慧南认为佛教具有道德人伦教化的职能，这是他融会儒家思想的一种体现。所以他在“领众丛林”期间，是为了行其道德。在他主持禅林期间儒家积极入世的思想溢于言表，他把佛教的“出世”与儒家“入世”在佛教的“世出世”理论的框架之下统一起来了。这是他的社会责任感之所在，也是其思想特色所在，以出世之精神，导入世之事业，成为慧南思想的落脚点。他甚至把现实社会的王臣政治与佛教比做同样有益于生灵的春风丽日，说“欲使慧风与尧风并扇，佛日与舜日同明，苟非存意于生灵，何以尽心之如此。”

    慧南曾经认为对天、对人、对心“果无纤毫所欺”，才能够说得道，这在禅宗内是前所未有的理论。慧南不仅把自见本心转换为“不欺自心”，还在此之前，外加了“不欺天、不欺人。”佛家的自性皈依转变为对天、人、自我三者的皈依。“不欺天”，就是息自心以合天理、天道，这与后来理学家的“存天理，灭人欲”的宗旨相吻合。程颐曾自道“吾此妙心实启于黄龙”，是有很清楚的渊源的。“人”指人情、社会道德伦理等。所以慧南的思想是结合儒家来解释佛法，这也是佛教中国化的一个主要形式。