唯识哲学有两条定理：第一是阿赖耶识是万物的本源、人生的本源；第二是识的作用是绝待的，不是对待的，就是自己识的见分了别相分。将这两条定理连到一起来说，便是人生同万物决不是由阿赖耶所发生的单独一种东西，不过就是阿赖耶识的相分。所有过去、未来、现在的宇宙人生既然全是阿赖耶识的相分，然而过去的宇宙人生已经消灭，未来的宇宙人生还未发生，何以能说也是阿赖耶识的相分呢?因为过去的宇宙人生虽然已经消灭，它却有一种结果积蓄在阿赖耶识相分里。这未来的宇宙人生虽然还未发生，它却有一种应当发生的能力含蓄在阿赖耶识相分里。这过去的宇宙人生的结果就是发生现在同未来的宇宙人生的能力，所以这二种总叫做一个名词：叫做“种子”。阿赖耶识叫做“种子识”，便是这个缘故。
    阿赖耶识的相分所以包含三种，第一是“种子”；第二是器界，便是现在的宇宙间一切万事万物；第三是现在的五根，这五根在万物之中有一种特别作用，便是为五识所依托的地方，所以要独成一类。这现在的前七识也是从阿赖耶识中的种子发生的，但是因为它各各有体，所以不是阿赖耶识的相分了。
    这“种子”的意思是假借世间“种能生根茎枝叶”的意思，然而实在它的作用比世间花木种子的作用完全不同。它有六种特点：第一，刹那灭；第二，果俱有；第三，恒随转；第四，性决定；第五，待众缘；第六，引自果。
    如何是种子刹那灭和果俱有呢?这识是一种能力，不是一种有体质的东西可以用色声香味触去测量的。譬如人有千斤的力量，在不用的时候，这力量并无体质也无容量，然而不能说没有，因为到工作的时候可以显现出来的。这识也是如此，在寂静真如之中无有所谓识，然而不能说没有。识既如此，识的相分当然也是如此，这种子的作用力未发生时是无体质无容量的，等到它的作用发生时，那时种子的体才成立；但是这时正是由种子发生现在的宇宙人生的时候，所以说是果俱有。这发生是极快的，种子才生便灭，继续不断地更换，所以宇宙也进化不息，所以说是刹那灭。这有最好的譬喻，便是电影。种子是影片，宇宙人生是影幕上的像。这是“刹那灭”和“果俱有”的。
    如何是“恒随转”?由种子发现的宇宙人生，这叫做“现行”，就是现在行为。种子既是与果俱有，又是才生即灭。它灭了之后，便又由“现行”结成未来的种子了。所以直截了当说是“种子自类相生”，不是同花木的种子，种灭芽生，以至花灭果生，果还成种的。这种子在阿赖耶识中自类相生，永无了期，必须到因修行对治证得最末的分位方能灭除，这叫做“恒随转”。
    如何是“性决定”?便是由现行的善恶，成决定善或决定恶的种子，不能改变的。
    如何是“待众缘”?便是种子单独不能发生现行，还要依待其他的缘。譬如草木的种子要藉日光水土为缘，这阿赖耶识中的种子也是如此。
    如何是“引自果”?便是色法的种子还生色法的果，心法的种子还生心法的果，不能错乱的。