在《禅苑清规》中的职务有一些是百丈没有设立过的，这是因为《禅苑清规》撰写时代稍晚些，丛林已经发展完全，有了很多新的具体职务发展出来。百丈清规设有法堂、僧堂、方丈等制度，规定了众僧分别担任东序、寮元、堂主、化主等各种职务。在《禅苑清规》第三卷中则介绍了寺院里的监院、维那、典座、直岁、首座、书状、藏主等各种职务的职责、特点，并且介绍知事卸任(“下知事”)和迎请头首(首座、书状、藏主、知客、库头、浴主)的礼仪。这其中的上层管理僧人增加了座元、后堂等职务。

    第四卷仍为介绍寺院里的各种事务的负责人的职责、特点。在百丈清规只有十务首领，在《禅苑清规》则有二十多种，其中多出了殿主、钟头、圣僧侍者、炉头直堂等等职务。《禅苑清规》还设立了一些散职，最主要的散职是寮主、寮首座。寮主、寮首座的确立实际上是要建立轮流值日制度。此外，《禅苑清规》还为方丈、知事、头首等大僧安置了侍者，侍者的主要任务是照看高僧的生活起居，动用什物，代替主人发布消息，起着寺院内部加强联络的重要作用。