云门宗与曹洞宗一样系出青原，第二代石头希迁，第三代传碎石和尚、天皇道悟、药山惟俨三人，药山派下创曹洞宗，云门宗则系出天皇道悟。云门宗在北宋比较兴盛，其中有雪窦重显(980—1052年)著《颂古》一卷，影响禅林。育王怀琏(1009—1090年)、天衣义怀(989—1060年)、慧林宗本(1020—1099年)、法云法秀(1027—1090年)等禅师或住持京城大寺，或率领一方僧众。北宋云门宗最著名的僧人是明教契嵩(1007—1072年)，曾作《传法正宗记》、《传法正宗论》和《传法正宗定祖图》等。云门宗兴起于五代，极盛于北宋，到南宋就衰微了，没有再出现有影响的禅师。到元代初年，此宗法系无从查考。云门宗前后持续约二百年左右。
雪窦重显，俗姓李，遂宁人。早年出家，参光祚得法，住苏州翠峰寺，后过浙江雪窦山，大振云门宗风。被誉为“云门中兴”。其得法弟子传宗入闽。
云门宗在闽中开始流传，肇端于第四代禅师。云门宗最初传入福建的是香林澄远支系与清凉智明支系。第五代在闽传法共有三个支系。其一，澄远支系；其二，师宽支系；其三，守初支系。后代传承不详。
