修行断惑，五教所说不同。小乘教说惑有九十八使。根本烦恼有十：即是贪、瞋、无明、慢、疑、身见、边见、邪见、见取、戒禁取。此十各有分别(见所断)、俱生(修所断)二种。此二种十烦恼对三界四谛成九十八使：欲界见苦所断有十，见集所断有七(除身见、边见、戒禁取)，见灭所断有七(同集)，见道所断有八(除身见、边见)，总为三十二使。色界、无色界见四谛所断同上除瞋，各有二十八使，共有八十八使是见所断，亦名见惑。欲界修所断有四(贪、瞋、无明、慢)，色界、无色界除瞋各有三，共有十使是修所断，亦名思惑。三界修所断惑就欲界、四禅地、四空处等九地而分其轻重，各有上上、上中、上下、中上、中中、中下、下上、下中、下下九品，有八十一品思惑。断三界见所断惑为须陀洹果，断欲界前六品思惑为斯陀含果，断欲界思惑尽为阿那含果，断色、无色界思惑尽为阿罗汉果。是为小教断惑次第。
    始教也说十根本烦恼，各有分别、俱生二种。但就三界而言，便是一百二十八使而不是九十八使。即是见所断惑中欲界四谛各有十使，便是四十；色界、无色界各只除瞋，便就四谛各有九使，共三十六使。三界合有见所断惑一百一十二使。其修所断惑中欲界有六(贪、瞋、无明、慢、身见、边见)，色界、无色界各除瞋有五，三界共有修所断惑十六使。总为一百二十八使。其断惑次第有二种：一、渐出离人与小教所说同；二、顿出离人，得初果已，即顿断三界，渐除九品，乃至得阿罗汉，中间无有别果。
    菩萨修行不具三界分别，只分见所断和修所断两种的所知障和烦恼障。见所断的所知障和烦恼障，在地前便伏现行，初地真见道时一刹那中顿断其种。修所断的烦恼障是自初地已上自在能断，但为润生以教化众生，为不堕于二乘涅槃，为要断所知障，为要证得佛菩提，留而不断，到金刚后心顿断。修所断的所知障是每地分分断除，至佛地断尽。断惑位次约有九说不同：(一)一二三地断三界中色烦恼，四五六地断三界中心烦恼，七八九地断三界中色习烦恼，十地佛地断三界中心习烦恼。(二)七地已来灭三界色、心二习果报，八地色习无明尽，九地心习无明尽，十地二习无明灭尽。(三)见道位不得遍计所执性，修道位灭染分依他起性。(四)见道位断见所断惑，修道位断修所断惑。(五)邪师邪教所起见所断惑，于资粮位伏，邪思惟所起见所断惑于加行位伏。(六)修所断六七识惑，十地以来尚有现行，八地已去永伏不起。(七)四地断六识烦恼障，七地断末那烦恼障，八地已去唯有所知障。(八)自初地至佛地，地地断一分无明，即有十一分无明。(九)自初地至佛地，地地有真俗二智，各断一分无明，即有二十二品无明。
    终教说声闻只能折伏烦恼障而不能断烦恼障，更不能断所知障。菩萨断惑也不分见所断与修所断，只分烦恼障和所知障的正使和习气。地前伏正使现行，初地断正使种子，地上除习气，佛地究竟清净。断惑位次约有九种不同的解释：(一)地前渐除烦恼障，地上渐除智障。(二)第一阿僧祇劫断皮烦恼，第二阿僧祇劫断肉烦恼，第三阿僧祇劫断心烦恼。(三)十地之中，每地有人住出三心，入心断皮，住心断肉，出心断心。(四)二障粗细通于三处：地前、地上、佛地。地前意识尽，得显化身；地上末那尽，得显应身；金刚后心、阿赖耶识尽，得显法身。(六)烦恼障清净能显应身，业障清净能显化身，智障清净能显法身。(七)能解遍计所执性，得至应身；能灭染分依他起性，得至报身；能净圆成实性，得至法身。(八)灭阐提不信障，显十信位，成信乐大乘行，为净德因，及铁轮王报。灭外道执我障，显十解位，成般若行，为我德因，铜轮王报。灭声闻畏苦障，显十行位，成破虚空器三昧行，为乐德因，银轮王报。灭独觉舍大悲障，显十回向位，成大悲行，为常德因，金轮王报。初二三地灭阐提不信习，得大乘光明三昧，成于净德，除因缘生死变易报。四五六地灭外道我执习，得集福德王三昧，成于我德，除方便生死。七八九地灭声闻畏苦习，得贤护三昧，成于乐德，除有有生死。十地佛地灭独觉舍大悲习，得首楞严三昧，成于常德，无有生死。(九)三地终心以来断二障修惑正使皆尽，四地已去但有微习。
    顿教以为一切烦恼本自性离，不可说断与不断。
    圆教以为一切烦恼不可说其体性，但其用甚深广大，因为所障、能障一即一切，具足主伴。如法界一得一切得，烦恼也一断一切断。若就同教而言，前诸教所说都是此教的方便。