室町时代，日本禅宗的五山十刹开始确立。这五山是当时日本禅宗的中心，因为禅僧大多通晓宋代的理学，也兼有了研究宋学的作用。当时的读物“五山版”就含有很多的儒家经典。宋学在日本的知识阶层中广泛传播开去。到了江户时代，由于禅僧的努力宋学逐渐成为日本文化中的重要内容。

    由于禅宗而传到日本的宋代文化，最主要的内容就是宋代理学。当时著名的日本律学沙门俊仍为此作出很大贡献，他在建久十年(1199年)到中国学习天台、禅和律宗，12年后回国，带回了大量的佛典和儒家经典，其中就有当时最流行的理学典籍。在他之后，东福寺的开山祖圆尔辨圆也在1242年自宋带回数千卷典籍，并为所带回的书籍亲自撰写了《三教典籍目录》。另一方面，中国的禅僧对于理学的东传也作出了重要贡献，当时兰溪道隆和一山一宁对传播宋代理学贡献非常大。道隆在日本传扬禅学时经常引用儒家经典，通过把宋儒的哲学杂糅到佛法禅学中来对僧侣参禅者说禅。一宁在日本传播佛法20年，除了大振禅风外，还积极传播宋学。当时日本著名的宋学先驱虎关师炼、雪村友梅等都曾是他的学生。