到了明代，禅宗的思想依然很兴盛，如《五灯会元续略·凡例》中说：“临济宗自宋季稍盛于江南，阅元而明，人宗大匠，所在都有。”“而韬光敛瑞，民莫得传。”所以明朝的禅宗人物记载的不多。其中有中峰门下千岩元长，其法系曾传入日本。其十三传隐元隆琦，在崇祯时住黄檗山万福寺，复兴黄檗宗风；后来去了日本，于山城宇治创黄檗山万福寺，开黄檗宗。到明末清初，临济宗只有天童(圆悟)、磐山(圆修)、本溪(性冲)三派鼎峙而已。圆悟(1565—1641年)，法语有《天隐修禅师语录》二十卷。法嗣有杭州理安箬庵通问、湖州报恩玉林通琇等五人。性冲(?—1611年)，嘉兴秀水人，起初在径山结庵，后来住在苏州本溪，法嗣有兴善慧广。法藏(?—1635年)，无锡人，幼年出家，后来因为与师傅争辩，清雍正帝(1723—1735年在位)痛驳法藏、弘忍所言，斥为魔说，并将藏内法藏、弘忍的语录及《五宗原》、《五宗救》等书尽行毁板，法藏的子孙开堂的，即撤去钟板，不许说法。另选圆悟派下的别支承接方丈。