佛教在日本发展过程中，形成了许多宗派：如真言宗、净土真宗、律宗、东密、台密、日莲宗、天台宗、禅宗等等。到了奈良时期禅宗思想从大唐传入日本，先后成立临济、曹洞、黄檗三大宗派。
荣西禅师仁安三年(1168年)到中国学习禅法，得到天台新章疏三十余部。文治三年(1187年)再次来华，学习临济宗黄龙派的禅法。建久二年(1191年)归国，在日本建立圣福寺，这是日本禅寺的创始，荣西禅师被后世尊为日本禅宗开山祖师。后来又在京都开创建仁寺，作为台、密、禅三宗兼学的道场，并融和三宗而形成日本特色的临济宗。
另一位日本僧人道元23岁入宋求法，遍参禅宗诸师，在天童山洞山良价的法系的如净禅师处证悟，并获得印可。归返日本后，创建永平寺，宣扬曹洞禅曹洞宗因而大盛，成为日本最大宗派之一，有寺院14700余所。
黄檗宗与临济、曹洞合称日本禅门三足，由明末的中国僧人隐元隆琦融和禅净创立，成立于江户时代。此宗以黄檗山万福寺为道场，历任住持都是中国赴日弘化的高僧，近代才由日本僧人住持。
