流民为了躲避劳役成为游僧，后又发展成为僧团，有自己的经济模式，这种佛院经济的发展必定会在经济方面与封建国家的统治者发生冲突。
北周武帝当政时，北周境内有僧侣100多万，寺院万余所，这些僧侣不向政府负担劳役，严重影响了政府兵源、财源。为了消灭北齐，他决定向寺院争夺兵源和土地。建德三年(574年)，武帝集群臣及沙门、道士等，辩论三教先后，结果宣布“以儒教为先，道教次之，佛教为后”。以行政手段确立三教的位置，这种制度当然难以使佛教徒真诚信服。后来武帝因为争辩发怒，下令“初断佛道二教，经象悉毁，罢沙门、道士，并令还俗，并禁诸淫祀，非祀典所载者尽除之”，下诏除去佛、道二教，把僧侣地主的寺宇、土地、铜像资产全部没收，近百万的僧尼和寺院所属的僧祇户、佛图户编入民籍。此后四年，北周灭北齐，北周毁佛的范围达到关内及长江上游，黄河南北的寺院也被毁灭。武帝灭佛并不单纯是世俗政权与佛教的冲突，事实上这一事件之所以发生，除武帝笃信儒道外，和三教不断地争宠互斗也有密切关系。
