元代和明代因距今时代较近，保存下来的佛教遗存也较多，著名者有山西广胜寺、北京法海寺和西藏地区的萨迦寺、哲蚌寺等多处。

    广胜寺，在山西省洪洞县东北17千米的霍山南麓。寺分为上寺、下寺和水神庙三处。上、下寺为佛寺，始建于唐代以前，元大德七年(1303)被地震毁坏，随之重建。现存主要建筑多建于元代。

    广胜上寺虽然大部分经明代重建，但总体布局仍沿袭元代。毗卢殿五间为元代遗存，结构奇特。广胜下寺的建筑主要建于元代，有山门、前殿、后殿和朵殿等。山门高耸，三间见方，造型别致。前殿五开间，悬山式，殿内仅用两根柱子，设计很精巧。后大殿建于元至大二年(1309)，七间单檐，悬山式，殿内有元代佛和菩萨塑像。殿内四壁元代曾满绘壁画，1928年被盗卖出国，现仅残存一小部分。两个朵殿为元至正五年(1345)建。

    水神庙供奉的是水神明应王，大殿称为“明应王殿”，元代延祐六年(1319)建造。殿内保存了绘于元泰定元年(1324)的戏剧壁画等多幅元代精美壁画，具有很高的历史与艺术价值。

    法海寺，在北京市石景山区翠微山麓的模式口村。建于明正统四年(1439)，为御用监太监李童集资兴建的。寺虽经后世修缮，仍具明代早期的建筑特点。大雄宝殿面阔五间，庑殿顶，外貌金碧辉煌。殿内保存了明代绘制的巨幅壁画，内容为佛、菩萨和神将诸天形象，是明代壁画的珍品。

    西藏地区的喇嘛教，由于得到了元朝统治者的提倡而迅速发展，并且兴建了很多寺院。

    萨迦寺，在西藏萨迦县的本波山下，是藏传佛教萨迦派的祖寺。仲曲河将全寺分为南北两寺，北寺今已毁，南寺尚存。据传说，北宋熙宁六年(1073)萨迦派祖师贡却杰布主持修建北寺。元代至元六年(1269)，征集十三万户民工，在元朝朝廷的资助下修建了萨迦南寺。

    萨迦南寺的大殿高11米，总面积约5700平方米，有柱子40根。大殿前部为佛堂，殿后部为藏经库，收藏了大量元代的佛经，以及有关历史、文学、历法等方面书籍，藏书数量之多为西藏诸寺之冠，堪与“敦煌石室藏书”媲美。大殿还保存了元代的唐卡、法器等文物。

    哲蚌寺，在西藏拉萨市西郊，是藏传佛教格鲁派最大的寺院。明永乐十四年(1416)由宗喀巴弟子兴建。该寺是历代达赖喇嘛的母寺，所以在格鲁派中地位最高。全寺分为四个扎仓(经学院)，可容僧人近万名。主要建筑大经堂，雄伟壮观，可容八千僧人。寺内还收藏了大量古代西藏的历史文献和佛教经典等。