经过宋王朝的统一，中日之间的交通贸易日渐兴盛，僧侣往来日益频繁，宋文化再度传入日本。禅宗于南宋时达到成熟时期，日本蒙受南宋禅宗的影响势在必然。

    公元3世纪至荣西传入禅宗思想之前，可以看做是吸收改造中国汉唐文化的时期；自荣西开始则转入对宋文化吸收改造时期。众所周知，汉唐文化对日本上层社会影响显著，但是宋文化则更深入向武士阶层及民间发展。另外杨歧派的圆尔将宋学中的朱熹学说带至日本，促成日本禅宗流行与禅儒合流的文化方向，对于日本政治与佛教间形成稳定关系起到关键作用。

    室町时代，日本禅宗的五山十刹正式确立。五山不仅成为当时禅宗的中心，而且因为禅僧从中国带来的大量儒家经典，使得五山逐渐兼有了宋学研究中心的作用。由春屋妙葩主持开印出版的“五山版”，不仅有大量的禅书，还有很多的儒家经典。五山禅僧中更是涌现出不少精通宋学的学者，通过他们的努力，宋学才在日本的知识阶层中广泛传播开去。由此发展，直到江户时代，宋学逐渐离开其本体而成为独立的存在，成为日本文化中的重要内容。