慧南学成之后在同安开法讲座，刚一到座开堂，就有大量学人传扬“石霜一派进入江西也”，周围泐潭寺的僧徒纷纷投到他的门下。在归宗寺时，他的佛法机锋意境已经被世人称赞，远近参学与日俱增。石霜门下的僧人也往往随其倡法，当时名士如程师孟、潘延之、王安石，以及南昌九江的诸多官员也都入寺听法。住黄檗后，他开始用三关语接引学者，引起丛林极大轰动。到他居黄龙寺后，更是“天下有志学道者皆集南公”，慧南主张“真如缘起说”，认为宇宙万物都是“真如”派生的，所以“极小同大”，于一毫端，现宝王刹；“极大同小”，可纳须弥山入芥子中。慧南在黄龙传法30年“法席之盛，堪比泐潭马祖，百丈大智”。黄龙寺被称为“无生狮子之窟，不二旃檀之林”，由此，慧南法系形成派别。
公元1069年慧南示寂，谥普觉禅师，有《黄龙禅师语录》等著述行世，嗣法弟子有黄龙祖心、宝峰克文、东林常总等，门叶繁茂，经过几代传承之后，便形成“黄龙一派，横被天下”的局势。
