百丈撰写《百丈清规》要求禅宗寺院“别立禅居”，是因为以往的禅宗僧人大多居于律院之中，禅宗的说法、住持，与禅宗的规度不一致。而且初期的禅师虽然是依寺而住，但实际多是离寺而居的，传说达摩就是在山洞中面壁修禅，另外鸟巢道林是在一棵大树上修行的，石头希迁是在寺院外的一块大石头上结庵修行的。
但是随着当时的政府对僧团的管理加强以及律宗的迅速发展，禅僧一度曾被要求在律寺中居住，以方便管理。但是很明显律宗专注学习佛经的修行生活，对于禅者“不立文字”的开悟心性来说，是一种障碍。禅宗思想重在启迪行人的自信、自尊、自性，注重自己的智慧，他们的修行是在坚信佛陀的圆满福德智慧的基础上。所以百丈禅师经常考虑对戒律采取一种什么样的态度才能和禅宗的修行方式有机地结合起来的问题。最终他站在大乘佛教的立场，为了发扬禅宗前人开悟自性的佛法，本着与传统戒律不一不异的原则，勇敢地对小乘的戒律观加以修正，建立了适应禅者的修学生活的禅宗丛林，这样禅宗才开始了属于自己的修行天地，也从而保护了禅宗思想的火种，以至于禅宗可以在若干年后发展壮大成为中国最主要的佛教宗派。
