虽然现在的史料已经无法得窥《百丈清规》的原貌，但是在一些相关的资料中还保留了大量的信息，《景德传灯录》卷六也有怀海传并其《禅门规式》等等相关的介绍，而陈诩所撰写的《洪州百丈山故怀海禅师塔铭》是在百丈示寂后四年完成的，是迄今为止关于百丈最早的资料，其中却没有提及《百丈清规》的存在。国内外的部分学者就此事实对百丈时代清规存在的说法提出了质疑。

    1939年，木村静雄在《古清规考》一文中对此就提出了质疑，近藤良一根据一些史料线索而认为百丈时代并没有清规的存在，他的理由主要有：一是《洪州百丈山故怀海禅师塔铭》中对清规只字未提；二是没有百丈清规的记录在百丈的嗣法弟子以及在百丈门下参学过的禅僧传记中；三是“百丈清规”的用语最早是出现在12世纪的《禅林备用清规》中。

    在《塔铭》中也可以看出百丈塔铭碑也记载了一些鉴戒，比如：应有依止及童行出家，悉令依院主一人，僧众并不得各受；住山徒众不得内外私置钱谷等等。这些规定直接透露了百丈对戒律的重视。另外在《禅苑清规》卷十有《百丈规绳颂》，《禅门规式》全文内容都可在《百丈规绳颂》中找到，所以百丈清规的真实性还是有一定依据的。