菩萨的行法总括起来不过六度，六度再总摄起来不过三学。三学就是“戒学”、“定学”、“慧学”。
    菩萨的戒学有四种差别：第一“品类差别”；第二“共不共学处差别”；第三“广大差别”；第四“甚深差别”。那品类差别就是前边说的三种戒：“摄律仪戒”、“摄善法戒”、“饶益众生戒”。共不共学处差别就是大小乘戒共不共的差别；大小乘所共的便是断一切杀盗淫等性罪，大小乘所不共的，就是大乘中身口意三业随有一犯，便是犯戒，小乘中，只有身戒、口戒而无心戒。广大差别就是菩萨戒的品类广大、福德广大、利益一切众生广大、成就无上菩提广大四种广大。甚深差别就是菩萨能方便善巧，虽行恶事而实利众生，不成犯戒。
    菩萨的定学有六种差别：第一“缘境差别”，第二“品类差别”，第三“对治差别”，第四“功能差别”，第五“引发差别”，第六“事业差别”。缘境差别就是菩萨所修的禅定，是缘大乘教法的。品类差别就是菩萨禅定有无量种类。对治差别就是菩萨禅定是由无分别智缘真如，能除阿赖耶识中的一切障。功能差别就是菩萨能随意受生，不失禅定。引发差别就是菩萨禅定能引发一切无碍的神通。事业差别就是能由定力成就种种自在事业。
    又能成就十种难行：第一“自誓难行”：就是能誓愿无上菩提。第二“不退难行”：就是不畏生死众苦。第三“不背难行”：就是一切有情虽行种种邪恶，还是救济不舍弃。第四“现前难行”：就是对有怨的众生也作一切有利益事。第五“不染难行”：就是生在世间不为世法所染。第六“胜解难行”：就是对于无尽的大乘教法，能极深的信解。第七“通达难行”：就是通达生空、法空。第八“随觉难行”：就是对于佛所说的一切密语，或是不了义经能甚深的了解。第九“不离不染难行”：就是不离生死而不为生死所染污。第十“加行难行”：就是能修学诸佛解脱一切障碍，不作功用而能永久利益一切众生。
    慧学就是无分别智。这无分别智有十六种特殊情状：第一，无分别智的“自性”是本来无法表示的，一经表示便成分别了；只可就离五种相上间接表示无分别智的自性。一、无分别智不是无作意，因为睡眠、醉不是无分别智；二、无分别智不是无寻无伺，因为二禅以上不是无分别智；三、无分别智不是想受灭，因为无想天不是无分别智；四、无分别智不是色，因为一切四大种所成的色不是无分别智；五、无分别智不是对于真义有所计度，认为是真实；因为假若如此认识，还是分别了。
    第二，无分别智“所依”藉的不是心，也不是非心；因为心是主分受的，非心又不能成智。
    第三，无分别智的“因缘”，是由于语言听闻的熏习和合理的作意。
    第四，无分别智的对“境”，是那不可言说一切无我的真如。
    第五，无分别智的“行相”，就是无相，因为一切相是由分别起的。
    第六，无分别智所“任持”的就是诸菩萨由无分别后得智所起的一切行业。
    第七，无分别智的“助伴”，就是前五波罗蜜；施、戒、忍、进四波罗蜜是无分别智的资粮，禅波罗蜜是无分别智的依止。
    第八，无分别智所感的“异熟果”，就是生在诸佛变化身、受用身两种法会中。
    第九，无分别智的“等流果”，就是转转的增胜。
    第十，无分别智的“位次”，是从初地得无分别智，能见一切地无分别理，次第到十地方完全成办。
    第十一，无分别智的“究竟”，便是佛的法身、受用身、变化身。
    第十二，无分别智的“胜利”，就是如同虚空，一切过恶所不能染污的无分别加行智。因为信解无分别的道理，所以能对治种种恶趣而不为恶趣所染。无分别根本智如同虚空，能解脱一切障，所以无染。无分别后得智如同虚空，常在世间而不为世法所染。
    第十三，无分别智的“差别”，就是三智。那无分别加行智，如同哑巴或是痴人所有求望；无分别根本智，如同哑巴或是痴人正领纳环境；无分别后得智，如同不哑或是聪明人领纳环境。又加行智如同前五识求受，根本智如同前五识正受，后得智如意识正受。又加行智如同不明白此书而求解，根本智如同正研究此书，后得智如同已研究熟悉完全通达。又根本智如同人闭目空无所见，后得智如同人开目见一切色像。
    第十四，无分别智何以能“无功用”而成就事业，在印度用摩尼珠和天乐来譬喻。我今引孔子两句话来譬喻便是：天何言哉!四时行焉，百物生焉!天何言哉!无功用的行事便如此。
    第十五，无分别智何以“甚深”呢?这无分别智所缘的，既不是依他起性的分别事，却又不是别有境界。他所缘就是遣分别事的法性。这无分别智不是智而又是智；是智他却无分别，不是智却又由加行无分别智出生。这无分别与所取境是平等不差别的。一切法本来是无分别，所分别既无有，那能分别也没有。如此说来，这无分别智也没有，所以这智实在甚深。
    第十六，三智的种类。无分别加行智有三种加行：就是“因缘生”、“引发生”、“数习生”。因缘生便是由佛性种子的力量而生；引发生便是由前生修习的力量而生；数习生便是由现在勤修的力量而生。无分别根本智有三种无分别：就是“喜足无分别”、“无颠倒无分别”、“无戏论无分别”。喜足无分别便是知足，了知这无分别是究竟了；无颠倒无分别便是通达真如；无戏论无分别便是知一切法不可言说。无分别后得智有五种思择：就是“通达思择”、“随念思择”、“安立思择”、“和合思择”、“如意思择”。通达思择便是已能觉察、通达无分别性；随念思择便是忆念我已通达无分别性；安立思择便是能为他说此通达的事；和合思择便是观一切都是一相；如意思择便是随所思念成一切如意事。