在丛林中由禅门高僧制定的清规成为后世僧侣行住坐卧的规范，是禅门修行的秩序保障。要保障僧人在丛林中消除烦恼，正心明道，必须制定规则以整肃寺院的纲纪。各项规约的本意就是维持法脉、启迪人心。

    可以说禅宗丛林的行为纪律非常严明，在基本行为上都有规则约束。这些清规中对于违反者重者开除出院，轻者体罚或者处罚劳动。比如违犯根本大戒，挑拨是非，扰乱寺众安宁者，处罚为开除出院。争强好斗，恶言相骂，举手互殴者，无论事之曲直，一律出院。一方有理且能隐忍不发，一方无正当理由而强辩争斗时，有理者不罚，无理者诘问缘由后，受罚出院。私结朋党、卜犯国禁，或预闻(好打探)外事者，出院。私自向檀越化缘者，量度事之轻重而加以处罚，不服裁决者出院。除公务外，概不得任意外出，违者罚之。不许私自作食，若因疗疾而为，必先向执事申请，获允后为之，违者当受罚。这些只是几十条行为规范中的一部分，所以在禅宗丛林中，僧人的行为是要清心修行，不能从事与修行相碍的任何行为。