中国广泛流传的禅宗以及传至日本的禅宗教义都不同于印度原始的禅思想了。印度的禅学并没有成为宗派，只是一些僧人的修行方式。
禅宗思想真正成为一个宗教门派是由六祖慧能和他所始创的空宗禅学思想开始的。禅宗传至神秀和慧能分裂成南北两派，即性宗和空宗。慧能空宗所强调的“无”就是“菩提本无树，明镜亦非台。本来无一物，何处染尘埃”中所体现的空无一物。这就是禅宗里常说的“非心非佛”。空宗在中国得到了空前的发展，以至后世禅门弟子大都指认慧能为祖师，而没有提到从印度来传法的达摩。中国禅宗在吸收老庄哲学的基础之上，把其“物我同一”的哲学宇宙观念进行了更进一步的纯粹和深化。这种自创的顿悟禅宗，最终成了整个社会意识形态最大的优胜者，成为中国的佛教思想主流。
禅宗思想后来又传入日本，日本的禅师将默想的工作与日常的技能结合到了一起。在插花和茶道中都融入了禅的风格和趣味。禅的疏朗、清新、节制、自然，在所有主要艺术门类，如绘画、园艺、书法中都很有影响力。日本禅宗因为主张平民应当遵守儒家伦理，从而地位又得到了加强，成为当时的主要宗教派别。
