禅宗在日本成立较晚，但禅宗在日本佛教史、日本思想史、日本文化史，以及整个日本的历史上却留下了深远的影响。

    中国宋末元初，为避战乱而东渡扶桑的中国禅僧大量增加，使日本禅宗获得了迅速的发展，一时之间，禅风大振，几乎压倒佛教的其他所有宗派。当时的主要门派在临济禅、曹洞禅两大主脉上展开。临济、曹洞两宗经过镰仓、南北朝与室町时代，出现了大量著名禅师，更为兴盛。临济宗的“梦窗国师”和“大灯国师”分别开创了“五山十刹”的官寺禅派和在民间传播的大德寺派、妙心寺派。道元的后世弟子莹山绍瑾将民间的一些祈祷、修法仪式吸收进曹洞禅法，使禅民众化，在民间大受欢迎。绍瑾的弟子明峰索哲、峨山绍硕开创了“明峰派”、“峨山五派”，分别向西方传授佛法，使得曹洞宗大盛。

    当时日本的禅宗二十四流包括：千光派(荣西)、道元派(道元)、圣一派(圆尔)、法灯派(觉心)、大觉派(道隆)、兀庵派(普宁)、大休派(正念)、法海派(静照)、无学派(祖元)、一山派(一山一宁)、大应派(南浦绍明)、西涧派(西涧子昙)、镜堂派(镜堂觉圆)、佛慧派(灵山道隐)、东明派(东明慧日)、清拙派(清拙正澄)、明极派(明极楚俊)、愚中派(愚中周及)、竺仙派(竺仙梵仙)、别传派(别传明胤)、古先派(古先印元)、大拙派(大拙祖能)、中岩派(中岩圆月)、东陵派(东陵永玙)。

    其中，除道元、东明、东陵三流属曹洞禅，其余二十一流均属临济禅。在临济禅的二十一流中，除了荣西一派(千光派)传承黄龙法脉，其他都是继承了杨歧的法灯。