永明延寿把禅与净土联系起来是经过他的一番苦心研究的。在禅与净的结合中延寿以华严宗的“理事无碍”、“事事无碍”理论为武器，论证修行的必要性，以及禅宗的顿悟具体的修行实践相辅相成的关系。主张“事因理立，不隐理而成事；理因事彰，不坏事而显理”，“因事显理，藉理成事”，“理事无碍，万事圆修。”他认为禅宗虽然主张顿悟本来，自性具足，但是这并不表示就不需要修行诸善了，所以“一念顿具，不妨万行施为”。只有“众行俱备，万善齐修”，才能“一切归源，千门自正”。

    结合禅与净不仅需要理论依据，为此延寿在《万善同归集》中列举了三十多种具体结合的方法，几乎包含了佛教的所有修行。在这些修行方式中，净土念佛法门是重要的一部分。他认为修行念佛净土法门或者持诵经典有助于禅行，与禅宗的修行不相妨碍，明确倡导禅净双修、禅净合一。

    永明延寿的这些思想得到了后世赞同禅净双修的禅宗、净土宗以及其他宗派僧人的大力推崇和拥戴，其思想的主旨是禅教会通，禅净融合只是禅教会通中的一个部分，禅净双修也只是其“万善同归”中的“万善”之一，而不是全部。