可以说中国禅宗建立时候就以重视修证经验为特色，他们要求所证经验的真伪及深浅，即使已经得道仍然需要勘验与印可。凡是有能力印证他人的人，必是自己也曾接受过上一代禅德的印可，这便是禅宗的法嗣。而这也是曹洞宗明末艰难维系的原因之一。
在清朝兴起、明朝灭亡时期，许多汉人士子官宦，不愿被异族统治，纷纷隐居深山老林，就是俗称的明末遗民。而遁入佛门的明朝遗民也很多。这些遗民都不曾真正接受传法，也就不会继承法嗣。
另外在清初时期，江南各地反清复明的遗民情绪非常激烈，学者书生逃禅隐居，著书讽世；习武人则四出奔走，伺机起事。他们的这些活动遭到清政府的残酷镇压，这对曹洞宗僧人的生存际遇也产生了巨大冲击。根据记载，明末遗民芥庵与一批遗民住在长沙岳麓山尖峰寺，为的就是强制要求抵制清朝官吏易服、蓄辫，受到政府打击。这一事件使芥庵差点被杀，还株连到长沙麓山寺智檀，被逮捕入狱半年之久，最后死在外地。智檀的法嗣弥嵩传灯，是遗民之子，师父遭冤狱时，因行脚外地才逃过一劫。没有了足够的法嗣印证，也就无法传法，曹洞宗的传播更加艰难。
