“祖师禅”与“如来禅”相对称。祖师禅又作南宗禅，特指禅宗初祖菩提达摩传来，而至六祖慧能以下五家七宗之禅。

    在具体含义上，“如来禅”是指经教里的禅法，因为它是如来讲解的，后人所以叫它“如来禅”。《楞伽经》卷二云：“云何如来禅?谓入如来地，得自觉圣智相三种乐住，成办众生不思议事，是名如来禅。”从达摩大师一直到五祖都是宗门禅，但是一般禅师都称为“如来清净禅”。“如来清净禅”就是把你心的状态恢复到“其本来”，也只有把心恢复到“如其本来”才是真正的佛。“祖师禅”是指不立文字本传的弹，区别于《楞伽经》所说的如来禅。即把如来禅定为教内“未了之禅”，把祖师禅定为教外别传“至极之禅”。《传灯录·十一·仰山章》曰：“师问香严：师弟近日见处如何？严曰：某甲卒说不得，乃有偈曰：去年贫未是贫，今年贫始是贫；去年贫无卓锥之地，今年贫锥也无。师曰：汝只得如来禅。未得祖师禅。”但是祖师禅也是如来所传，并非祖师所发明。释尊在灵山会上，把正法眼藏，涅槃妙心，咐嘱摩诃迦叶，其实就是祖师禅的来源。