明代之初，朝廷十分支持汉地佛教。明太祖早年做过僧侣，对佛门内情了如指掌，知道该如何控制和利用。他着手建立僧官制度，由京都到地方，分别由中央和地方政府考核、任免。僧众各有专业，分禅、讲、教三类。为提高僧人素质，废除计僧賣牒，限制寺宇和僧人的数目，命沙门讲习《心经》、《金刚》、《楞伽》三经。从洪武二十五年(1392)起，僧録司各僧官享受国家俸禄。
清承明制，在京设僧録司，僧官由礼部考选，吏部委任。地方僧官由各州府布政司遴选，报送礼部受职。僧官、僧众的职别亦如明代。
明清两朝佛教各宗派中以禅宗最盛，净土宗次之，天台、华严、律宗、法相又次之。禅宗中以临济为最，曹洞次之。一些文人雅士迷恋禅悦之风，不少人做起了在家居士，并致力于佛学研究。
民国佛教落入低谷，而天主教、基督教、伊斯兰教却得到较大发展。
这一时期的法门寺境况如何呢?
明代的法门寺，僧少寺荒败，自宋立国至明隆庆600年的历史中，一方面由于佛教的衰势难遏，另一方面则由于年久失修，导致法门寺寺域日益缩小、寺僧日益减少和经济上的日益困难。因此，最乐观的估计，这时的法门寺继失去“国寺”的地位之后，至多也只是与府、州所留的寺院相当。
明代的法门寺僧众目睹荒败的寺宇，常常发思古之幽情，回憶辉煌的过去，所谓——
阿育王造塔八万四千，所藏舍利于天下，震旦之境，十有九处，法门乃其一也。唐太宗特建寺宇，加之重塔。高宗遷之洛邑。武后薦之宝函，囗囗国史。肃宗奉之内殿。德宗礼之囗囗囗囗佛骨之在宝函，必三十年一开，则玉烛调，金镜朗，氛祲灭，稼穑丰。是有补于世教也。法门寺中大乘殿，其制七间九梁，内挎四廊，外回背高，约有三丈栋宇。深沉大势，严整殆非他处可比。殿前有御香亭，最前有舍利塔，高叠七层楞。楞隅八方，连洞四出。鈴作天乐，闻之者尽皆归命；檐阿轩翔，见之者莫不景仰。雄峙千古，镇压关中，诚皇帝佛国之地也。殿北侧东西唐制二十四院，钟鼓楼、护法幢、九子母殿，并皆完俱。
法门寺僧众尽最大努力修葺寺宇，以重振大唐雄风。
“永乐年间，住持满訢于大乘殿舍利塔盖，尝更新瓦栈，未换盈栋，经年渐久，风雨难除，瓦烈木坏，朽堊剥落。殿西北隅，其栋其梁大为倾颓。以木植论可用千数，以价爰较难以百计。本寺僧人通璟，别号无相者，乃本县训義里吕氏之裔也。五戒超卓，三藏具足，境不生心，欲不荡性，慨然有重修之忘，奈功大难成，人皆畏惮。上人无相，夙夜憂惕，惟恐不继，乃先捐己财，会诸檀那告曰：‘为儒敬孔，黄冠重老，缁衣尊佛，此理势之必然。吾既为僧，舍佛何以为尊哉。以修造之功，庶尽尊礼之涓涘矣。于时命工计议，人心丕应。经始于弘治元年，运材植者，云屯于寺；施财帛者，歸市争先。若是者，固佛之力，亦上人无相所感也。弘治五年，厥工告成，栋宇之固，无并于昔泥水之功。可久于后，彩绚焕然，器具鼎新，初心方遂。”①
立于弘治年间的《重修法门寺大乘殿记》碑陰鎸刻“本寺二十四院”，包括：
释迦院 弥陀院 濡湿院 罗汉院 塔会院
祝寿院 净光院 毗盧院 千僧院 十王院
天王院 上生院 三圣院 圆通院 新兴院
修造院 经藏院 戒坛院 净土院 妙严院
五会院 北禅院 南禅院 西禅院
此碑为我们传递了一个历史信息：明代的法门寺佛教文化仍未改大唐诸宗兼弘的格局。但那情形可想而知，不过是擺着旧日的架子，实已经历了由“达官显贵”到“破落户”的转变，笑容里虽难掩其悲凉。
明弘治十五年(1502)状元康海(陕西武功县长宁人)来法门寺游历，写下一首《扶风道中》，诗云：
凤泉原是美阳城，秦后离宫迹已平。
细草不知龙辇去，城边日日唤愁生。
杏林东望望隋陵，覆斗隴丛隐地形。
香火莫悲陵邑吏，河山空倚少微星。
康海将目光投向法门寺辉煌的过去。公元前350年，秦孝公采纳商鞅变法，改封建(即封国建君)为郡县制，在全国建41个县。当时在周原上建两个县，一是雍邑(县)；一是美阳县，法门寺是美阳县的治城，为秦都城的内史之地。秦昭王的母亲宣太后，也就是秦始皇的祖母，在秦昭王即位后，辅政掌握朝廷实权，她曾在这俊美的境地美阳县治城中建筑豪华宏丽的离宫——高泉宫(东汉时迁武功县)，于此居住处理朝政，也可见法门寺在当时的政治地位又是多么的重要。康海看到美阳故城法门寺皇家离宫遗址湮圮，皇家迎奉佛骨的龙辇绝迹，因兵燹佛事肃索，怀古抚今不胜感慨，便写下这首诗以凭吊。
法门寺在法门寺僧众心目中太重要了，自两宋之后，作为民间寺院的法门寺概由法门寺僧众主沉浮。两宋时期还有徽宗题字以示关照，至明朝，走红的是禅宗，对于法门寺的佛指舍利，无论朝廷还是高僧大德、文人雅士，都不会投注热情的目光。但法门寺僧众仍看重法门寺，并形成一种心理定势：法门真身宝塔不能没有佛指舍利，法门寺不能没有真身宝塔，法门寺人不能没有法门寺。这种心理定势在此后数百年，即1987年法门寺真身宝塔倒塌时再次闪现。
明神宗时期法门寺有次艰难地復修。
《扶风县志》载：“明神宗万历七年至三十七年(1579—1609)，邑人党万良、杨禹臣主持社众修真身宝塔，历30年艰辛修成十三级八棱砖塔。”史载：“本寺住持成信修成第四层宝塔，立碑纪念。”时间是明神宗万历十九年(1591)，即修塔动工后之第12个年头。
国家不投资，仅靠地方僧众，修塔之事举步维艰，断断续续耗费30年时间方才建成。
这座明塔共8面12层，連塔座共13级。座上塔高126尺。第一层为南开塔门，取天宫南天门之意，上书“真身宝塔”四个大字；东面与日出相映，取意“浮屠耀日”；西边与余霞相襯，取意“舍利飞霞”；北为“美阳重镇”。第二层8面，顺次刻上“乾、坎、艮，震、巽、离、坤、兑”八个卦字，汲取《周易》思想。第二层往上设八洞佛龕，每洞置佛1尊，共88洞，置佛88尊。而12层8面88个佛龕，分别代表佛教的十二因缘、八正道和八十八金刚羅汉弟子。还有飞檐、铜铃、丈八宝顶。显然，新修的明塔已融入儒教和道教的某些思想，这是“三教合一”思想的物化，是佛教中国化的一个象征。
1981年8月24日，明代真身宝塔倒塌，在清理废墟时发现碑刻题记40余件。有刻字铭，有墨书铭。这些砖铭传递了许多历史信息，弥补了明代法门寺史料之不足。
法门寺唐建四级木塔于明隆庆年间(1567—1572)倒塌，千年古刹，又瘞埋有佛指舍利，岂能无塔!由砖铭题记可以看出：明万历年间，法门寺开始重修工程，由木塔变砖塔，资金来源靠民众捐助。施工中常因资金不足而停工待料，建塔旷日持久。资金不足的原因一则由于官方不支持，再则百姓常为自然灾害所困扰，无力捐助。虽为佛寺，然奠基时却延请道士作法会以图吉利。这佛道不分一则说明佛教的圆融，一则说明三教调和对立而统一。法门寺是总弘道场，不仅总弘了佛教大乘、小乘及各宗各派，还总弘了释、道、儒三教，至少是以佛为主，但也给儒、道一席之地。②
清代法门寺在光绪年间有过小的修葺，《重修崇正镇法门寺碑记》载：
合镇绅民商贾之人等，共议重新之举，遠募四方之资，大兴土木，復崇遗址，遂建大佛殿三间，东佛殿、西佛殿各三间，铜佛殿三间，九子母殿五间，浴室佛殿三间，钟楼一座。甲申之岁，期月而劝告成。因之栋宇重辉，仿佛龙宫胜地；法轮復转，依稀鹫岭成规。虽其功不足多，名无可重，而亦得于凤鸣之境，鹑首之郊。群瞻金像之尊严，永睹神光之煜瀹云。
民国有朱子桥修塔之举，他的《重修法门寺真身宝塔义赈》一文云：
因救灾而修塔，蓋为众生做福田，愿大众悔往修来，而消灾增福也；因困难而修塔，乃为国家做重镇。愿大众精诚团结，而护国息灾也。
1937年，法门寺真身宝塔重修工程筹备开始。1938年春，工程按计划正式动工。这是明代万历年间宝塔建成后的第一次大规模修缮。除真身宝塔之外，修缮工程还兼及法门寺大殿、山门、道路等项。为了妥善安全地保管文物，专门成立了文物保管委员会，制定了极其严格的制度，相互监督和制约，负责整理保管文物。
真身宝塔的修缮工作，前后经历了半年多的时间，先后从塔上清理出68尊明代铜佛造像和一些石刻佛像，对这些佛像进行称重、量高、背文、标记之后，均进行了造册登记。这些佛像都是明代建塔时所藏，是研究当时造型工艺以及佛教发展的重要资料。修塔人员还相继发现了红白珊瑚宝石、琥珀、红玛瑙、水晶珠、珍珠、骨圆珠和铜莲座、铜宝塔等极为名贵的宝物。而在塔内发现的大批佛经更属难得一见的珍品。
自咸通十五年(874)佛指埋入地宫至朱子桥修真身宝塔的1938年，整整过去了千余年，一直未露面，安然卧于地宫之中，让世人猜测，让世人淡漠。但撼傳说，修塔基时曾撬开盖板，有毒蛇吐着信子奔出，人们在恍恍惚惚的刹那间看见了地宫内的金船……。又传说朱子桥当即晓之以理、动之以情，采取了“防扩散”的保密措施，然这仅是传闻，不足为据。
朱子桥修塔的成果有四：
一是清理出明代法门寺佛像68尊；
二是对清理的佛像造册登记，并成立保管委员会；
三是将清理出的佛像仍送原塔珍藏，朱子桥并说，佛像不可与古董等同，不能估价交易，而应珍藏供养；
四是募捐佛像，并新造许多佛像，两项共约30余尊，連同明代造像，共有106尊，修塔完工后将这些佛像送塔上珍藏。
综上所述，宋、金、元、明、清、民国几代的法门寺状况是这样的：总体衰落，局部有发展；长时期荒败，短时期发展。千余年里法门寺由国寺、宫寺、内道场到一般名刹，再降为民间小寺，可谓是江河日下、日薄西山。这一切的内在原因是佛指舍利的隐蔽，不现于俗世；当然，法门兴衰与国家的政治、经济、文化重心的转移也有莫大关系。
①明《重修法门寺大乘殿记》
②《砖塔题记》、《记第四层宝塔助缘工成碑》
