佛教修学的目的，是要体证宇宙人生的总体，而这总体必然是因果循环与性空无我的统一体现。各宗派所推寻的极则都是以这总体为归宿的。中观宗称此总体为诸法实相，瑜伽宗称之为阿赖耶识，天台宗称之为一念三千，贤首宗称之为十玄门，实际是一致的。
    瑜伽宗的根本主张是“三界唯心，万法唯识”，就是说，宇宙人生一切都是由识所变现的。总有八识，就是眼识、耳识、鼻识、舌识、身识、意识、末那识、阿赖耶识，而变现一切的主要根源便是阿赖耶识。此识以每一有情为一单元，其中包括无穷尽的种种功能，每一不同的功能变现为宇宙人生中不同的事物。这功能是由过去人生中身心活动所余留的习气，也是变现为现在和未来的事物的种子。所以功能、习气、种子这三个不同名称的实质是一致的。当前的宇宙人生一切活动名为“现行”。阿赖耶识便是种子生现行、现行熏习成种子的总枢纽。就种子生现行而言，现行是前七识事，都由阿赖耶识中种子而生。所以阿赖耶识是能藏。就现行熏习成种而言，种子既是七识的余习，揽此余习为阿赖耶识，所以阿赖耶识是所藏。由于阿赖耶识从无始以来，任运地生灭相续，无暂停时，似如常恒坚实而纯一的自我，第七识便恒执此识以为自我，所以阿赖耶识是执藏。阿赖耶识是梵语，义为藏。此识既有能藏、所藏、执藏三义，所以名为阿赖耶识(藏识)。
    此识既含藏执持能生起一切法的种子，不令其失坏，所以这识又名为种子识。识是由相分、见分、自证分、证自证分共同组成的。以明镜作譬喻，相分如镜中影，见分如镜的明净，自证分如镜的玻璃体，证自证分如镜的把可以四向回转。识的作用是以见分缘相分，自证分缘见分而证，自证分与证自证分互为缘。如镜观像，所现的像便是相分，能现的明净便是见分，现像的本体便是自证分，能四向任意现像便是证自证分。西土诸论师对识的组成的解释，安慧唯立识一分，难陀立见、相二分，陈那立相、见、自证三分，护法立相、见、自证、证自证四分。虽立说有不同，只是立言有广略，实旨是不异的。阿赖耶实所持种子便只是属于阿赖耶识的相分，而见分便缘此种以为识界。至于种子所生现行则与阿赖耶识不一不异。
    阿赖耶识本性是非善非恶的无记性。然而由于种子遇缘生起现行，便引起三界六趣中的生死果体。这种情况名为异熟。过去的习气而现在生起现行，这是异时而熟。由种子为因，变异而成为生死之果，这是变异而熟。由善恶的业而感得无记的生死之果，这是异类而熟。所以阿赖耶识就一期生死来说，名为异熟识。
    异熟识(阿赖耶识)变现为生死果体，有两种：一、由共相种子成熟的力量，变现为宇宙万有(器世间)。就是外界的四大和四大所造成的物质(色)。这宇宙万有是由每一有情各各异熟识所发现，但其形象相同，处所相同，所以似为共一；如众灯共照，其明似一。这所变名为依报。第二，由不共相种子成熟的力量，变现为各自身体，以及名言分别的种子，这所变名为正报。至于对他人的身体，也是属于共相种子所变现。这一切变现(器界与根身)都是阿赖耶识的相分。阿赖耶识见分、自证分、证自证分的所缘与能缘的经过(行相)是极为微细，难可了知的。正因为宇宙万有以及自己的形躯都是阿赖耶识所变现，而与阿赖耶识非一非异，因此阿赖耶识是遍一切处的。
    自从明代有人误以元人日休所作《八识规矩颂》(见元人鲜于枢《困学斋杂录》)是玄奘所做，其中有“去后来先作主公”，便误以为阿赖耶识在形躯之内，生时先来人体，死时最后离去，便成为往来六道的灵魂。这种理解正是佛所指斥凡愚“分别执为我”的误解，殊不知六道既是阿赖耶识所变现而与阿赖耶识非一非异，便不可能阿赖耶识在阿赖耶识中有来有去；根身是阿赖耶识相分，更不可能阿赖耶识全体却来就阿赖耶识的部分中有出有入也。
    阿赖耶识既是宇宙人生的本能，因此阿赖耶识自无始以来种子和现行生灭相续，犹如流水，非常非断，尽未来际，无终已时。但是具体内容和名称随着修证的阶段而有所不同。在凡夫位以及二乘有学位，和大乘八地以前都称为阿赖耶识。在此阶段名为我爱执藏现行位。
    至此二乘证果圣人生死已尽，不受后有，不再受分段生死，八地以上，无有我爱，不执自我，因此只可名为异熟识，而不再受阿赖耶识名。在此阶段名为善恶业果位。菩萨证菩提时、二乘圣人入无余涅槃时，便舍了异熟识的名称。至于佛地最为清净无漏，只可名为无垢识。依此无垢识体利乐有情，便无有舍时，无有尽时。此无垢识便是善性而非无记，在此阶段名为相续执持位。
    阿赖耶识含藏一切种子，有人误以为如仓库中囤积谷种麦种，乃至以为种子是各各独立的、最小单位的一粒一粒的实体。如此理解肯定是错误的，而且是荒谬的。为了正确理解种子义，首先要严格记住种子只是功能或习气的异名。其次要了解阿赖耶识种子的六项特征：
    第一，刹那灭义。就是说，种子并非有一常恒的、坚实的个体，而是无常的，即生随灭，念念不住而相续变异着的。
    第二，果俱有义。种子既是功能的异名，唯有当现行起时，方能肯定此现行之种。如大地能生百谷，但不能事先具体分析何粒土生此棵麦，何粒土生此棵稻。只有一麦一稻生长的时候，才能确定此麦此稻是由此地的功能而生长。
    第三，恒随转义。就是种子自类相生，相续不断，以至到了究竟。
    第四，性决定义。就是种子由过去现行或善或恶所熏习的功能，善业熏习必生善果，恶业熏习必生恶果。
    第五，待众缘义。种子不能无因自然而生起现行，要待众缘和合，方能生起现行。
    第六，引自果义。就是各各不同的色法、心法，肯定是由各各不同的种子所引而生，而不能一种生一切果。
    综合以上所说阿赖耶识的定义，可见阿赖耶识只是具含无限功能的洪流，虽然在各各阶段的修证中内容有所变更，但是无其始终、无其幅度、不可思、不可量的生灭相续着。而修证的目的并非要消除此识，而是要转化此识成为智。识与智的差别，识以了别为义，智以决断为义。《楞伽经》中说：有分别为识，无分别为智。阿赖耶识转成大智时，顿现一切色相，照法界无边事理，即是如来万德之本。