金元时期，佛教有较大的发展，但这种发展不是佛教义理上进一步闡发，而只是寺院和僧人数量的增加，寺院经济的发展以及译经刻经。在唐代盛极一时的密乘趋于式微，禅宗又有新的发展。
这一时期的法门寺仍靠僧人的努力和民间的支撑，对法门寺佛指舍利仍保持一定的热情。无论法门寺的僧人或万千佛子，他们都明白这一点：法门寺系于真身宝塔，真身宝塔系于佛指舍利。若无佛指舍利，法门寺便失了份量，与天下多如牛毛的寺宇一般无二。因有佛指舍利，便屢有震撼人心的事件发生。
金代法门寺较有影响的事件是金烛和尚对佛指舍利的焚身供养。遍游天下名刹的净土和尚法爽选择法门寺作“真法供养”，这说明了法门寺在天下丛林中的崇高地位。这次法会有数万人参与，涉及社会各阶层，这也可窥知法门寺的建筑规模和巨大影响非一般寺院可比。
关于法爽，《金烛和尚焚身感应之碑》云：
师諱法爽，字明道，京兆云阳人。性梗直，禀质纯厚。初在髫龀，喜出家，遂辞亲入道，从万善寺僧普涓沙弥戒。于大定甲申岁，年十六，继依嵯峨山渐囗囗习经律论，深通旨义。道心既启，遂欲游方，遍参知识。始诣清凉山礼曼殊大士，盘桓久之，径入燕山谒天都诸名寺，遨游乎圣寿、竹林之间。復过崇寿，遇善公长老，扣以祖风，言下开悟。由是栖心禅寂，了悟无生。及参虚照，叟举目扬眉，囗囗囗默契。已而适山东，囗东平寄灵泉寺，西入汴梁，集千僧结冬期，迤逦转嵩山少间。宝刹精蓝，靡不周历。卒而之西洛龙门，过宝应、乾之寺，始识基公，遽以摩纳僧伽梨付之，因请主善西堂，领一岁。
法爽其所以要焚身供佛，有其教义作依据，碑云：
至于释氏之教，其所以废人伦而尚出家，弃尘劳而贵清净，为道日损，期證无为，则遠于儒而近于道。所囗囗囗囗律之外，而又有烧身炼臂供佛之说，本教谓之真法供养。薝葡旃檀非所及也，《梵網经》云：若不烧身臂指，非出家菩萨。又《莲经》载：药王本事品具述燃身感应之果。经云：如来是真语者，囗囗囗囗狂语者。其立言垂教，岂欺我哉。亦必有以也如是，则为儒道者，詎可各执名教容易而得而黜贬者邪。故自汉唐以降，名师大德踵袭前囗，精修苦行，如《高僧傳》所载，法羽、法光、僧瑜、囗囗囗囗慧益、曇弘等是也。就焚之际，皆有灵异，以表證真获果之验，非类庸夫或挟忧愤损躯舍命，自就横天之谬也。岐阳重真寺昔号法门寺，实古名刹，如来真身宝塔存焉。往往异人囗囗囗，此则我焚身和尚爽公其人也。
不仅教义有“烧身炼臂供佛”之说，亦有若干高僧大德作榜样。法爽供佛步步升级：
復于大定辛丑岁也，居无几，有志礼法门寺真身宝塔，拂袂归来，诣塔前，身挂千灯，以为供养。观者无不惨怛，师神色怡然不改。尔后守锡长安，行来永安、福昌二刹，遍阅藏经，披寻遗教。囗囗囗囗囗岁，復寓重真寺，修塔院，披阅藏教，时以香花幡盖、灯烛音乐之具，广陈薦献，备竭丹诚，及以香水洗塔拭尘，自上而下，一一周遍。
他先是“身挂千灯，以为供养”，继又“以香花幡盖、灯烛音乐之具，广陈薦献”，后又“以香水洗塔拭尘”。但他下决心焚身供养的诱因是塔有灵异现象出现，碑载：
本寺净土院僧因公，重师名德，礼请住持，师乃糺化，多囗囗囗囗囗及法华品，以斯功德，求生兜率。泰和乙丑，又于塔囗两隅造二百幢，鎸刻经咒于其上。东幢有刻观音尊像，一日忽甘露法水从幢而下旁流至地，三日乃歇。皆道德所感。师每读《法华药师品》，慨然囗囗囗。卜地于寺东南四五里，起筑壇场，欲构宝塔一十九座，焚此身以供养之。
该碑文还详述了法爽焚身供养的真实情景及种种感应事迹，碑文云：
卜定泰和丙寅九月某日为期。忽值府帥见疑，辄沮其事。加以边警囗宁，所议遂寝。至戊辰，囗囗囗囗囗囗囗囗囗逝，密告法属斌公主者，囗公曰：召缘已至，正赖公等赞助而成之也。再卜三月十八日。焚身前期十余日，建立加持道场，设无遮大会，拭尘浴塔，种种供养，維冀如来之囗囗囗囗囗囗囗囗囗囗囗囗香屑者数囗囗，筋力如故。拜跪礼念，六时不辍。至十七日夜，分师往诣壇所，自积余薪，先以布蜡造为巨烛，虚中而实外，师就立烛间，顶布褐僧帽，冠五佛冠，囗囗囗囗瞻望浮图囗囗囗囗囗十大愿以申供养之意。及于烛间三勇而出。其初教诫诸人曰：诸恶莫作，众善奉行，自净其心，是诸佛教。其次白辞世颂二首，词甚颖脱。又其次念囗囗囗囗囗囗囗众应和。须叟自取火炬囗囗众曰：此别，各须努力。今而后当以金烛和尚名之，若当来万一，囗道号宝幢，光照无尽，胜妙尊王，佛非虚言也。从顶三燃，烈炎交至，于火光中合掌，囗囗囗逝，时行年六十。僧腊四十有四。当是时也，七众之人作礼围绕，差肩接踵，不啻数万计，莫不囗囗动地，以真佛呼之。画幡一只，隨焰腾飞，投西北而去，卒莫知所生。敛灰之际得舍利囗囗囗虽不善者焚香恳禱，无不获囗其后神光灿烂，屢现于中夜，近地居民，无不见者。
法爽焚身于金章宗完颜璟泰和六年(1206)，《金烛和尚感应立碑》立于金大安二年(1210)。立碑的参与者有大乘戒沙门、地方官员及佛教徒，其中的“李后社”、“云行东社”、“云行北社”、“豆回社”、“里村社”、“李家务社”、“梁马社”、“府村社”、“高井社”、“高望社”、“豆村社”等约20家，显然不是地方或人名，而是念佛的组织。此风宋代最盛，如宋人灵照的净业社(1068—1077)，参加的僧俗多达20000人①。法门寺有如此多的念佛组织，从一个侧面说明法门寺业已民间化，且香火鼎盛。
结社念佛多系净土宗，由碑文知，法爽是法门寺净土院僧人。净土宗是专修继生阿弥陀佛净土的法门，又叫莲宗。净土宗立祖之说起于宋代。既然“净土”在中国人心目中即是天堂乐土，彼岸的极乐世界，为痛苦的庶民百姓提供一线希望，故很受百姓欢迎。对佛指舍利的虔诚供养也为祈福。所以，对法门寺的佛教徒而言，瞻礼佛骨与信奉净土是一回事。当时的法门寺不止一个净土院，大概也不改唐代诸宗兼弘的方针，但以净土宗为主当无疑义。
此后于衛绍王(完颜永济)大安二年(1210)有德顺僧师伟作《谨赋律师九韵奉赞法门寺真身宝塔》，诗云：
寺名曾富布金田，塔字从来梵伽傳。
可笑异宗閑斗嘴，比乎吾道不同肩。
世人朽骨埋黄壤，唯佛浮图倚碧天。
谷橐山炉煅匆坏，铁锤霜斧击尤坚。
三千界内真无等，十九名中最有缘。
百代王孙争供养，六朝天子遞修鲜。
儻能倒膝罪隨缺，或小低头果渐圆。
三级风檐压鲁地，九盘轮相壮秦川。
经书谈我释迦外，今古烦君说圣贤。
师伟为法门寺而自豪，“浮图倚碧天”，佛指“击尤坚”，阿育王分舍利于中国建19座舍利塔，惟法门寺真身金塔“最有缘”，乃至“百代王孙争供养，六朝天子遞修鲜”，其真身宝塔十分雄伟，“三级风檐压鲁地”，就是拔地而起的泰山也不能与之争高下，“九盘轮相壮秦川”，不愧为“关中塔庙之祖”。
金代法门寺文化的一大收获是藏经刻经。
宋金时代募刻大藏经风气炽盛，金承安五年(1200)《法门寺藏经碑》是一通十分重要的碑石，内云：
……贝葉灵文半满，……搜索穷四十九年，囗囗囗五千余卷，自尔有转轮法藏囗珢函，并诸贤圣集记，不啻万卷。从古囗囗，故不朽耳。本院大讲经者囗有僧崇囗，门人永显、永贤、师孙义全等。于皇统元年间，纠率众人，修完未足，偶遇兵革，损坏散佚，仅二千卷。至大定二十四年，主僧义高虑恐灭此法灯，何由破彼昏暗，适值敬法之贤如实赞助，意令不或囗始终，修葺积有岁年，一志坚成，岂云小補。
这段文字详述了金代法门寺藏经的始末：早在金皇统元年(1141)之前，法门寺僧经49年之搜索，获经5000余卷。此项工作始于宋哲宗元祐七年(1092)。作为“皇帝佛国”的法门寺不仅以佛陀真身还以藏经之宏富冠盖丛林。此时法门寺藏经总数逾万卷，金初着手修補，但未及完工，因陕西境内的宋、金战争，法门寺沦为战场，典籍损失大半，仅余2000卷。金大定二十四年(1181)法门寺僧再次補修，并终于補足经藏。法门寺藏之修造，与解州天宁寺雕造，在赵城广胜寺的《赵城藏》几乎同时完成，是目前可知金代又一部大藏。
1981年秋，法门寺真身宝塔半壁坍塌，塔上暴露一批珍贵的经卷。经过清理，发现元刻《普宁藏》579卷，与大量《普宁藏》残卷。
《普宁藏》为元代白云宗编刊，先后参与者有普宁寺住持道安、如一、如志、如贤、如莹等僧人。元世祖至元十四年(1277)由大明庆寺寂堂思宗师首倡雕刻，始雕于元世祖至元十五年(1278)，完成于至元二十六年(1289)。
我国传世的《普宁藏》，以山西崇善寺藏本较多，但主要是前半部，南京、昆明有零册散本。日本的《普宁藏》始于“感”字号之《宗镜録》，无新补之《秘密经》。而法门寺发现的《普宁藏》共计579多卷，其中15卷为全帙，余皆残损。千字文编号始“天”终“汉”。折装。版高24.7厘米，宽65厘米。每版30行，折为5面，每面6行，每行17字。纸质细光，不洇水，呈淡褐色，似经压光，涂蜡，字体刚劲，刻印俱精。刻经题记均出现卷末。全以“藏经局”出现，末署普宁寺住持之名。其时间在至元十五年至至元二十六年之间。在这批残经中，发现刻工多人，其中姓名俱全者62人。
在这批经卷中，只有《菩萨本生鬘论》1卷全，余均残，千字文编号始“丁”终“遵”，经折装，版高24厘米，宽55厘米，每版30行，每面6行，每行17字。据其中《大乐金刚不空真实三昧耶般若波羅蜜多理趣经》宁一函题记，为元大德年间松江僧録管主八在余杭翻刻。还有元弘法所增《秘密经》30卷，《秘密经》为《普宁藏》续刻部分，属于《普宁藏》。
毫无疑问，7世纪后法门寺《普宁藏》的发现，不仅为《普宁藏》增加了新版本，也为研究法门寺历史提供了新资料。
①《中国佛教·净土宗》
