至元年间，元世祖忽必烈通过禅教廷辩，确立崇教抑禅的政策，采取了教派差别的宗教政策，推崇藏传佛教，对汉地佛教有所压制。受此影响，元代江南禅宗产生了分化，大部分有民族心理和气节观念的江南禅师拒绝与元政府合作，重新进入山林。
这里的主要原因是元代灭宋以后，不少原来禅宗寺院的住持拒绝继续担任，有的禅师离开禅宗寺院到深山闭关修行，有的混迹于禅林，这种不合作甚至抵制的态度，引起了朝廷的反感，于是朝廷也就采取了压制禅宗的政策。
其次，元代推行的等级政策在佛教中的反映就是分化和打击江南禅宗。元朝政府出于对南人的歧视，实行四种等级的政治制度，禅宗作为南方佛教主流自然也相应地受到了排斥。
另外，元朝皇帝忽必烈信仰的藏传佛教与禅宗思想多有不同，禅宗强调担柴运水无非妙道，不离世间日用而得解脱，不追求神通。忽必烈并不认可这种修行，自然要压制禅宗。
最后，禅宗的衰落与蒙古统治者重视现实利益有关，朝廷重视修建寺院、举办大型的祈福法会，重视有为功德，对禅宗所讲的那一套则不感兴趣。这样也歧视和打击了作为汉传佛教主流的江南禅宗。
