(公元1368—1949)
第一节 法门失势 步履维艰
历经唐、宋二代，法门寺瑰琳宫二十四院香火鼎盛数百年。元代冷遇佛教，法门寺事迹几不可考。至明时进入衰落时期，诚如古人所言：壮则衰。
伴随大唐王朝的消失，法门寺也逐渐失去了它那种作为皇家寺院的昔日灿烂光辉。宋元时，法门寺虽然依旧香火缭绕，但却没有了迎佛骨时那种举国痴狂、万人空巷的壮观场面。随着地宫的彻底封闭及中国政治、经济、文化重心的转移，法门寺那一段辉煌的历史似也被黄土深深掩埋。
这种每况愈下的衰败之势，其实早在北宋以后便已露出端倪了。
朱明王朝建立后，有鉴于元代推崇喇嘛教流弊弥深，明太祖又出身释门，对佛法怀有一种特殊的感情，有心重振汉魏以来的传统佛教。因此，自太祖至武宗朝一直对佛教采取“护持”的政策，“护持”包含着保护与整肃两个方面，既允许发展，又有所限制。
整肃的内容包括以下四端：一是设立僧官、寺院，以专业和服色分禅，讲、教三类；二是限制寺、僧数目，如洪武二十四年(1391)规定：各州、府、县只能保留佛寺道观各一所，住院僧人依次不得超过四十、三十、二十人；三是，男子非四十以上，女子非五十以上者不准出家；四是限制田产，代宗景泰年间(1450—1456)规定：每寺田产不得超过六十亩，且必须照章纳税。
朝廷的佛教政策对法门寺影响很大，田产要削减，超额的僧人要裁撤，寺院的规模、经济都需“收缩”，维持现状已成为首要任务。迨至明隆庆年间(1567—1572)在中国历史上演出过轰轰烈烈崇佛盛典的四级木塔，在经历了法门寺最为辉煌壮丽的岁月后，终因年久失修无法抗衡关中地震的灾难而崩塌，法门寺院也受到损失。
其间虽有邑人张杰于弘治十八年(1505)曾重修寺内大乘殿，但于法门寺总体而言实属小修小补，终究难挽颓势。昔日“总传道场”，“皇帝佛国”的鼎盛气象已荡然无存。
第二节 名僧挂筋 苦行募化
大明隆庆年间真身宝塔崩塌，有人伺机窥视了唐代地宫，发现了佛舍利及大唐珍宝。面对精美绝伦的佛宝随时有可能被盗的险况，首先发愿重建宝塔的是一位“西蜀大州居士”。
原法门寺正殿西墙靠门处嵌有一方碑，碑刻于隆庆六年，铭文内容为这位居士作的一首诗，其文云：
法门寺，成住坏，空中忽起痴僧债。
百尺铁锁挂肩筋，欲与如来增气概。
增气概，尔毋若，好待当年许玄度。
诗中的“成住坏空”，乃佛家术语，即佛经上说的“四劫”，此处指的是法门寺阿育王塔自兴建至损坏所历经的漫长时空和演变过程。这位来自西蜀的居士，本来是来法门寺瞻礼朝拜的，当看到自己心中的圣地竟如此破败不堪时，感到十分痛惜与悲伤，于是发愿有生之年倾尽心力，行乞化缘募资，为重建宝塔尽一佛家子弟之力，为释迦增光。
为了实现这一愿望，这位居士学当年的许玄度那样不畏艰苦，身体力行，以苦行僧的方式，肩穿百尺铁链，云游四方，化缘行乞，以此来感化民众集资弘法。但毕竟个人之力微不足道。他的行动感化了世人，也募到了钱财，但这些财物对于偌大的法门寺来说，只是杯水车薪。
鉴于他的奉献，隆庆六年，扶风县令陈子需刻他的诗于法门寺正殿西墙，以纪念这位重建宝塔的首倡者。
第三节 邑人壮举 塔矗周原
万历七年(1579)，邑人杨禹臣、党万良等人出面倡议修塔，资金来源仍靠民间募集。但民间集资毕竟有限，故塔基的材料多为从寺内及它处收集来的残碑断石。中途又由于经费、材料等原因多次停工。第一层建起后，就曾因“缺少砖、灰，告白十方居士，各舍资财，共成圣事。”后来建到中途，有人在砖上刻上“塔上缺米面”等字样砌入塔体，足见当时修塔的困难。宝塔最后还是由官方出面完成了整个修建过程。
塔额前有题字，为“赐进士出身户部给事中陕西按察司签事前知扶风县事任丘徐三畏重修”。题额上并写有“大明万历七年七月初八日”字样，竣工时间无记，但铜质塔顶铸有“明万历三十七年造”八字。在另一盾形铜牌上，则刻“万历三十五年七月造”九字。安置塔刹应是建塔的最后工作，也就是接近宝塔竣工的时日，故大致可推其竣工约在万历三十七年后，前后历时达30余年。一则因为经费筹集的困难以及工程的浩大(改四级木塔为十三级砖塔)；二则与整个佛教处于衰退时期总形势有关，由此也反映了此时法门寺已非昔日可比了。
明代重修的十三级“真身宝塔”为砖质仿木构建筑，塔高47米，平面呈正八边形。塔的最下层南面开一门洞，其它11级各开8洞，为88个佛龛。塔的每层有飞檐砖雕斗拱，第一层斗拱下有砖雕花饰，每边中间有二龙戏珠、狮子、麒麟、双凤朝阳、茶叶云朵的浮雕等，纹样华丽。下边还有题额，第一层正南方上书“真身宝塔”东为“浮屠耀日”；西有“舍利飞霞”；北有“美阳重镇”；第二层下部周围雕刻的是倒垂栏杆，饰莲花朵卷草云图案，雕工极为精细。并按八卦取意顺次刻有乾、坎、艮、震、巽、离、坤、兑。
1987年考古发掘发现，明塔塔基平面呈圆形，东西直径约19米，南北直径约20米，总面积约320平方米。塔基中间浅，四周深。正对中心方座部分深1.1米，而其外环部分深约2.9米，当是明代建塔基时，遇到了唐代地宫，出于对地宫的保护，未将中心座挖完之故。
历经三十年艰难困苦的筹备和建设，十三层真身宝塔终于巍然屹立于古周原上，法门万千气象重现。
第四节 洪钟初铸 声闻于天
明宪宗成化八年(1472)法门寺铸大钟一口，重达3600斤。通体阳铸《金刚经》，钟体字迹至今保存完好。是时钟悬挂在法门寺宝塔北边的钟楼内，其音色铿锵雄浑，传之久远，声闻于天。寺僧每日早课撞钟时，周围数十里的人家，俱闻声起床劳作，形成习惯，故有“法门晓钟”之誉，成为当时一景。明人王龙有《法门晓钟》一诗云：
磊起层层天上天，东风邀我一迁延。
按云野望欣还感，俯树烟消村更妍。
舍利精舍谈往日，斜阳衰草问当年。
凭栏秦岭凝眸近，犹有雪痕把恨传。
钟楼何时何故被毁，史书无记，估计是毁于明末清初的战乱兵火；也是毁于明末李自成起义时的战火之说。于是就有了清顺治十年(1653)邑人党国柱重建钟楼之举。
《扶风县志》载，重建钟楼后曾树碑垂世，碑铭为《重建钟楼记》，碑今已佚。另民国年间康寄遥所撰之《重修法门寺真身宝塔工程纪略》则记有：
清顺治十年癸巳重建钟楼记，有卧碑，现存东院睡佛殿南墙，略云：从闻法门寺建自西典东来，藏牟尼舍利于浮图。历六朝敕修，以迄唐，瑰琳宫二十四院，庄严希有。其洪钟为扶风八景之一云云。
清人刘翰方也有《法门晓钟》一诗：
瞳瞳晓色未全分，无限钟声入梦闻。
京兆虚传佛骨表，浮屠依旧矗青云。
此钟今日仍存法门寺，形体庞大，锈迹斑斑，历经沧桑。
第五节 大兴土木 法轮复转
自清顺冶十年，重修钟楼后二百余年，法门寺土木不兴，而劫难相继。
顺治十一年(1654)六月，陕西关中发生大地震，波及扶风，殃及宝塔。法门寺真身宝塔塔洞所藏的一些佛像及一鎏金盾形牌，纷纷坠落地面。塔身向西南方向倾斜，塔体出现裂缝，西南角塔基下陷一米多，塔体重心偏离已达3米之多。
同治元年(1862)陕西回民起义，其后西捻军两次入陕，联合回民义军，转战于渭河南北，法门寺宇毁于兵火，败落萧索，然宝塔幸存。《重修崇正镇法门寺碑纪》载云：
……无奈逆回掠境，长发侵疆。峰烟四起，殿宇一空。神像于焉暴露……
光绪十年(1884)崇正镇绅民商贾捐资重修法门寺。关于这次工程，《重修崇正镇法门寺碑记》中述云：
……骤欲改换金身，重修玉宇，方虑泰山非撮土可积，沧海非勺水可盈。讵意人绌于力，佛显其灵，燃慧炬以烛幽，广施一时之药，泛慈航而渡苦，妙回万户之春，拜祷者沉痼自痊，虔诚者宿殃自消，人人胥衔圣德，处处共荷神恩，于是合镇绅民商贾之人等共议重新之举，远募四方之资，大兴土木，复崇遗址……当时的法门寺寺宇虽已破败不堪，但仍为四方信徒膜拜崇仰，前来拜佛的络绎不绝，这些“衔德”、“荷恩”的信徒纷纷施舍，崇正镇绅民商贾更是踊跃乐助，筹足了重修的经费。
碑文中有“甲申之岁期月而功已告成”，“期月”是指作为一年期满的十二月，因而又往往作为“一整年”解，可知这次“大兴土木，复崇遗址”的工程整整进行了一年。至于修复状况，碑文中也载有：
遂建大佛殿三间，东佛殿、西佛殿各三间，铜佛殿三间，九子母殿五间，浴室佛殿三间，钟楼一座。
重修后的法门寺，碑文称其“栋宇重辉，仿佛龙宫胜地，法轮复转，依稀鹫岭成规”。一年间虽共修6座20间殿，但仍距瑰琳宫二十四院相去甚远。所谓的“复崇旧址”，指的乃是“明清格局”而已。从这次重修主要建筑的布局来看，法门寺的总面积及格局在进一步缩小，诚如碑文所言：“功不足多，名无可重”。
邑人王豫嘉对当时法门寺的状况也曾吟诗描绘说：
含元殿亦圮，昭陵鞠茂草。
如何葬佛地，岿然当孔道。
修葺重前代，岁月恣探讨。
古碣长苔藓，剥蚀独谏表。
禾黍正薿薿，美水流浩浩。
秋风驱征马，惆怅徒盈抱。诗文似乎给人留下了一幅法门寺佛事复兴的图象，然事实并非如此。经过光绪年间的重修后，法门洪钟又把沉寂了二十多年的古周原唤醒，前来朝拜的人又多了起来，信士络绎，熙熙攘攘，一片兴旺。但若把这种“兴旺”看成是法门寺的“复兴”，则似有“过誉”之嫌。
此后，清末的法门寺修葺还有两次：光绪十二年(1886)春重修了禅佛院；光绪十四年(1888)重修了北极宫。此两次似都属小修小补，于寺貌无根本性变化。
第六节 将军伟业 名垂千古
进入民国，法门寺更见凋敝。1911年，辛亥革命时期僧人流散，寺院被地方人士改作私孰学校。民国十年(1921)，陕西军阀陈树藩一度盘踞法门寺，以后驻军不断，寺院建筑大受毁坏。
当时寺院面积约有六亩。寺中塔北有大雄宝殿三楹，塔南有铜佛殿，另有耳房二间及钟、鼓二楼。寺之东墙外荒地上，有禅佛殿三楹，殿之东北角，又有卧佛殿三楹，与今之寺院格局规模相仿。由于连年兵火，皆已残破不堪。寺中《大唐圣朝无忧王寺大圣真身宝塔碑铭》，文多漫患不清，不可辨识。唐大中十年所置《尊胜陀罗尼经幢》也断为三截，散卧荒草。塔已倾斜，下层多有剥落及裂缝，整个寺院，荒草残垣，一片衰败景象。
民国十八年(1929)，陕西大旱，赤地千里，饿殍遍野。次年，华北慈善会来陕赈灾。慈善会会长朱子桥，上海实业家李组绅，崔献楼等联袂临陕，散赈四方。在赈灾的同时，崇教护法，于民国十九至二十一年先后修葺过不少长安名刹，诸如华严宗的真如塔、妙觉塔，慈恩宗玄奘、窥基、圆测诸塔，并重修大雁塔，青龙寺、千福寺、泾阳大寺，岐山太平寺，扶风龙王寺等。
民国十九年冬，慈善会在灾情最重的扶风设灾童教养院，收养灾童数百人。朱子桥、崔献楼在扶风办理此院，就近前往法门寺赡礼真身宝塔。时曾显赫一时的佛祖真身宝塔历经三百多年的风雨剥蚀早已面目全非。年馑使得这座昔日皇家寺院成了一片废墟。朱子桥踏遍野草丛生的寺院，找不到一处人烟的迹象。是夜回到住处，朱先生秉烛提笔，起草了《重修法门寺真身宝塔义赈》一文。文中记述当时所见：
“现存寺宇，破坏几尽，惟塔南有铜佛殿一座，塔北有上殿三楹，其东西各连小房一楹。”
“东院睡佛殿一楹，系佛涅槃像，像下部已毁。”
…………
“唯无一宇香火之僧人，且法器经书亦不可得见。”
做为佛教信徒居士的朱子桥先生，“回忆隋唐盛况，能不令人怆然”，即起重修佛塔，护国息灾之心。修塔除了为祈祷和平外，朱子桥考虑到“四方多难，人民流徙于道，得工可以代赈，藉寺尤利收容。”于是，民国年间一场轰轰烈烈的修塔运动开始了。
朱子桥，名庆澜，浙江绍兴人，1874年生。早年投身国民革命，参加过二次护法。历任黑龙江省督军，广东省省长、哈尔滨特区行政长官兼中东路护路军司令。从1926年起一直从事社会慈善事业，抗战期间任国民政府赈济委员会委员长，援军御敌，功勋卓著。在陕赈灾十余年，功德无量。因积劳成疾，终长眠于三秦大地。他是著名的慈善家，爱国将领和虔诚的佛教徒，人称“朱将军”或“朱居士”。冯玉祥曾为其撰碑文称：“吾友朱子桥将军，智足以周知万物，而不及其家私；仁足以广惠胞泽，而薄于一身；勇足以夺三军之帅，而若匹夫匹妇之不胜。”
民国二十四年，沪上实业家李组绅同往扶风灾童院办事，也前往法门寺赡礼真身宝塔，后又在灾童院内佛堂礼佛时，得知佛堂内之一佛像即前不久从法门寺塔上坠落者。曾为人拾得，以数元之价卖给高某，高某遂将佛像携往省城，亦得高价。人多有不平，乃诉讼于官府。时扶风县长童某从中周旋，终把佛像运存于县署，后又与灾童院商定，以香华恭迎供养于院内佛堂。李组绅以寺塔残损，佛像遗失为憾，慨然应允为此筹措巨资。
1937年“七·七事变”以后，前方难民来陕者日多，朱子桥在救济难民的同时，往来于西安、扶风、宝鸡之间，与李组绅等商，组织灾民，以工代赈，进行修塔工程。
这次工程先后发愿于民国十九年，二十四年，动议于民国二十六年，民国二十七年即筹备烧石灰砖瓦工作，二十八年春三月开工修塔。这次修塔，首倡者为朱子桥，功德主为李组绅、李组湘兄弟，工程总监督为崔献楼。
此番重修，以修塔为主，兼修大殿、山门、道路等。另又成立了保管委员会，对塔上的佛像、法物、佛经进行清理。对于这些宝物，朱子桥决定“原塔封存”，同时还向社会各界征募经像。
民国二十九年七月工程告竣。除整修了上部塔身、佛像外，重点加固了塔基——用条石彻筑成方形加固基础。重新清理了寺内碑碣，以砖石铺砌了寺内外道路，各殿及山门也焕然一新。此次工程前后历时三年多。
至七月二十四日，召开开光法会，延僧诵经，并将所清理及募得各佛菩萨像，请喇嘛诵经装藏。各方面所写佛经汇集装箱，经像同时送上佛塔存置，塔上每一洞龛置像一尊，佛经安放在佛塔中央。民国二十九年八月十五日树《重修法门寺真身宝塔碑记》以记其事，其后又延请大乘法师住寺住持佛事，法门寺的佛事活动重新得以开展。朱子桥亦因倡修寺宇，而流芳百世，为世人铭记。
