虽然元代江南禅宗仍然作为禅宗的主流而最为繁盛，但由于受到元朝政府崇教抑禅政策的影响，出现了明显的分化，开始走向衰落。主要的表现是元代江南对朝廷歧视禅宗表示不满的大多数禅僧们，始终与官府保持着距离，隐居于山林，始终不住持官寺。

    禅宗低迷的状态在思想上的表现，是元初的崇教抑禅在他们心中仍有很深的印象，朝廷对禅宗甚至汉地文化的歧视引起他们的强烈不满，所以他们不愿意为朝廷宣传。

    禅宗在朝廷许可的禅院方面的低迷，表现为徇私舞弊现象严重，使一些有良知的禅僧不愿与之同流合污，元代僧官制度的弊端使僧官权力太大，不少住持与政府机构互相勾结。

    在修行的僧人方面的表现，为元代禅宗丛林素质下降，禅僧多不守戒律，不少禅师出于拯救丛林之弊，想通过自己的真实修行作僧人的表率，于是更加降低了禅师的弘法力度。但是由于这些禅师在信众中的影响巨大，元代中期以后引起朝廷的重视，这也是朝廷不得已的做法。虽然如此，却仍然无法挽回江南大多数禅师对元代的反感心理，所以没有从实质上改变低迷的禅宗世界。