依据《禅门规式》创立的禅寺最大的一个特色是“不立佛殿，唯树法堂。”禅宗中的禅师们以佛祖亲自嘱授，重于发现心性的理念，从制度上体现了禅宗教外别传的特点。按照规式，禅堂中“设长连床，施架，挂搭道具”，这种设置对后来的禅寺建筑模式和厅堂中的布置，禅僧的宗教生活方式，产生了长远影响。《禅门规式》中还设立了禅寺内部的各种僧职，并对僧职的权限做了详细规定。确立了“长老”、“主事”、“寮舍主”以及“堂维那”等来管理整个禅院。

    在《禅门规式》中还对禅僧在进行宗教活动和日常生活中的一些行为制定了准则。例如不管人数多少，职务和年龄的高低，学修禅法的人都必须在僧堂中修行。在一些具体的行法仪式上，《禅门规式》也有明文规定，如把过午不食上升到用来表示佛教法、食双运的高度，坚持一日两餐制，强调节俭的美德，食物不在于好坏，只要能维持生命也就可以了。

    对违犯禅寺的规定的僧人，《禅门规式》也制定了惩罚的办法。违犯规矩的禅僧，犯法之后“即以杖杖之”，严重者还要当众烧掉他的衣钵道具，开除僧籍，并从禅院的偏门出，以表示耻辱。根据《禅门规式》建立的禅寺在当时的确起到了应有的作用，为禅宗的健康发展，奠定了一个坚实的基础。