贤首宗概括佛教各经论对各项问题不同的解释以及各宗派不同的理论体系，判为五教。贤首宗的判教与天台宗的判教在旨趣上是有所不同的。天台宗的判教，虽然是把各经论、各派系不同的主张各各给以合法的地位而免除争论，但是更重要的是指导现行，考验观行。天台宗认为在修行上有人和法的不同，如若法是圆法，人是钝根，所成就也只能是小果；法是偏法，人是利根，也可以成就圆果。因此建立四教可以指导不同根器的人随意乐修，可以考验悟解，知落于何乘。贤首宗的法界观，不是下根劣器所能企及，而其判教的目的是在于弭争，使不同的主张各各有其地位，兼带可以使圆宗学人总摄名种不同的见解而归于圆解。贤首宗判教的五教是小教、大乘始教、大乘终教、顿教、圆教。小教是小乘数；始教、终教、顿教通为三乘教；圆教是一乘教。
    小教的主张，在种性上有六种种性之分，所谓退、思、护、住、升进、不动。退种性者于所得果遇恶缘便退，思种性者于所得果常常惧畏退失，护种性者于所得果常能防护，住种性者于所得果安住不退，升进种性者于所得果常能上达，不动种性者直达究竟终不退转。不动种性又有三品：下品是声闻，中品是缘觉，上品是佛。而佛种性唯佛一人有之，余一切众生所无。一切二乘都不回心向大，因为所求的是无余涅槃，得已便即满足，更无他求。佛果也是无常的，佛的三十二相，八十种好都是实法。娑婆世界秽土即是释迦如来报土，这个阎浮提是报佛所依，其他百亿四天下是化佛之境。王宫生、双林灭的释迦佛即是报身。对于佛身立生身、法身二身。
    修行的阶段有四位：方便位、见道位、修道位、究竟位。或立十二住：一、声闻自种性住；二、入正未越次取证方便住(七方便)；三、越次取证住(见道及初果)；四、得不坏净味圣戒转上漏尽住(戒学)；五、依增上戒、增上慧学出生住(定学，断欲界思惑)。六、七、八得真谛智增上慧学住(六断上三品惑，七断中三品惑，八断下三品惑)。九、观察生无相三昧住(得四根本定)；十、究竟无相住(三无色)；十一、解脱学处住(断非想九无碍及得灭定)；十二、一切种阿罗汉住(阿罗汉果。见《瑜伽师地论》卷四十八、梁译《摄论》卷十一)。
    或立三界九地，即是有漏九地，欲界、四静虑地、四无色地。若就无漏九地，须除欲界和非想，加未至，中间两地，或合立十一地，即是欲界、四静虑、未至、中间、四无色。修行至四加行中忍位即得不退。声闻修行，最疾三生得阿罗汉果，最迟六十大劫。缘觉修行最速四生得果，最迟百劫。菩萨要三大阿僧祇劫成佛(劫数以十进为数)。其中有四时：一、三大劫修因；二、百劫修相好业；三、出家习定苦行；四、菩提树下成道。佛也是受分段身，是实而不是化。以上等是小教义。
    始教中有：(一)相始教；(二)空始教之分。《解深密经》、《成唯识论》等分别五种种性，建立依他方法是相始教；《般若经》、三论等说万法皆空，显无所得是空始教。因为不说一切众生都有佛性，立义不究竟，所以是大乘始教。
    始教主张：真如凝然，不生诸法，就缘起生灭事中建立阿赖耶识。关于种性立五种种性：一、佛种性；二、独觉种性；三、声闻种性；四、不定种性；五、无种性。无种性众生无有出世功德，永不灭度。其种性有两种：一、本性住；二、习所成。有种性有情必具足性、习二法成一种性，方能发心，随阙一不成，亦不可说性先习后。一切二乘中，决定种性者趣于涅槃，不回心向大；不定种性者可以向大。佛的法身是常，因为是自性；也是无常，因为常与无常二者不可分离。修生功德(报身)也是无常，因为是从修生的；也是常，因为相续生起而无间断。三十二相、八十种好是化身之相。报身在摩醯首罗天，化身充满百亿阎浮提。以清净法界为法身，四智为报身。释迦身是化而非报。或立二身：合他受用身与化身，名为生身；合自受用身与法身，名为法身。或立法、报、应三身。或立四佛：法身、自受用身、他受用身、应化身。修行的阶段有四位：方便、见道、修道、究竟。或开方便位为二：资粮位、加行位。或立十地，乾慧等地。或立十二住，如小乘名。或立五十二位：十信、十解、十行、十回向、十地、等觉、妙觉。声闻自苦忍以上，缘觉当世第一法，菩萨当十回向皆得不退。菩萨经三大阿僧祇劫修行成佛(劫数以倍倍为数)。七地以前菩萨受分段身，八地以上受变易身。或说：十地菩萨仍有惑障，便仍有分段身。以上是始教义。
    终教就体相融熔门说，真如随缘与无明和合，成阿赖耶识。如《起信论》说：“不生不灭与生灭和合，非一非异，名阿赖耶识。”真如随缘作诸法时(俗谛)，不失自体(真谛)。真俗虽有二义而无二体。就真如性以立种性，因此一切众生皆有佛性，毕竟成佛。一切二乘都回心向大。因为都有佛性内熏为因，如来大悲外化为缘，尚有根本无明未尽，小乘涅槃是不究竟，所以无不回心向大菩提。佛果法身是常，因为随缘而不失自性；也是无常，因为随缘赴机。修生功德(报身)是无常，因为从修生；也是常，因为一得之后同于真如。佛果报身有八万四千相，并是实德，释迦佛的报土在三界外，化境非但百亿四天下而以无量恒河沙世界海为一佛所化。以妙智为法身，或境智合为法身。或立三身：法身、报身、应身。或立四身：法身、自性身、受用身、应化身，如《楞严经》说如如佛、智慧佛、功德佛、应化佛。修行阶段有三贤十圣，不立见、修分别。亦不立十信位，以十信是行而不是位。初住以上即得不退。三贤初位即得法身，能于十方世界，现八相成道。修行经三大阿僧祇劫成佛，或定或不定，亦可经不可计数阿僧祇劫。不说百劫修相好。地前菩萨受分段身，地上受变易身。以上是终教义。
    顿教不依言语文字，不定位次而要求顿彻法性，所以称为顿教。顿教主张一切法惟一真如，差别相尽，言亡虑绝。即此唯一真如，离言说相，即是佛种性。一切二乘非回心非不回心，因为离一切相。既然相尽念离，佛只是一实性身，不可说有功德差别，也不说是常或是无常。释迦身即是法身，而非报身、化身，因为是相尽念离。如来法身，也非心非境。一切行位也都不可说，所依身分也不可说是分段或是变易，经过的时劫也不可说，因为离一切相。只要一念不生就是佛。一念即是无念，时也即是无时。以上是顿教义。
    圆教之中有两门：一、别教一乘，如《华严经》直显圆融不可思议的法门，与三乘截然不同，是别教一乘。二、同教一乘，如《法华经》会三乘为一乘，小乘三乘都是一乘的方便，摄入在一乘中。借小乘三乘法以显一乘无尽之旨，是同教一乘。圆教主张是性海圆明，法界缘起，无碍自在，一即一切，一切即一，主伴圆融。因此种性有两种义：一就同教说，便是小、始、终、顿四教所立种性义，普皆具足，共成圆宗。二就别教说，便是一切理事、解行、依正、因果等本来满足，成就无遗。二乘回心的问题也有二义：一就同教说，前四教所说都是圆教的方便；二就别教说，便是二乘无所回，因为对一乘说都即是空，便无可回。又一切二乘即已究竟圆满，便是已回竟而无可回。佛果具足常、无常、亦常亦无常、非常非无常四句，圆融无碍。佛果有十莲华藏世界海微尘数相，一一相都遍法界。就别教说，释迦佛身即是十身，具足主伴，本来圆融；就同教说，释迦佛身即是报身，说华严处即是十佛境界。修行位次，就同教说，总摄前四教所说，都是方便；就别教说，随得一位即是一切位，因为是六相圆融，主伴圆融，相入相即的。约报而成三生成道：一、成见闻位；二、成解行位；三、证果海位。一切时分皆不定，因为诸劫相入相即，该遍一切世界的。不说有变易身，只说分段身直至十地离垢定前(如善财以分段身穷于因位)。以上是圆教义。