝对平等。
然而，文殊与普贤的真正关系，是建立在“三智”基础上的，是在与佛发生联系中体现出来的。李通玄谓：
文殊为小男，普贤为长子，二圣合体，名之为佛；文殊为法身妙慧，普贤为万行威德，体用自在名之为佛。文殊为小男者，为信证法身根本智慧，为初生故，因初证本智法身能生佛家故；普贤为长子者，为依根本智起行，行差别智，治佛家法，诸波罗蜜事自在故。(《新华严经论》卷四)
此段糅进了用《周易》比附两者关系的内容，但并不妨碍李通玄在“三智”基础上论证两者关系。在体现根本智的“无相”和“无作”两方面，文殊和普贤的关系始终是确定的。在李通玄的著作中，从多方面说明两者的这种关系，并且搭配运用了多种成对概念，使文殊与普贤的关系义理化。从其著作中挑出一小部分，表列如下：
“三智”是佛智慧的三种不同表现，用“三智”说明三圣关系，最终是三者的平等合一。李通玄指出：“文殊、普贤、毗卢遮那三法，体用平等，名为一乘。”(《决疑论》卷一之上)三者不仅在“体”上平等，而且在“用”上也平等，这是在承认三者有差别的基础上的完全等同。
李通玄的三圣说，建立了不同于此前华严宗人的佛菩萨崇拜格局。文殊和普贤的结合就是佛，强化了菩萨崇拜意识。三圣说既是讨论有可视形象的具体神灵，又是讨论纯思辨的抽象义理。对于思见菩萨求护祐的重灵迹者，对于追求心理体验的重禅观者，对于皓首穷经的重义理研究者，三圣说都有被接受的条件。
三圣说的产生，首先是华严学自身发展的必然结果，而它产生于五台山地区，又与其地佛教的特殊情况不无关系。五台山聚集着从事各种修行的僧众，有隐居名山一隅的依经修禅者，有身处名山大寺研究经典者，有以从事生产活动为修行者，有重念佛者，有重做法事者，更有不远千里而来朝圣的僧人和教外信仰者。在一定程度上讲，李通玄的三圣说正是对这种佛教综合体的理论概括。
李通玄是否认定五台山即是《华严经·菩萨住处品》中讲的清凉山，从他本人的著作中还不能断定。他说过：“东北方，此清凉山是也，经推在震旦国，亦曰支提那国。”(《新华严经论》卷十四)但他没有像其后的澄观那样明言：“清凉山，即代州雁门郡五台山也。”(《华严经疏》卷四十七)从《续高僧传》卷二十五《明隐》的记载看，道宣把文殊显圣于五台山推到北齐，说明至迟在唐初，人们已经普遍认为文殊与五台山有关系。《宋高僧传》卷二十一《牛云》记，开元二十三年(735)，牛云因“闻台上恒有文殊现形”而到五台。他说：“吾虽为僧，自身昏钝，不能诵念经法，此来欲求见文殊，只乞聪明果报。”这个后出的记载，反映了李通玄那个时代的情况。从三圣说抬高文殊地位这一点，也透露出一些文殊与五台山的关系。总之，李通玄学说的地方色彩是不可忽视的一个方面。
