顾名思义，“孔门”就是儒家孔夫子的门，“孔门禅”就是儒家学者结合儒家学说发展出来的“禅”。
在当时国破家亡、人心动荡的时代，传统的儒家道德思想和理论亦受到了挑战。士大夫们如李纯甫、性英、福裕、元好问等，遂从“外佛内儒”，转而为外儒而内佛的形态。曹洞宗的万松更是一位“冶五宗为一炉”、“儒释兼备”的人物。李纯甫、赵秉文等士大夫们进一步把万松的“显诀”发展为“孔门禅”。
“孔门禅”即脱胎于这一思想文化背景。
李纯甫的著述有《楞严外解》、《金刚经别解》及《鸣道集解》等，从中会三圣人——佛、老子、孔子——“理性之学要，终归指佛祖而已”。“孔门禅”为大批儒士逃避现实设下了台阶，也为儒士投奔蒙古备好了理论说辞，竟至成了不辨忠奸的遮羞布。
