程朱理学则把“理”作为其哲学思想中的本体论，这种学术方式既有儒学自身演变的因素，也是受佛学影响的结果。程朱理学的许多根本点与禅宗理论多有相通之处，理学所谓“天理”、“天命之性”，其实就是佛教中的佛性。唐宋之际文人提倡的“佛性论”所指的“佛性”多是披上一层佛性外衣的人性、心性，那么，程朱理学中所说的“天理”、“天命之性”则是一种天道化了的道德本体。宋明理学的“修心养性”与禅宗的“明心见性”，说法不同，实质是一样的。在一定意义上，甚至可以说宋明理学是心性之学的发展。
宋明理学糅合佛学是对佛教禅家思想的批判继承，由于理学家们多出入于释老学者，受隋唐之后注重心性的“佛性论”的感染，故往往把儒家的伦理哲学深化归结为修心养性的学说，从而使宋明理学成为与注重“明心见性”的禅宗佛性理论中的心性学。而原与佛学对立的儒家伦理哲学，变成了披上儒学外衣的佛学。可见禅宗思想的感染力之强。
