佛教认为，“无明”是人烦恼痛苦的根源，它使人痴迷不悟，愚昧颠倒，明明是苦反认为乐，深陷其中不能自拔。慧能则认为烦恼即菩提，烦恼就是没有明心见性。慧能同时认为，烦恼是各种扰乱身心并使人产生迷惑、苦恼、意乱等不良精神因素的总称。一切世俗欲求、情绪活动等都是烦恼，贪、嗔、痴为三大根本烦恼。

    “心”在慧能的禅法体系中起决定性的作用。它不仅是整个解脱理论的基础，而且集中体现了南宗禅特别的般若思想。《坛经》中论述“心”的学说时，阐述了很多关于心的概念，如“本心”、“自心”、“自本心”、“妄心”、“邪心”、“直心”、“清静心”等。“心”主要是指人们的心理活动，精神现象，个人的内在生命体。“心”的本来状态是清净的，凡夫只有在清净的觉悟状态下才是清净的，而绝大多数情况下都是迷妄的，这就是人烦恼的根源。慧能吸收了《起信论》的一心二门学说，认为世间人的心即真心，清净觉悟，真心同时也是妄心一起，污染烦恼也随之而起。但是无明烦恼与真如佛性本自具足，所以他说：“菩提本自性，起心即是妄，净心在妄中，但正除三障”，也就是“烦恼即菩提”的说法。