虽然明代初期对佛教采取保护政策，但是就禅宗而言，明代丛林有更趋衰败之势，禅僧素质也更为低下。当时禅宗受到理学家们的普遍责难，而且禅宗内部高僧对这一状况也表示了强烈不满。据《五灯会元续略·凡例》云：“临济宗自宋季稍盛于江南，阅元而明，人宗大匠，所在都有”，而“韬光敛瑞，民莫得传”。这段文字就是说元、明两代临济宗著名禅师仍有不少，但是因为不愿外露，所以在史传上看到的不多。其实当时由于禅道的衰落，真正的善知识也的确很难见到。

    到了明代末叶，禅宗开始有复兴的表现，当时禅宗的黄檗无念、博山无异开始总结禅宗的状况，进行开拓的研究。另外楚山绍琦(1403—1473年)也是一位典范性的宗门高僧。他因为参赵州无话头的禅法，受到了无际明悟的传法。楚山绍琦通过运用疑情工夫的话头禅，充分地整合于念佛禅，对于晚明佛教念佛禅的盛行一时起到了关键作用。

    在明代中后期官僚士大夫阶层中，参禅学佛的风气也有所抬头。代表人物是王守仁(1472—1528年)，也就是王阳明，他在佛教哲学大气氛的熏陶中提倡“心外无物”、“知行合一”，开辟了理学的新领域。其后李贽(1527—1602年)用般若的“真空”来否定传统伦理的神圣，后来提倡禅净合一、归宗净邦。