大概地说，佛法思想的发展分化，有源于理论与实践的两面。如为了集成佛说的多样性，有整理、分别、抉择，使佛法明确的必要，这才有阿毗达磨的成立。无常无我的生死流转，一般是不大容易信解的，所以或成立不可说我，或说胜义我，类似世俗的灵魂说，以解说生死与解脱间的关联。为了三世因果的生灭相续，业入过去而能感未来的果报，部派间发展出“三世有”与“现在有”两大系，这是从理论来的。如以修定为修心，引出“心性本净”说；或说“见四谛得道”，或说“见灭得道”。这些都由于修行，方法传承不同而来的。心与心性本净，在大乘法中的不同开展，也不外乎理论与修行的差别。
    “心性本(本性)净”，如《大般若波罗蜜多经》卷三六(大正五·二〇二上)说：
    “是心非心，本性净故。……于一切法无变异、无分别，是名心非心性。”
    经文说到菩萨的菩提心，进而说到菩提心的本性清净。《般若经》说菩提心本性清净，不是清净功德庄严，而是由于“是心非心”，也就是菩提心本性不可得。从心本空而说心性本净，清净只是空性的异名，所以龙树的《大智度论》说：“毕竟空即是毕竟清净，以人畏空，故言清净。”(大正二五·五〇八下)一切法非法，一切法空，也就说一切法清净。所以本性清净是“无变异，无分差别”，也是一切法如此的。《般若经》从甚深般若慧的立场，引部派异论的“心性本净”，化为一切法空性的异名，是从修行甚深观慧而来的。
    公元四世纪，无著仰推弥勒而弘扬大乘，成为瑜伽行派。独到的理论，是唯心，也就是唯识——唯是识所表现。“三界唯心”，“万法唯识”的思想，从大乘初期的念佛法门中来。念佛，并不等于我国一般的口称佛名，而是内心系念佛而得三昧的，著名的是般舟三昧——现在佛悉立在前的三昧，经典约集成于公元二世纪初。由于“佛涅槃后，佛弟子的永恒怀念”，念佛在佛教界特别发达起来。部派中，有的说现在“十方有佛”；佛像也在公元初开始流行起来。所以念佛的，不再只是念佛的功德，而念相好庄严的佛，从七佛而念到他方佛。般舟三昧，本不是限于念哪一位的，因阿弥陀佛的信仰，盛行于印度西北，也就以念阿弥陀佛为例。念佛，一般是先取佛像相，忆念不忘，如在目前，然后修念佛三昧。修行而成就三昧的，佛身明显的现前，还能与修行者问答(大正一三·九〇五上至中)，这可说是《中阿含》《天经》的大乘化。定心深入的，能见十方一切佛现在前，如夜空中的繁星那样(大正一三·九〇六中至下)。见佛，问答，都是定心所现的，所以得出唯心所作的结论，如《般舟三昧经》卷上(大正一三·九〇五下至九〇六上)说：
    “作是念：佛从何所来?我为到何所?自念：佛无所从来，我亦无所至。自念：三处(界)——欲处，色处，无想(色)处，是三处意所为耳。(随)我所念即见，心作佛，心自见(心)，心是佛，心是怛萨阿竭(如来)，心是我身。”
    定心中明明的见佛，与佛问答，但意解到：佛并没有来，自己也没有去，只是自己的定心所见。从佛与净土的定心所见，推论到三界(生死往来处)也是自心所作的。这一定心修验所引起的见解，影响非常深远。从净土佛的自心所见，理解到三界是心所作，发展到“心是佛”。大乘的“即心是佛”，“即心即佛”，都由此而来。瑜伽行派的唯心论，也是依定境而理解出来，如所宗依的《解深密经》卷三(大正一六·六九八上至中)说：
    “诸毗钵舍那(观)三摩地所行影像，彼与此心，……当言无异。何以故?由彼影像唯是识故。善男子！我说识所缘，唯识所现故。……此中无有少法能取少法，然即此心如是生时，即有如是影像显现。”
    “若诸有情自性而住，缘色等心所行影像，……亦无有异。而诸愚夫由颠倒觉，于诸影像，不能如实知唯是识。”
    《解深密经》也是从定境而说到一般的心境。影像，是呈现在心识上，为识所缘虑的，所以《解深密经》的唯识说，发展为重于“认识论”的唯识。《解深密经》与《般舟三昧经》，以定心的境界为唯心或唯识的；修得三昧的观行，都是胜解作意——假想观，不是胜义的观慧。如《般舟三昧经》说：“心起想则痴，无想是泥洹。是法无坚固，常立在于念，以解见空者，一切无想念。”(大正一三·九〇六上)依于系念而佛常立在前的观想，不离愚痴，也就不得涅槃。如依此进而通达空无所得，才能无想念而解脱呢！这样的唯心或唯识，心识是虚妄的，瑜伽行派正是依虚妄的心心所法，根本是阿赖耶识为依止，成立一切唯识的流转与还灭。这是从修定者的修验而来，正如《摄大乘论本》引颂所说：“诸瑜伽师于一物，种种胜解各不同，种种所见皆得成，故知所取唯有识。”(大正三一·一三七中)不过瑜伽行派，进而作充分的论究，不免过分理论化了！
    由修定而来的唯(心)识说，是虚妄分别识，可以不说从定——心而来的心性本净。但瑜伽行派兴起时，如来藏思想流行已久，如来藏与心性本净相结合，瑜伽行派是不能漠视的。《辩中边论》卷上(大正三一·四六六中)说：
    “非染非不染，非净非不净，心性本净故，由客尘所染。”
    《辩中边论》说空性是真如，法界等异名，空性也就是心性，与龙树的大意相同。“清净”，龙树以为众生畏空，不能信受甚深空义，所以方便的说为“清净”，那只是为人生善悉檀。但与如来藏统一了的心性本净，可不能这么说。如《胜鬘经》说：“自性清净如来藏，而客尘烦恼、上烦恼所染，不思议如来境界。……自性清净心而有染污，难可了知。有二法难可了知：谓自性清净心难可了知，彼心为烦恼所染亦难了知。”(大正一二·二二二中至下)自性清净心，是心性本净的异译。心性本清净而又为外铄的客尘所染，是难可了知的。《胜鬘经》说是“不思议如来境界”，那不是方便说，而是看作极高深的了！《辩中边论》颂的意义，世亲解说为：由于“心性本净”，所以不能说是染污的；但众生有染污，所以也不能说是不染污的。由于“客尘所染”，不能说众生心性是清净的；但这是客尘而不是心的自性，所以又不能说是不净的。“非染非不染，非净非不净”，是多么难以了解！其实只是“心本性清净，为客尘所染”而已。心性就是心空性，空性在众生“有垢位，说为杂染；出离垢时，说为清净。虽先杂染，后成清净，而非转变成无常失”(大正三一·四六五下至四六六上)。不是心性(空性)有什么转变，所以说“心性本净”了。
    心性本净，是约心空性说的，虚安分别的心心所法，能不能说是本性清净呢?瑜伽行派采取(不一不异的)不一说，如《大乘庄严经论》卷六(大正三一·六二三上)说：
    “已说心性净，而为客尘染，不离心真如，而有心性净。”
    心性净，是约心真如——梵文作法性心说的。在心真如法性(也就是真如心，法性心)外，不能约因缘生的依他相(的心心所法)，说为自性清净。心性本净——自性清净心，约真如说，就是如来藏。所以瑜伽行派中，依他因缘而生起的心心所，是不能说本性净的，与说一切有部等的思想相同。