禅宗的思想发展到清代，各种流弊日炽，实际上已很难见到早期禅宗那种大破大立的研究思考的气象。一些根本不了解禅宗内涵的人，让真正的禅师为之侧目，他们甚至就是以呵佛骂祖作为本事功夫，看起来和市井无赖没有什么两样，还有些学禅的人以教外别传为名而胡作非为，一时狂禅流荡，鱼龙混杂，禅宗的真精神几乎荡然无存。
另外在清初，禅宗法师之间的争斗因为雍正皇帝的参与而无法自由争辩，清帝雍正撰写《拣魔辨异录》，以政治威力干涉禅宗内部纠纷，迫使被压制的派系所属各大禅寺，如杭州灵隐寺等必须改换门庭。禅宗至此奄奄一息。当时的士大夫也认为单靠儒家的思想资源显然难以解决其内心困惑，因而又不得不借助于佛学资源，乾嘉时代学术表面看正处于繁荣时期，然而浮华背后正是思想资源极度匮乏，真正的明理禅学已经不复存在，所以致使清代中叶后净土信仰普遍，而禅宗已成强弩之末。近代以来的禅寺，实际都已成为禅净合一的寺院。所以说清朝已经是禅的终结时期。
