天台宗的一念三千之说是对阿赖耶识的另一解释。瑜伽宗说，一切有情是由阿赖耶识含藏无限功能而组成的。这此功能又就因果分位分为种子和现行。也就是就过去、现在、未来三世的分位，分为种子和现行。但是，时间又是就色心活动的分位而假立的心不相应行法，这就使得种子和现行的区分失了依据。于是天台宗就立三世摄归一念的观法，不再区分种子和现行而总称为功能。功能有有漏和无漏之别，因此有六凡、四圣等十法界的分别，四圣就是声闻、缘觉、菩萨、佛四种无漏功能，六凡是天、人、阿修罗、鬼、畜生、地狱六种有漏功能。功能之中又有共业和别业之分，因此十法界各各互具。自界的自界是别业功能，自界的他界是共业功能，这就成为百法界。每一法界又依据《法华经·方便品》中所说“诸法实相，所谓诸法如是相、如是性、如是体、如是力、如是作、如是因、如是缘、如是果、如是报、如是本末究竟等”，而具有十如是，便具足千如。这千如再就根身、器界来分，根身的功能(千如)便组成五阴世间，器界的功能(千如)便组成国土世间，共业、别业混合组成的假法便是众生世间，这便是三千如是。一般称之为“百界千如”。
    十如之中，体是本质，性是属性，相是现相，力是能力，作是作用，因是内在的因素，缘是外在的条件，果是直接的成就，报是间接的后果，本末究竟是由体以至报一切同具空、假、中三谛。例如五阴世间而言，地狱、饿鬼、畜生三世间，以苦为相，以定恶聚为性，以摧折身心为体，以登刀入镬为力，以起十不善业为作，以有漏恶业为因，以爱取为缘，以恶习果为果，以三恶趣为报，以痴为等。人、天、修罗三世间以乐为相，以定善聚为性，以升出身心为体，以享福为力，以起十善业为作，以有漏善业为因，以爱取为缘，以善习果为果，以三善趣为报，以假名所摄为等。声闻、缘觉世间以涅槃为相，解脱为性，五分法身为体，无系为力，三十七道品为作，无漏慧行为因，行行为缘，四果为果，既不受后有故无报。菩萨、佛二世间以缘因佛性为相，了因佛性为性，正因佛性为体，四弘誓愿为力，六度万行为作，智慧庄严为因，福德庄严为缘，正觉为果，大般涅槃为报。国土世间、众生世间例此可知。
    凡夫一念心识是由我见执著此三千如是以为自我成为意根而生起意识的。这三千如是譬如大海，而一念意识譬如大海之一波。波海是不相离的。修养的目的就是从此一波而证入大海。因此天台宗的观法是要由意识一念而体会到阿赖耶识的三千如是，所以名之为一念三千。因为介尔一念心起，必定属于十界之中任何一界。既属于一界，便具足百界千如，所以一念之中具足三千世间。此一念三千又有理具、事造二义。所谓理具，便是一念心之理必定具足三千世间。所谓事造，又有熏习和变现两义。熏习是就三世而言，由过去的熏习造成现在，由过去和现在的熏习造成未来。如此无始以来以及现在乃至造于尽未来际而一切诸业不出于百界千如三千世间，此所谓一念心之事造于三千世间。变现是就现在世而言，随共业所感之境而心识变现不同，以心有故一切皆有，以心空故一切皆空，如世一人而见者有畏、有爱、有亲、有厌之不同。所有熏习和变现的事造三千，都由理具三千而有的。