丛林，僧侣聚集、修道的场所，也就是通常所指的禅宗寺院，所以也被称为禅林，在禅宗兴盛以后教、律等各宗的寺院也有仿照禅林制度而称丛林的。所谓“丛林”，是比喻的说法，其中有两层含义：一是说众多的比丘一处和合，如同大树丛聚，所以僧众聚集的地方为“丛林”；丛林也借喻草木生长有序，用以表示在其中修行的禅僧有严格的规矩和法度。
佛教禅宗从曹溪六祖慧能之后，三传至于百丈怀海，百余年间禅宗的僧人只是师徒之间的心性传授，多数禅僧都是岩居穴处，或寄住在律宗寺院，比如达摩祖师就是寄居嵩山。到了唐中期(785—806年)，禅宗思想开始繁荣，禅师讲授佛法经常在一处聚徒多人，修禅办道。这种聚集场所规模开始不大，到唐末五代之间，南方开始有了大规模发展。马祖道一开始提倡农禅，要求禅僧自耕自食，在山林之中建立禅院。他的弟子百丈怀海因为禅宗学人弟子聚众之处，经常尊卑不分，说法住持鱼龙混杂，于是折中大小乘经律，制定了《百丈清规》，提倡“别立禅居”，这就是丛林发展的初始情况。
现代的丛林制度一般都是从《百丈清规》和它的注书《百丈清规证义记》等援引发展。关于禅宗丛林的行事和古德风规，在道融的《丛林盛事》、慧彬的《丛林公论》、慧洪的《林间录》、净善的《禅林宝训》、无愠的《山庵杂录》中可以看到。
