小说《西游记》里写到，唐太宗在望经楼接到了唐僧，随即命令侍从：“将朕御车马扣背，请御弟上马，同朕回朝。”于是，唐僧四众，便一齐随了太宗，共同进了京城长安。当日，朝廷在东阁设国宴为唐僧接风。次日上朝，太宗又命中书官前来，笔录他一宿未眠、构思而成的表彰唐僧取经功绩的《圣教序》。然后，请唐僧往雁塔寺演说真经。而“长老捧几卷登台，方欲讽诵，忽闻得香风缭绕，半空中有八大金刚现身高叫道：‘诵经的，放下经卷，跟我回西去也。’这底下行者三人，连白马，平地而起。长老亦将经卷丢下，也从台上起于九霄，相随腾空而去”。在八大金刚的引领下，唐僧四众并白马回到了灵山，唐僧封旃檀功德佛，孙悟空封斗战胜佛，猪八戒封净坛使者，沙僧封金身罗汉，白龙马封八部天龙马，一时共同成佛。“西游记故事”到此结束。
但作为历史人物的玄奘，取经归来，仅仅是他伟大人生的一个阶段，也只是完成了他宏伟人生目标的局部，更为重要且十分繁重的译经工作，还等着他去做。就他的一生来看，佛经的翻译，或许更能够体现他对于历史的卓越贡献。
言归正传。再说玄奘，在将所带来的经、像、舍利等安放到了弘福寺以后，该交代的事情，都一一交代完毕，便一刻不敢耽搁，马不停蹄地奔赴洛阳，去晋见当朝皇帝唐太宗。二月一日，在洛阳宫，玄奘受到了太宗皇帝的接见。之后，太宗又在仪鸾殿再次接见了玄奘。第一次接见，应该是礼节上的见面，时间上也显得非常匆促。第二次见面，谈话就已经十分深入，也非常投机了。
说起西行的艰难、五万里行程的不易，在赞叹之余，太宗也问起玄奘：“法师西行，为什么不禀报朝廷，由朝廷资助护送，而要私自出去?”玄奘的回答婉转得体：“之前，玄奘也曾再三上奏，大概是诚愿微浅的缘故，没有能够得到朝廷的批准。慕道之情又太过迫切，于是便私自前往。专擅之罪，至今仍深感惭愧。”
唐太宗也想起了当初发过的禁令，便说：“法师出家，与俗世隔绝，但能够为了苍生大众，舍命求法，朕觉得难能可贵，值得褒奖。如此万里迢迢，山川阻隔，风俗悬殊，法师能够平安返回，也真的令人惊异。”
玄奘对答：“玄奘听说过这样一句话：乘疾风者，到天池而非远；驾龙舟者，涉江波而不难。自从陛下登基，四海清平，德笼九域，仁被八区，和煦之风吹到炎热的南国，神圣之威响彻于葱岭以外，远国的君主，就连看到了从东边飞来的一只鸟儿，尚且要认为是从上国过来，恭而敬之，何况玄奘这样一个圆头方足，真正是来自礼仪大国的人!有赖陛下的天威，此去更有何难?”
一个为了利益众生，能够将自己的生死置之度外的人；一个为了事业，如此坚忍不拔、无怨无悔的人；一个取得了辉煌业绩，仍然彬彬有礼，谦虚谨慎，不伐其功的人；一个面对九五至尊的褒奖，可以做到宠辱不惊、安之若素的人，委实令大唐王朝的缔造者太宗皇帝，油然生出种爱慕敬重之情。他对玄奘说：“这都是仁者之言，朕也如何敢当!”
作为一个踌躇满志的帝王，太宗皇帝最关心的仍是周边国家的情况，于是，他向玄奘问起了各国的物产风俗，地理形势。玄奘就自己耳闻目见，一一道来，有条不紊，太宗听了，十分高兴，对玄奘说：“佛国遥远，其圣迹法教，从前的史书中，都不得其详，希望法师能写下来，供国人参读。”
玄奘超人的毅力、不俗的谈吐、清晰的思路、丰厚的修养以及深沉练达的人格魅力，深深打动了一代圣君唐太宗。大唐王朝的缔造者不稀罕奸佞谄谀巧言令色之辈，马上得天下不易，而要天下太平、坐稳江山更难，他真的是求贤若渴。太宗对玄奘赞赏有加，认为这是位难得的旷世奇才，是他真正需要的辅弼之材，于是便动了劝玄奘还俗从政，为朝廷辅佐的念头。但高僧毕竟是高僧，当朝帝王的欣赏也不能改变他拯救红尘苦海中众生的志向，他回答道：“玄奘少年皈依佛门，信从佛法，学的多是玄宗，很少受儒家教育。今日还俗，无异是将水中之舟搁置到了陆地，用非所长，不唯难以建功，只能加速自身的腐朽。还是希望终身行道，来报答国家的养育。这对于玄奘，已经是荣幸之至。”这一番言辞坚决而不留余地，回答得也滴水不漏，太宗皇帝只好作罢。
此时，天下兵马已经集结洛阳，唐太宗将要御驾亲征辽东，他觉得与玄奘法师的攀谈意犹未尽，便提出请玄奘随同，一道前往。玄奘不好驳太宗的面子，便说：“玄奘刚从远方归来，身体疲惫，难以随驾前往。”太宗皇帝并没有想得太多，说道：“法师能够孤身作绝域之游，此行就简直是跬步之易了，为什么要推辞呢?”玄奘也只能如实回答：“陛下东征，有六军奉卫，乃讨伐乱国，诛戮贼臣，必获大捷。玄奘自想，去则无助于行兵布阵，只能是白白耗费国家的钱粮。何况，兵戎之事，为我佛门大戒，观看也属不宜。”佛门的规矩坏不得，玄奘不去的理由同样充足，太宗也不好再加勉强。
谈到玄奘与唐太宗的关系，有学者作了这样的概括：第一，玄奘在印度和中亚的影响以及他丰富的旅行知识背景，是要做“天可汗”的唐太宗所需要的，这也是《大唐西域记》编写的真实背景；第二，创业时期的杀伐及争夺地位的血腥，使唐太宗有很强烈的罪业感，他需要玄奘法师对他作心灵上的抚慰；第三，唐太宗晚年时期对佛教的护持，也奠定了日后唐高宗与玄奘友好关系的坚实基础(见冉云华《玄奘法师与唐太宗及其政治理想探微》)。此论不谓无见。
熟谙佛教发展历史、练达世事的玄奘，比谁都清楚“内阐住持，由乎释种；外护建立，属在帝王”、“不依国主，则法事难举”的道理，他晋见太宗，结交太宗，最重要的一个目的，就是希望得到朝廷的支持，来完成他译经弘法的大业。玄奘不失时机地向唐太宗提出了他的恳求：“玄奘从西域取得梵本经文，有六百多部，现只字未译。嵩山少林寺远离市廛，幽深清净，玄奘希望得到批准，前往那里，专心译经。”
太宗说：“不必到山里去。朕为穆太后在长安所造的弘福寺，也甚清静，法师就在那里译好了。”
玄奘是明白人，便说：“百姓听说玄奘从西方来，多有好奇的人要来观看，喧嚣纷杂，不免扰乱了治安，也会影响到寺中的法事，若能派人守卫，最好不过。”
太宗也正中下怀，便高兴地答应：“法师此言，可谓明哲保身，朕自会有所考虑。法师先歇上三五日，还京以后，就到弘福寺安置。所有一切需要，可由房玄龄来安排。”
三月已巳，玄奘回到了长安弘福寺，立刻着手译经的前期准备工作。为了提高译经工作的效率，他上疏朝廷，请求成立一个专门的译经班子，仿照前代，组织译场，他的要求很快得到了批复。
四月一日，在玄奘的推荐与组织下，译场正式成立。其中，“证义”十二人：长安弘福寺灵润、文备，罗汉寺慧贵，实际寺明琰，宝昌寺法祥，静法寺普贤，法海寺神昉，廓州法讲寺道琛，汴州演觉寺玄忠，蒲州普救寺神泰，绵州振音寺敬明，益州多宝寺道因；“缀文”九人：长安普光寺栖玄，弘福寺明濬，会昌寺辨机，终南山丰德寺道宣，简州福聚寺静迈，蒲州普救寺行友，棲岩寺道卓，幽州照仁寺慧立，洛州天宫寺玄则；“字学”一人：长安大总持寺玄应；“证梵语梵文”一人：长安大兴善寺玄謩。其他“笔受”、“书手”人员，也各自到位，一切准备就绪，译经工作正式开始了。
玄奘所主持的译经工作，是十分严谨认真的。其翻译的经过，先后分出十道程序。据相关资料介绍：第一，译主，译场的总负责人，在翻译时当众宣读梵本，须精通汉、梵文，透彻理解大小乘经典，为全场所信服，遇有翻译上的疑义，负判断的责任；第二，证义，译主的辅助者，与译主商讨梵文原意，对已译成的文字，审查其意义与梵本有无出入或错误，并和译主斟酌决定；第三，证文，在译主宣读梵本时，审听他所宣读的和原文有无差误；第四，书手，一称度语，将译主宣读的梵文用音译的方式记录；第五，笔受，将译主宣读的梵文用汉文对译；第六，缀文，将笔受记录的文字，按汉语文法进行整理，理顺语句；第七，参译，校勘比对梵汉文字，保证没有错误；第八，刊定，刊削冗长的句子，补充欠缺的文字，对每句、每节、每章去芜存精，使之更简要明确；第九，润文，对已经译好的文字，加以润色，使之流畅优美；第十，正字，从音韵文字学角度，审核译文的得失。程序的繁琐，正见出其工作的认真程度。
真正的佛经翻译在五月二日开始，选取翻译的第一部佛经为《大菩萨藏经》二十卷，至九月二日翻译告竣。六月十日，译无著《显扬圣教论颂》一卷；七月十四日，译《六门陀罗尼经》一卷；七月十五日，译《佛地经》一卷；十月一日，译无著《显扬圣教论》二十卷，在次年正月十五日译毕。当年，玄奘还承担了对新罗僧人留学生圆测的教学指导工作。
贞观二十年(公元646年)，正月十七日，译安慧释《大乘阿毗达磨杂集论》十六卷，闰三月二十九日译毕；五月十九日，译《瑜伽师地论》一百卷，至贞观二十二年译毕；七月，完成太宗皇帝布置的“作业”，全面介绍西行见闻的《大唐西域记》十二卷杀青，并上《进西域记表》；七月十三日，进呈已经译好的五部佛经及《大唐西域记》，上表请太宗皇帝为译著撰序。
贞观二十一年(公元647年)，二月二十四日，译世亲《大乘五蕴论》一卷；三月一日，译无性《摄大乘论释》十卷，至贞观二十三年六月十七日译毕；五月十八日，译《解深密经》五卷，七月十三日译毕；八月六日，译逻辑推理学著作《因明入正理论》一卷；又奉命译《老子》为梵文；将中土流传而在印度已经失传的《大乘起信论》译为梵文。
贞观二十二年(公元648年)，三月二十日，译《天请问经》一卷；五月十五日，译《胜宗十句义论》；五月二十九日，译世亲《唯识三十论颂》一卷。
当年六月十一日，唐太宗在坊州宜君县凤凰谷玉华宫避暑，召见玄奘。在这次召见中，太宗又一次提起了让玄奘还俗从政的话题，玄奘先谈辅弼的次要，再从道德品行、内政外交等五个方面，将太宗的道德政治大大颂扬了一番，最后说到自己平庸，而今世伊、吕之材正多，皇帝并不需要自己这样的人物，又一次婉言谢绝了太宗皇帝的请求。太宗看到玄奘“敷扬妙道”的“高志”坚定难违，只得听之任之。
在这以前，玄奘曾经几次上表，请太宗作序，这次见到了玄奘，太宗想起了这事，便向玄奘请教，问起《瑜伽师地论》究竟是怎样的一部著作。玄奘的解说应该是十分精彩的，太宗粗听了大意，便发生了兴趣，令人到京城取来，他要仔细阅读。八月，太宗撰写了《大唐三藏圣教序》，命上官仪对群臣宣读。太子李治步武乃父，也撰写了《述圣记》。弘福寺主持及京城的僧众，当然不肯错过一次千载难逢弘扬佛教的机会，遂上表请将两篇序文镌之金石，藏之永远。在太宗答应之后，寺僧怀仁等乃集王羲之书法，勒于碑石。这也自然成为有唐一代，僧人们宣扬佛教、高其身份的尚方宝剑。
玄奘在玉华宫一直待到十月六日。唐太宗返回长安，他才随驾一同返还。在玉华宫的这段时间里，因为太宗皇帝问起《金刚经》的事情，玄奘亲自翻译了《能断金刚般若》。
从玉华宫返回京师，玄奘就住在紫微殿弘法院，白天陪太宗聊天，晚上才回到弘法院，继续着译经的工作。
十二月八日，译世亲《摄大乘论释》十卷，次年六月十七日译毕。
十二月戊辰，大慈恩寺落成。寺院旧址原为净觉伽蓝，是太子李治为了纪念他的生母文德皇后(即长孙皇后)修建。这也是新寺称名“慈恩”的由来。新寺在都城长安晋昌坊，重楼复殿，云阁洞房，有十多所院子，一千八百九十七间房屋，总面积约三十九万一千五百平方米。因为特殊的背景，寺院的住持自然是僧界僧众都渴望得到的职位，太宗父子决定，就让玄奘来做住持。玄奘进驻寺院的那天，朝廷命太常寺卿江夏王道宗等，用九部乐及京师各寺幡盖声乐，送玄奘及其所翻经像入住，仪式相当隆重。
闰十二月二十六日，译无著《摄大乘论本》三卷，次年六月十七日译毕。
贞观二十三年(公元649年)，正月一日，译《佛说缘起圣道经》一卷；正月十五日至八月八日，译小乘一切有部《阿毗达磨识身足论》十六卷；二月六日，译小乘经《如来示教圣军王经》一卷；四月二十五日，唐太宗身体欠安，到长安南郊的翠微宫疗养，召玄奘前往陪侍清谈。玄奘与太宗谈他在五印度的见闻，兼说佛经；五月十八日，在翠微宫译大乘《甚希有经》一卷；五月二十四日，译《般若波罗密多心经》一卷。
五月二十六日，追求长生的唐太宗因为误服丹药，驾崩含风殿。贵为天子，一朝猝死，这对玄奘应该是产生了不小的震动，生命的脆弱和人生的无常，使他更有了种紧迫感。而发生在这之前的自己的高徒辩机因私通高阳公主被杀一事，也使玄奘深感宫廷环境的险恶，他随时提醒自己，且莫卷入叵测的政治漩涡里，小心小心再小心，多做事，少说话，沉默是金。
但身为住持，寺中总有纷乱的行政事务要玄奘来亲定，这自然会费去不少的时间。他只能加班加点，以提高工作效率，来弥补时间上的损失。回到了慈恩寺的玄奘，在每天晚斋后，要为寺中僧人讲授新译的经论，另外就是为外地或其他寺院前来请教的僧人答疑。对于译经工作，玄奘简直就是分秒必争地进行着。他每日都有规定的翻译任务，如果因为别的事情，白天耽搁了翻译工作，没能如期完成，夜间则要继续工作，一直到完成了预期的目标为止。也因此，玄奘常常到了三更方才睡眠，五更时分便又起身，诵读经卷，再温习新的一天所要完成的翻译内容。
七月一日，译大乘《菩萨戒羯磨文》一卷；七月十八日，译弥勒《王法正理论》一卷；七月十九日，译《最无比经》一卷；七月二十日，译《菩萨戒本》一卷；九月八日，译《大乘掌珍论》二卷；十月三日，译《佛地经论》七卷，至十一月二十四日译毕；十二月二十五日，译陈那《因明正理门论》一卷。
唐高宗永徽元年(公元650年)，正月一日，译《称赞净土佛摄受经》一卷；二月一日，译最胜子《瑜伽师地论释》一卷；二月三日，译《分别缘起初胜法门经》，八日译毕；二月八日，译《说无垢称经》六卷，八月一日译毕；五月五日，译《药师琉璃光如来本愿功德经》一卷；六月十日，译《广百论本》一卷；六月二十七日，译护法《大乘广百论释论》十卷，十二月二十三日译毕；九月十日，译小乘《本事经》七卷，十一月八日译毕；九月二十六日，译大乘《诸佛心陀罗尼经》一卷。
永徽二年(公元651年)，正月初八，朝集在京的瀛州刺史贾敦颐、蒲州刺史李道裕、谷州刺史杜正伦、恒州刺史萧锐，趁公事的闲暇来到慈恩寺参见玄奘，请玄奘为他们授戒说法。译经工作仍在紧锣密鼓地进行中。正月九日，译大乘《受持七佛名号所生功德经》一卷；正月二十三日，译《大乘大集地藏十轮经》十卷，至六月二十九日译毕；四月五日，译《阿毗达磨显宗论》四十卷，至次年十二月二十日译毕；五月十日，译《阿毗达磨俱舍论本颂》一卷；又译《阿毗达磨俱舍论》三十卷，五年七月二十七日译毕；闰九月五日，译《大乘成业论》一卷。
永徽三年(公元652年)，年过半百的玄奘法师深感人生世事的无常，他担心自己一朝辞世，或者形势发生了某种变化，自己冒九死一生，西行印度取来的经本，可能都将毁坏散佚于一旦，于是，他有了修造一座石佛塔，用来储藏经像舍利的想法。他上表朝廷，陈述了自己的这一想法，高宗帝很快派了中书舍人李义府来，作专门的答复。高宗的意见是，石塔工程过大，怕一时难以建成，建议改用砖造，由朝廷出资出人，不需要玄奘操劳。但在兴建的时候，玄奘依然来到了工地，亲自担砖运石。塔终于造成了，共有五层，高一百八十尺，最上层以石头建室，南面两块碑文，由著名书法家褚遂良书太宗《三藏圣教序》及高宗《述圣记》勒石。每层中心均安放了舍利。佛塔竣工的日子，玄奘亲笔写下了一篇《愿文》。本年所译之经论有：正月十六日至三月二十八日译成无著《大乘阿毗达磨集论》七卷，四月四日译成《佛临涅槃记法住经》一卷。
永徽四年(公元653年)，正月一日，开始译《阿毗达磨顺正理论》八十卷，次年七月十日译毕。五月，玄奘的母校中印度那烂陀寺僧人法长来到长安，带来了智光、慧天两位法师的书信问候，“有朋自远方来，不亦乐乎”，玄奘显得十分喜悦。
永徽五年(公元654年)，二月，法长辞行，玄奘分别修书给智光、慧天，赠送了礼物，还附上西行回国，途经印度河时失落的经卷目录，请代为抄补，便时带来。信中表达了对那烂陀师友的真切思念以及对恩师戒贤法师去世的深切哀悼：
自一辞违，俄十余载。境域遐远，音徽莫闻。思恋之情，每增延结。彼苾刍法长至，蒙问，并承起居康豫，豁然目朗，若睹尊颜。踊跃之怀，笔墨难述。节候渐暖，不审信后何如?又往年使还，承正法藏大法师无常，奉问摧割，不能已已。呜呼!可谓苦海舟沉，天人眼灭，迁夺之痛，何其速欤!惟正法藏植庆曩晨，树功长劫，故得挺冲和之茂质，标懿杰之宏才，嗣德圣天，继辉猛龙，重然智矩，再立法幢。扑炎火于邪山，塞洪流于倒海，策疲徒于宝所，示迷众于大方，荡荡焉，巍巍焉，实法门之栋干也。又如三乘半满之教，异道断常之书，莫不蕴综胸怀，贯练心腑。文盘节而克畅，理隐昧而必彰，故使内外归依，为印度之宗袖。加以恂恂善诱，晓夜不疲，衢樽自盈，酌而不竭。玄奘昔因问道，得预参承，并荷指晦，虽曰庸愚，颇亦蓬依麻直。及辞还本邑，嘱累尤深，殷勤之言，今犹在耳。方冀保安眉寿，式赞玄风，岂谓一朝奄归万古，追惟永住，弥不可任。
译经工作一如往常，紧张而有序地进行着。闰五月十八日，译《大阿罗汉提密多罗所说法住记》一卷；六月五日，译《称赞大乘功德经》一卷；九月十日，译《拔济苦难陀罗尼经》一卷；九月二十七日，译《八名普密陀罗尼经》一卷；九月二十八日，译《显无边佛土功德经》一卷；九月二十九日，译《胜幢臂印陀罗尼经》一卷；十月十日，译《持世陀罗尼经》一卷。
永徽六年(公元655年)，因为门下弟子的原因，玄奘被卷入了一场辩论。事情的起因是这样的：在玄奘译成《因明入正理论》及《因明正理门论》之后，他的门徒纷纷著文，阐发论述，大肆张扬，引起了思想家吕才的注意，他针对僧徒们的种种著述，写出了三卷本《因明注解立破义图》，发表了自己不同的看法。玄奘的弟子慧立致书朝臣于志宁，进行反驳。太常博士柳宣呼应吕才，写出了《归敬书偈》，向译经僧人挑战。明濬写《答柳博士书》，再作反驳。柳宣又为吕才出谋划策，建议他将此事上奏给朝廷。如此一来二去，最终引来高宗皇帝发话，令群臣学士等齐聚慈思寺，让玄奘与吕才直接对话，展开辩论。因为朝廷的支持，最后以僧人一方告胜。
高宗显庆元年(公元656年)，改立代王弘为太子，正月二十三日，在慈恩寺为新太子设五千僧斋，黄门侍郎薛元超、中书侍郎李义府前来探望玄奘。经历了上年的一场纷争后，玄奘更清楚地认识到，朝廷的支持才是自己的译经弘法事业得以顺利进行的根本保障，于是，在薛、李问起了译经工作的进展时，玄奘提出了“内阐住持由乎释种，外护建立属在朝廷”，同时希望，朝廷能够仿效前代故事，派出大员，来为译经工作进一步把关。薛、李奏明高宗，二十七日，朝廷就派出了以左仆射于志宁、中书令来济、礼部尚书许敬宗、黄门侍郎薛元超、中书侍郎李义府及杜正伦等人组成的工作委员会，为译场翻译审阅官。二月，玄奘应邀到鹤林寺为唐高祖婕妤薛夫人落发剃度，又为德业寺尼僧数百人授戒。三月一日，玄奘上表，恳请高宗将其《慈恩寺碑》一文亲笔书写，用以勒石。前后两上表，高宗始允，以行书撰写。镌讫，四月八日举行了盛大的送迎安置仪式。
当年玄奘西行，翻越冰山、雪岭，曾经染上了风疹，也就是俗称的荨麻疹，每次发作，成片的风团，奇痒难忍，折磨得玄奘要死要活。多年以来，靠着药物控制，没有怎么发作。这年五月，因为受了点风寒，旧疾再次发作，来势十分凶猛，病情危笃，几乎不济。高宗闻报，派来了宫廷御医蒋孝璋及针医上官琮，经过全力抢救，悉心治疗，玄奘总算被救了过来。病愈后，玄奘又被高宗请进了宫中，安排在凝阴殿西阁，供养调理。
中国社会，向来有攀附名人作祖宗的传统，在形形色色的家谱里，都不难见到这种情况。作为李唐王朝的帝王们，在强调出身门第的时代，为了显示他们自己出身的尊贵，同样也不能免俗。因为李耳(老子)在中国历史上的赫赫声名，大唐的帝王们便认了他来作他们的祖先。又因为道教以老子为始祖，所以有唐一代，也一直对道教隆重有加，所谓：“老子是朕祖宗，名位称号宜在佛先。”僧人们难以接受这种歧视性的排位，曾经为此多次提出他们的抗争，但都没有结果。作为当时中国佛教界的一面旗帜，玄奘在太宗时代，也为了所谓的正名，专门作过陈奏。
到了永徽六年，高宗朝又出台了一项新政，即所有“道士、僧等犯罪情难知者，可同俗法推勘”。法律面前，一律平等，这显示出大唐王朝的法制建设正在逐渐走上正轨。这原本是一件好事，但对于身为神职人员的僧人而言，却感觉自己的特殊地位再度遭到了剥夺。玄奘在生命垂危之际，仍然忘不了佛门僧众的权益及自己代言人的身份，于是又就道、佛排位及俗法推勘二事，专门向高宗作了陈奏。高宗最终答应，道、佛排序，乃先朝皇帝所定，不宜做出更改，后者可姑且取消。
待身体逐渐康复，精神稍好，玄奘又继续进行他的翻译事业。七月二十七日，开始翻译《阿毗达磨大毗婆沙论》二百卷，至四年七月三日译毕。
显庆元年十月，皇后武则天有孕，皈依三宝，向佛门祈求平安；十一月一日，赐玄奘法师袈裟等，玄奘上表致谢。十二月五日，武则天生下儿子，为了孩子能够平安长成，寄名佛门，请玄奘进宫为皇子剃度，赐名佛光王。
显庆二年(公元657年)，正月二十六日，开始译《阿毗达磨发智论》二十卷，至五年五月七日译毕。
闰正月十三日，唐高宗驾临东都洛阳，命玄奘陪侍。玄奘带译经僧五人、弟子一人，住翠微宫，得闲即进行翻译。
五月九日，高宗到明德宫避暑，再召玄奘陪侍，住飞华殿，偷闲从事翻译。大约是看到玄奘的译经工作进展迟缓，高宗遂命玄奘回积翠宫译经，并指示，可以先选从前的未译经本先行翻译，已有译本的可暂且放下。这当然是出自对玄奘身体的关心。但孰先孰后，玄奘有自己的认识和看法，重要的经文，以前的译本或有残缺，或翻译多有错误，为了不任其以讹传讹，贻误后人，玄奘仍坚持重作翻译。
作为慈恩寺住持，有各种事务性的工作烦神；地处京师热闹地方，又身为一代名僧，有许多的人事需要应酬；还不时要应召进宫，陪侍皇帝，这一切的确大大影响了译经工作的正常进行。九月二十日，玄奘上表高宗，再次提出，希望到少林寺去，免去各种干扰，专心一意于译经之事，被高宗驳回。
因为随驾洛阳，家乡近在咫尺，玄奘向高宗告了假，于是有了一次家乡之行。阔别多年，家乡早已物是人非，亲故也大多凋零辞世，玄奘的心中，不免生出些凄楚。姐姐还在，也成了垂垂老伛。多年不见，姐弟的会面，悲喜交集。问清楚了父母的坟茔位置，在姐姐的陪同下，玄奘前往祭扫。一掊黄土，早淹没在丛生的杂草中。荒草离离，狐兔出没，乱坟纵横，亏得细心的姐姐艰难地辨认出了父母的坟茔。“羊有跪乳之恩，鸦有反哺之义”，从父母的坟地回来，一代名僧玄奘心里很不是滋味。返回洛阳，他当即上表朝廷，表达了为父母改葬的想法。高宗令地方有关部门主持其事，使之顺利解决。为此，玄奘专门上了谢高宗表：
沙门玄奘启。玄奘殃深舋积，降罚明灵，不能殒亡，偷存今日。但*(外厂里火)律骤改，盈缺匪居，坟陇沦颓，草棘荒蔓，思易宅兆，弥历岁年，直为远隔关山，不能果遂。幸因陪随銮驾，得届故乡，允会宿心，成兹改厝。陈设所须，复蒙皇帝、皇后曲降天慈，赐遣营佐。不谓日月之光在瓦砾而犹照，云雨之泽虽蓬艾而必霑。感戴屏营，喜鲠兼集，不任存亡衔佩之至。谨附启谢闻。事重人微，不能宣尽。
十一月，大约是因为家乡之行，情绪上受了一些波动，加上翻译工作的辛苦，玄奘的身体又出了问题。高宗派御医为他调治，又将他迎进行宫，调养了一阵，待身体有所恢复，才让他再回到积翠宫。
十二月二十九日，译陈那《观所缘缘论》一卷。
显庆三年(公元658年)二月四日，玄奘随高宗返回长安。六月十二日，京师西明寺建成，凡十院，有屋四千多间，规模宏大，美轮美奂，为了昭示一种殊荣，高宗让玄奘入住，专拨上房一间，并新度十余名僧人为其弟子。
十月八日译《入阿毗达磨论》，十三日译毕。当年，玄奘还接受了日本留学僧智通、智达的指导工作。
显庆四年(公元659年)，四月十九日，译《不空羂索神咒心经》一卷；七月二十七日，译《阿毗达磨法蕴足论》十二卷，九月十四日译毕。
玄奘最看重的大乘中观经典《大般若经》，也列入近期的翻译计划。面对如此规模浩大的典籍，要顺利完成，必须排除各种干扰，于是玄奘再次上表高宗，希望能到远离京师的玉华寺译经，这次高宗同意了玄奘的请求。十月，玄奘来到玉华寺，一方面着手翻译《大般若经》的前期各项准备工作，在闰十月，同时又编译了法相宗代表著作《成唯识论》十卷本。
显庆五年(公元660年)，正月一日，工程浩大的《大般若经》正式开始翻译了。二十万颂的原典，玄奘坚持不作删削，忠实原著，其难度与工作量都可以想见。九月一日，译《阿毗达磨品类足论》十八卷，十月二十三日译毕；十一月六日，译《阿毗达磨集异门足论》二十卷，龙朔三年十二月二十九日译毕。
高宗龙朔元年(公元661年)，五月十日，译《辩中边论》三卷，三十日译毕；六月一日，译《唯识论》一卷；七月九日，译小乘《缘起论》一卷。二年(公元662年)，七月十四日，译《异部宗轮论》一卷。三年，六月四日，译《阿毗达磨界身足论》三卷；十月二十三日，长达六百卷的《大般若经》终于译毕；十二月三日，译《五事毗婆沙论》二卷，八日译毕；十二月二十九日，译《寂照神变三摩地经》一卷。
高宗麟德元午(公元664年)，正月一日，译《咒五首经》一卷。
正月三日，众译经僧人建议再译《大宝积经》，玄奘已经感觉到力不从心。他勉强翻译了数行，摇摇头，无奈作罢，对僧众说：“此经与《大般若经》部头仿佛，玄奘死期将至，再没有这个力气了。”就此，玄奘也结束了他一生孜孜以求的译经事业。
初九日，在跨过房后的一条不大的水沟时，玄奘不慎跌了一交，胫上有些破皮，伤势似乎并不严重，但他却因此而一病不起。
玄奘自知死期将至，向弟子嘱以后事，说：“在我无常后，一切从俭，用席子裹送，选择山涧僻静处安置可矣。”
二月五日夜半，一代伟大的高僧玄奘，永远合上了他的双眼，享年虚六十五岁。据说，就在玄奘辞世前，他的一位高昌弟子，曾经梦见了一座高大庄严的佛塔忽然坍塌，说这是玄奘将逝的征兆；还有位僧人，在夜间看到了两位身高丈许的神人，抬了朵花三层、叶长尺余、大如车轮、光净可爱的白莲花，送到了玄奘法师的房内，说这是佛国派来迎接法师的使者。这当然是僧人们编织出的美丽神话，但也正反映了玄奘法师在当时僧众中的崇高地位。法师死的时候，右手支颐，左手伸左腿上，舒足重累右胁而卧，这与释迦牟尼的卧佛造型如出一辙。
玄奘病逝的消息传到京师，僧俗沉痛哀悼，高宗为之罢朝数日。四月十四日，遵照玄奘法师生前的遗嘱，将他安葬在了浐水之滨的白鹿原。总章二年(公元669年)，敕命移葬樊川北原，营造塔宇。神龙元年(公元705年)，敕于东、西二京各建一所佛光寺，追谥玄奘为大遍觉法师。
