宇宙既是这阿赖耶识的相分，所以换一句话说，便是宇宙充满在这阿赖耶识之中。不过宇宙在这阿赖耶识中，并不是如同我们人所见的情况。这宇宙是不纯洁的，不清净的，是无穷复杂染污的法集聚成的。在这阿赖耶识中所包括的，唯是这无穷复杂染污品法的种子，这种子依托这阿赖耶识而得保存，所以这识叫做“藏识”，又叫“种子识”。这种子的成立，是由于这阿赖耶识受这无穷杂染的法熏习而生成的；但是这种子并不是另有体质，种子就是习气的别名。如同麻油用香花熏，便也沾染也香气了。这种子又受这阿赖耶识的功用，发生无穷杂染的法，所以说“摄持种子”是阿赖耶识的“自相”，“一切染法得生”是阿赖耶识的“因相”，“从染法熏习力阿赖耶识相续而生”是阿赖耶识的“果相”。
    什么叫“熏习”?如同用香熏衣，这衣服便有香气，这叫做“熏习”。所以，“熏习”一定要有“能熏”的，有“所熏”的。这“所熏”的一定要具四种性格才能受熏：第一，“坚住性”；第二，“无记性”；第三，“可熏性”；第四，“和合性”。
    第一，为什么要坚住性?譬如“声音”“风”“光”等不能熏成香味，因为它是忽起忽灭的，是虚荡的。人的眼识、耳识、鼻识、舌识、意识以及第七识都是有间断的，所以不能受熏，唯有阿赖耶识是坚住的，所以能受熏。
    第二，为什么要无记性?无记是不分善恶，如同沉香麝香不能熏成臭，韭蒜不能熏成香，因为它已经有固定气味了。所以清净的法、杂染的法都不能受熏。清净的法即是佛果，杂染的法即是烦恼，唯有第八识是不分善恶的，所以能被熏。
    第三，为什么要可熏性?如同金石不能熏成香臭，因为它体质太坚密了，所以“真如”是不能受熏的，唯有第八识体性虚疏能含容种，所以能被熏。
    第四，为什么要和合性?如在东屋的香不能熏西屋里的东西，一定要“能熏”的同“所熏”的在同时同处，方能成熏。所以各人唯受各人自己的前七识熏，不受他识的熏习。
    “能熏”也要有四种性格，才能熏：第一。“有生灭”；第二，“有胜用”；第三“有增减”；第四，“与所熏和合”。第一，为什么要有生灭?有生灭即是有作用，无有作用等如无有香味，不能熏他。所以寂静无为的法不是能熏，唯有前七识有生灭有作用，方是能熏。第二，为什么要有胜用?如香气薄弱不能熏，必定要气味强烈才能熏。所以第八识气味薄弱不能熏，物质无思想作用不能熏，唯有前七识是能熏。第三，为什么要有增减?如同香味能熏的，但是要逐渐消失的，假如极圆满不增不减的气绝不能熏，若是也能熏，他便决定不圆满了。所以佛果是圆满的善法，不是能熏，唯前七识是能熏。第四，为什么是与所熏和合?因为能熏与所熏要不是同时同处，决不会受熏的。所以他人的前七识不是能熏，唯有自己的前七识是能熏。
    第八识是“所熏”，前七识是“能熏”，所熏得的结果便是“种子”。但是有人主张种子不是由熏习得来的，是第八识中本来有的，不过由熏习的力量，击发它的作用。有人主张种子是全由熏习成的。所以护法菩萨的意思是种子有两类：有本有的，有新熏的，都是待众缘而后发生作用。本有的遇缘，便由本有的种子生现行；新熏的遇缘，便由新熏的种子生现行。