唯识学对于物质究作如何解释呢?识是一种功能，由种子生现行，这种子同现行也都是一种功能。何以由阿赖耶识中的种子可以生前七识，又可以生成物质呢?唯识哲学说：物质根本就是能力的集合，并无有实质的。由阿赖耶识中生起四种功能：一是“障碍的功能”；二是“流润的功能”；三是“炎热的功能”；四是“飘动的功能”。这四种功能集合到一起，所以我们觉得是物质了，由四种功能集合的成分不同，所以有各种差别的原质。
    由这障碍的功能，我们对于这障碍认为是实质，为使人了别这一点，在唯识哲学中将这障碍的功能叫做“地大种”。意思说这障碍的坚厚同地一样。由这流润的功能，可以使障碍性的集合时多时少，换一句话说，便是物质互相吸引化合或是分析的功能，在唯识哲学中叫做“水大种”。言其同水一样可以融化一切物而自体也是流散不能固立的。由这炎热性世间一切物质才有生长的功能，便是一切物质所含的热，在唯识哲学上叫做“火大种”。由这飘动的功能，世界一切物质才有生灭变迁，在唯识哲学上叫做“风大种”。
    将这理论若是与最新的科学来比较，却是恰恰相符。科学家从前认为世间物质是由八十几种原质组织成的，但是现在已经不这样说了。他说“物质就是能力”。譬如一件物体，我们可以量它的容积几尺高深，我们又可以量它的重量是几斤重，现在我们又可以量它是有多少能力，物质可以分散成能力，发挥成功作用，也可以由能力集合成物质。太阳一日夜发挥这些热，经过这些千万年也不减少，便是由太阳的物质分散成能力的表示，因为一点极少的物质可以散成甚大的能力的。何以太阳中的物质它要分散成能力而发挥出来呢?这要就唯识哲学的来解释，却极简单，便是太阳中的四大种消长的关系。因为四大种的消长而火大种、风大种有剩余了，所以便发挥成光热而散在虚空了。
    再将这四大种与科学中电子论来比较，这障碍的功能便是电子，这流润的功能便是电子吸引的力量，这炎热的功能便是电子中的电量或是电子中所含的热，这飘动的功能便是电子流动不停的力量。
    人的身体也是物质，便也是四大种集合成的。但是有两种：人的肉体，便是这像葡萄的眼，像荷叶的耳，像悬胆的鼻，像半月的舌，四肢六腑的身，这是与一切物质一样的，叫做“扶尘根”。属于百法中色法类的色声香味触，因为是可见、可闻、可嗅、可尝、可觉触的；而于见色而生眼识的眼、闻声而生耳识的耳、嗅香而生鼻识的鼻、尝味而生舌识的舌、受触而生身识的身，却是不可见闻嗅尝触的，这叫做“净色根”。这五根是由清净四大种成的。何以证明呢?譬如人因肠胃病而死的，那肉体的眼没坏，何以不见呢?肉体的耳没坏，何以不闻呢?又譬如人被一刀杀下头来，那肉体的眼耳也不坏，何以不见不闻呢?所以必定另有一种眼、耳、鼻、舌、身，这另一种的五根是有相当的关系的。这种身根一坏，这种的眼耳鼻舌根也连带坏了，所以这人是死了。人触电死的，在肉体上检查不出损坏的痕迹，便是用电子的四大种损坏了人的净色根，所以在唯识哲学上不称作“死”，说这是“四大分离”了。