明朝建立后，转而扶持汉传佛教，使汉传佛教各宗派得到了极大发展。

    明太祖朱元璋推翻元朝统治建立明朝后，一反蒙元统治者崇奉喇嘛教的风习，转而扶植汉传佛教各宗派，使禅宗、净土宗、天台宗、律宗、贤首宗等逐渐恢复发展起来，藏传佛教在中原地区的影响随着元朝的灭亡而日趋衰微。

    由于朱元璋称帝后定鼎南京，北京地区则成为明初北部边界的“北平府”，故北京佛教与元朝时相比一度中衰。建文元年(1399)，明太祖朱元璋第四子燕王朱棣在北平起兵，发动了“靖难之变”，在僧侣道衍的帮助下从其侄子建文帝手中夺得帝位。明成祖即位后，在永乐元年(1403)将“北平”改为“北京”，将“北平府”改为“顺天府”，并于永乐十八年(1421)正式迁都北京，使北京继元朝后再度成为全国的政治和文化中心。是时国内各地僧侣纷纷会聚京城，客观上促进了北京佛教的发展。

    明朝历276年，十六位皇王中除世宗崇道外，其余诸帝在推崇宋明理学的同时皆崇奉佛教。明成祖永乐皇帝即位后，便废除了建文帝“限僧、道田、人无过十亩”的规定，这使寺院经济获得了发展的契机。与此同时采取了扶植佛教的政策，对名僧极为尊崇，曾亲授道衍和尚为“姿善大夫”、“太子少师”，并且复其“姚”姓，又赐其名“广孝”。并且在姚广孝死后，又将其“追封荣国公谥恭靖，赠以勋号”。为弘扬佛学，明成祖亲撰“神道碑”。为了表示自己对高僧的敬仰，成祖亲自编纂了《神僧传》九卷，并主持了永乐南、北藏的刊刻，还重新刊刻《法华经》和《金刚经》，并为之作序。明武宗朱厚照对佛教更是崇奉，而且精通梵语，晓佛教经典，还“自号大庆法王”。因此，明武宗在位期间举国上下大兴土木修建寺庙。由于明代帝王对汉传佛教的扶植，使汉传佛教较快地发展起来。

    明朝虽然不以藏传佛教为国教，但是对西藏喇嘛教也是极为重视的。在永乐年间，明成祖就曾经多次遣使入藏迎请格鲁派首领宗喀巴进京说法，请噶举派首领哈立麻入京主持法会，致使藏传佛教在中原地区一度绝迹后再度东来。明成祖时还敕封西藏噶举派首领哈立麻为“大宝法王”，萨迦派首领昆泽思八为“大乘法王”。当时宗喀巴大师因身体不适未能成行，便派上座弟子释迦智入京朝贡，并且被明朝政府封为“大慈法王”。从而形成了西藏三大法王的体制。释迦智后来成为明朝永乐、宣德两代国师。由于明成祖对喇嘛教领袖人物的尊崇，使藏传佛教再度在中原地区发展起来。由于明政府对西藏喇嘛教各派的群封众建，也达到了维护祖国统一、民族团结的目的。与此同时，藏传佛教在京城也得到相应的发展。

    明成祖永乐年间，还特意在北京修建藏式的寺庙——“真觉寺”，以供来京的西藏喇嘛居住。因其工程浩大至宪宗时才完工。真觉寺因其佛塔样式与中原之塔迥然不同，所以民间百姓称之为五塔寺，由于明成祖对喇嘛教领袖人物的尊崇及赏赐，使藏传佛教在北京重新恢复发展起来。从而也加强了明朝中央政府对西藏地区的管理。

    西藏佛教以政治、宗教的双重身份隶属于明王朝，同中央政府关系十分密切。明朝政府对西藏地区的管理基本上继承了元朝政府治理区的政策即“因俗以治”、“善用僧徒”。如《明史》记载：“元尊番僧为帝师，授其徒国公等秩，故降者袭旧号。”所以明朝自太祖朱元璋始，直至成祖朱棣以后历朝诸帝对藏传佛教都极为尊崇，西藏教派首领亦秉承朝廷的意旨治理西藏。在明朝中叶后藏传佛教格鲁派(黄教)兴起，其领袖宗喀巴及其弟子大慈法王，以及后来的再传弟子达赖、班禅活佛都倾心于中央政府，与明王朝关系十分密切。整个明朝统治时期，西藏政局稳定，经济亦得到稳步发展。由于明成祖对喇嘛教领袖人物的尊崇，使藏传佛教在北京重新发展起来，从而加强了明朝中央政府对西藏的管理。

    从整体上看，明代佛教仍以禅宗和净土宗最为流行。全国各地名僧纷纷聚集京城，使明代北京继元代大都之后，再次成为全国政治、文化的中心。明朝自中叶后名匠辈出，形成了佛教的复兴气象。神宗万历年间的云栖袜宏、紫柏真可、憨山德清和蕅益智旭号称“明末四大高僧”。他们学识广博，在士大夫当中影响很大，对明末居士佛教的兴起也起了重大作用。明代在家居士对佛教的研修十分盛行，如宋濂、李贽、袁宏道、焦竑等都对佛学有相当的理解，并遗有许多有关佛学的著作。宋濂为明初翰林学士，曾三阅大藏经，著有《宋学士文集》和《般若心经解义节要》一卷。李贽著有《文字禅》、《净土诀》、《华严合论简要》、《心经提纲》一卷等。焦竑善长于文字，举进士第一，常与李贽交往论学，研修佛法。亦著有《楞迦》、《法华》、《圆觉》等经的《精解评林》各一卷。这些居士对明末北京佛教的复兴起了很大的作用。

    明朝上至皇帝、皇太后，下至太监、士庶等建寺造庙成风，据《大明会典》统计，自太祖立国，至宪宗成化十七年(1481)前，仅“京城内外敕赐寺观己至六百三十九所”。明帝建寺最多者，首推神宗，其母慈圣宣文皇太后极笃信佛教，而且乐于出资创建大刹，如慈寿寺、慈恩寺皆为太后所建。明自成祖朱棣重用宦官，使其权势日盛一日，遂酿成宦官左右朝政之弊病，像王振、魏忠贤这些权倾朝野的大太监，用其权势亦广建佛寺，为多积“功德”，减少罪恶，明历朝大珰无人不建寺庙，如智化寺、真空寺、成寿寺、大慧寺皆为太监所建。明代由大珰出资修复之前朝古刹，更是比比皆是。如金、元时的庆寿寺便是王振求得英宗支持后重加修建的，使其“壮丽甲于京都诸寺”，号称“天下第一丛林”，并改赐其额为大兴隆寺。这些大珰为随时做佛事，还首创在衙署之内设立佛堂，这也是明朝的一大创举。

    明代僧侣建寺也不少，其规模大的大多依仗太监、宦官和皇亲国戚捐资，如西四的弘慈广济寺便是僧人普慧倡议，太监赞助修成的。靠僧侣自积钱财建成的寺庙虽然有之，但是其规模一般较小，如宝应寺便是静春、真万等僧人积十余年所得之积蓄而修建的。

    明代寺庙之多真可谓前古所无。几乎各大寺院中都有明代诸帝所赐的大藏经。虽然明代由帝王兴建的寺庙在数量上不及元代，但其规模比之元代却毫不逊色。如代宗时所建的大隆福寺，役工万人，历时两年才竣工，因工程浩大，建筑材料不足，甚至拆皇宫内的木石，以供建寺之用。据《明宪宗实录》记载，自太祖立国，至宪宗成化十七年(1481)间，“京城内外敕赐寺观至六百三十九所，后复增建，以至西山等处，相望不绝,自古佛寺之多未有过于此时者”。到1644年明朝灭亡时仅北京地区的佛教寺庙就达一千多所，这一数字足以说明佛教在明朝发展臻于极盛。