神会北上后一直在洛阳传播南宗禅学，至德元年的神会已经八十九岁，正赶上范阳节度使安禄山举兵，攻陷洛阳，开始进攻长安，唐玄宗仓皇带领臣子出奔西蜀。而前方军队因为军饷缺乏，于是玄宗采用右仆射裴冕的临时建议，通令全国郡府各置戒坛度僧，收取一定的香水钱以助军需。当时洛阳寺宇已被战火摧毁，神会即临时创立寺院，中间建筑方坛，进行度僧活动，所有度僧的收入全部支援军费，对于代宗、郭子仪收复两京起了相当的作用。
后来因为这一功劳，神会被朝廷推崇。安禄山之乱平定以后，肃宗便诏他入内供养，并下诏书命令建筑工程师在他曾住过的菏泽寺中建造禅宇给他居住，所以时人称他所弘的禅学为菏泽宗。唐贞元十二年，唐德宗命令皇太子邀请全国的有德禅师到长安来确定禅门宗旨，搜寻传法的正旁系统的人物。德宗下诏书确立慧能为六祖，神会为禅宗第七祖。于是南宗取代北宗在禅宗发展史上成为主流。
