《坛经》中介绍了三科三十六对法门，其中的三科分别是阴、界、入。阴，是五阴，即色阴、受阴、想阴、行阴、识阴；界，是十八界，即六尘、六门、六识；入，是十二入，即外六尘、中六门。
慧能禅法认为人的自性蕴涵万事万物，所以称之为含藏识。一旦起了分别心，就会成为转识。所谓转识，是指依含藏识而有六识，然后走出六门、接触六尘，三六便成十八界。如果自性生起邪念，就会生出十八种错误认讽如果自性保持清净，就会生出十八种正确认识。自性如果是被恶念所用，修行者即是凡夫；自性如果是被善念所用，修行者也就是佛。善念和恶念又是由自性主宰的。
三十六对法门是慧能临终对弟子的嘱咐，包括各种成对之法，要分清外界的认识对象和没有生命的无情之物有五组相对的概念：天对地、日对月、暗对明、阴对阳、水对火。在语言和法相方面，一共有十二组成对的概念：有为对无为、有色对无色、有相对无相、有漏对无漏、色对空、动对静、清对浊、凡对圣、僧对俗、老对少、大对小、高对下。自性方面有十九组：长对短、邪对正、痴对慧、愚对智、乱对定、戒对非、直对曲、实对虚、险对平、烦恼对菩提、慈对害、喜对嗔、舍对悭、进对退、生对灭、常对无常、法身对色身、化身对报身、体对用。性与相有十九对，言语与法相有十二对，外境无情有五对，这些内容总共就叫做三十六对法。
