元来禅师的禅法传自曹洞宗，《参禅警语》在指导学人时候分为初心参禅者须知和疑情与生灭心两部分。

    初心参禅者须知，讲求“做工夫最初要发个破生死心，坚硬看破世界身心，悉是假缘，无实主宰”，“只须顾猛火，不顾身命，不望人救，不生别念，不肯暂止，往前直奔。奔得出，是好手。”也要求“做工夫贵在起疑情。何谓疑情，如生不知何来，不得不疑来处。死不知何去，不得不疑去处。生死关窍不破，则疑情顿发，结在眉睫上，放亦放不下，赶亦赶不去。忽朝扑破疑团，生死二字是什么闲家具恶!古德云：‘大疑大悟，小疑小悟，不疑不悟。’”

    于是引出第二部分疑情与生灭心，这部分讲求“疑情发不起，皆是灭心使然。若肯一念知非，全身放下，见善知识，求个入路则可。”

    从他的《警语》看来，修行的方法却与临济宗的看话禅没有什么区别。这位禅师是当时非常杰出的高僧，传说在明末四大师之中的蕅益智旭最敬服无异元来，而且元来禅师的主要观点就是讲究锻炼参禅者的方法。是一个主张宗门与教下相通之说的禅师，所以他的《参禅警语》专门为指点学者而说。与戒显禅师站在长老自身立场的《锻炼说》恰成对比。