贤首宗是以《华严经》为典据，所以又称为华严宗。《华严经》创译于东晋佛陀跋陀罗(义熙十四年，公元418)，凡六十卷。当时弘传不广。至元魏永和中(508—512)，菩提留支、勒那摩提先后来到洛阳，译出世亲造《十地经论》，是解释《华严经·十地品》的。僧统慧光传其学，建立了地论师南道派，而后华严讲席始大盛。贤首宗即源出于地论师，创始于法顺(557—640)，发展于智俨(602—668)，大成于法藏(643—712)。法顺依《华严经》所说法界缘起、事事无碍的妙理，著《华严经法界观门》以明其幽旨。当时人尊之为神僧。智俨兼承法顺的止观法门，又往终南山至相寺从慧光的四传弟子智正受地论师的义解，著《华严经搜玄记》、《华严经孔目章》，又作《一乘十玄门》以发挥十玄六相的奥义。法藏亲承智俨遗绪，发扬光大，成为专宗。法藏号贤首，因此宗派称为贤首宗。法藏曾参预难陀译场，重译《华严经》八十卷。著《华严经探玄记》以释晋译，又撰新疏释唐译，未竟而卒。这三叶相承一百五十年间是贤首宗的建成时代。
    法藏卒后，上首弟子慧苑不能继其学，撰《华严经略疏刊定记》以续成法藏遗著，其中多与师说差异。时有澄观(737—839)生于开元十五年(737)，上距法藏卒时已二十五年。出家后依润州醴律师学相部律，越州昙一学南山律，诣金陵玄璧传关河三论，就瓦官寺传《起信》、《涅槃》，又从淮南法藏受《海东起信疏》义，从天竺诜法师习《华严》。又往剡溪从成都慧量学三论。往苏州从湛然习天台止观、《法华》、《维摩》等经疏。又谒牛头慧忠、径山道钦、洛阳无名咨诀南宗禅法，见慧云了北宋玄理，还五台定居大华严寺，专行方等忏法。撰《华严经疏》解释唐译新经，参般若译场，译《华严后分》四十卷，并撰疏释之。澄观所撰《华严经疏》并《随疏演义钞》，虽弘贤首教义，世称为贤首宗第四祖，毕竟未亲承法藏而仅私淑。其学说融和中观、天台、南禅、北禅而自成一家，与贤首以上三师传承瑜伽宗系有所不同。这一百年间是贤首宗的转换时代。
    澄观门下的宗密(780—841)，世称为贤首宗第五祖，原是禅宗六祖门下荷泽宗神会的四传弟子，参究禅旨，因读《圆觉经》而有所悟入。后因在襄阳见澄观《华严疏钞》，便通信请为弟子，往洛都请益数年，便入终南撰述章疏。他自己说“禅遇南宗，教逢圆觉”。著有《圆觉经大疏》、《大钞》、《禅源诸诠集都序》等。虽是继承澄观之学，实是始终以禅宗为旨归，其义理是以圆入顿，启后世禅教一致之始。
    宗密卒后，遭唐武宗会昌灭法，经论丧失，各宗一时顿衰，不绝如缕。五传之后至北宋中有子璿(964—1038)、净源(1011—1088)师资中兴贤首。高丽王子义天携带章疏来学于净源，于是教文始得再备。其后有道亨撰《华严教义章义疏》，观复作《记》，师会作《复古记》，希迪作《集成记》，世称北宋四大家。其后有义和作《无尽灯章》，依华严宗旨偏赞西方净土；复庵撰《华严纶贯》，鲜演撰《华严玄谈抉择记》，戒环作《华严》、《楞严》、《法华》等要解。南宋师会钻研智俨《孔目章》、《问答》、《搜玄记》等，撰《华严教义章复古记》。自晚唐以至宋末，诸师相次敷扬大教，但皆不出宗密的禅顿窠臼。此三百五十年间是贤首宗的融通时代。
    元明清三代传贤首宗的都是师会的派系，守成而已，无所发扬。元代有妙文(1237—1319)、文才(1241—1302)二家。元初禅学浸衰，教乘渐盛，慈恩与台贤诸家并驱海内。慈恩一派囿于名数，不了圆顿之旨。妙文独起圆机，融通寂照。文才大弘清凉之道，著《华严玄谈详略》(佚)、《肇论略疏》。在南诏有普瑞著《华严玄谈会玄记》。明代贤首宗较天台宗为盛，且多兼习慈恩。师会的五传弟子真萃以后分为两系，一系经九传而至明昱，著《相宗八要解》、《成唯识论略诠》等。另一系六传至普泰，著《百法明门论解》、《八识规矩补注》等。其他如莲池袾宏(1506—1586)，以圆顿宗旨释《阿弥陀经》，融通事理，指归一心。雪浪洪恩、憨山德清(1546—1673)都是贤首宗的名宿。清代传贤首的有续法、通理两家。居士中有周克复、彭绍升、杨文会诸人，各有著述。续法著《贤首五教仪》等经疏六百余卷，通理著《五教义增注》等经疏。元明以来多承长水舍《华严》而以《楞严》为根本，特重《玄谈》而舍《教义章》，奢谈圆理，殊少观行。这六百年间是贤首宗的零落时代。