在秦岭自然保护区群示意图上，可以清晰地看到，摩天岭保护区已经是秦岭大熊猫、羚牛分布的西南边缘地区，它是秦岭多种珍稀野生动植物分布的边界地带，它在秦岭大熊猫等珍稀动植物和森林生态系统的保护方面有着重要的地位。它的西南方向的青木川保护区，对于秦岭自然保护区群来说，已经如同一块飞地，它与四川、甘肃接壤，那里分布的羚牛，已经是羚牛四川亚种，和秦岭中段腹地分布的金毛扭角羚的毛色已经有很大的差异，所以，摩天岭保护区地处秦岭中段区域的西南方向，已经是一个南北物种迁移交流的通道，同时又是一个物种分布的分界线了。

　　摩天岭保护区位于留坝县东部，是秦岭南坡大支梁的中高山地，海拔在1000-2621米之间，摩天岭是最高峰，保护区因此而得名。它的前身是汉西林业局上南河林场，经历数十年的商业采伐之后，2002年，人们在上南河林场范围内建立了摩天岭保护区。它东邻拟建的城固盘龙保护区和洋县板桥保护区，东北与留坝桑园保护区接壤，保护区为一个独立沟系，南北宽18.6公里，东西长约50公里，保护区面积为8520公顷。摩天岭保护区有种子植物1123种，其中药用植物523种，蕨类植物71种，脊椎动物243种，其中鱼类6种，两栖动物9种，爬行动物17种，鸟类153种，兽类58种，昆虫1945种，大型真菌168种。

　　保护区地处暖温带和北亚热带两个类型植物区系的接壤地带，所以区内植物种类非常丰富，植被类型多样，森林垂直带谱完整，森林覆盖率高达90%。在海拔1300米以下，植被为常绿落叶阔叶混交林；海拔1300米至2200米，植被类型为落叶阔叶林，以栎林为代表；海拔2200米至2500米，植被类型为针阔混交林，以桦林和华山松林为代表，它们的天然更新能力较强；海拔2500米至2621米，植被为山地针叶林及草甸带，以巴山冷杉为代表。区内竹林资源十分丰富，秦岭箭竹、巴山木竹、狭叶方竹呈斑块状分布，贮量丰富，竹林占到保护区总面积的25%至30%，丰富的竹类资源，为大熊猫提供了取之不竭的食物。保护区内的针叶林除过少量巴山冷杉和青杆林为原始林外，其它针叶林大多为经过20世纪60年代采伐后，通过天然更新而恢复起来的次生林。巴山冷杉林具有耐荫、寿命长等特点，它越过巴山，向北扩散，在摩天岭形成了较大的林带群落，这在其他的秦岭林区是比较少见的，这也说明了摩天岭作为南北物种交流的通道与分界线而存在。在摩天岭保护区内的中高海拔区，还生长着大片的华桔竹林或秦岭箭竹，这里是大熊猫、羚牛、林麝等珍稀动物的主要栖息地之一。

　　2002年4月，人们在区内发现一只大熊猫，随后的5月，人们对区内进行调查时，发现大熊猫粪便五处，人们估计这里大约生活着大熊猫2至5只，羚牛30至40头，林麝20至30只，白冠长尾雉100多只，红腹角雉1000多只。

　　摩天岭是中国鸟类特有种丰富的地区之一，红腹山雀和银脸长尾山雀仅在秦巴山区极小的区域分布，属于狭域分布物种，这类物种很容易灭绝，但在保护区也常能见到，所以保护区更应该予以特别保护。此外，保护区内分布的斑翅朱雀，它的生态习性和种群生存状况也缺乏基本的资料，这些特有的鸟类资源，也非常值得人们关注。摩天岭还有种类繁多的噪鹛及雀鹛类鸟种，它们用曼妙的歌喉和美丽的身姿，把保护区的丛林点缀得诗意盎然。

　　在摩天岭保护区还有一个很有趣的现象：这里的两栖动物区系成分中东洋界与广布种成分相当，但缺少典型的古北界种类。这种现象的形成，其实和保护区所处的位置有关。摩天岭保护区地处秦岭西段汉中盆地与关中自古以来的交通驿道，这里自然也成了南北动物迁徙的通道，缺乏古北界种类，正说明这里是两栖动物东洋界与古北界区系成分渗透的分界线。摩天岭保护区两栖爬行动物在秦岭和陕西省两栖爬行动物资源中占有相当重要的地位，它很可能是秦岭西段两栖爬行动物分布的一个重要过渡区域，尤其是大鲵、山溪鲵、华西蟾蜍、中国林蛙、隆肛蛙等物种在保护区的局域性分布，显示出这些物种在整个秦岭山区有“孤岛”分布的空间效应，因此，保护好这片森林生态系统愈加显得迫切和重要。

　　保护区内河溪较多，水资源丰富，但都汇入上南河。上南河发源于摩天岭主峰，沿途接纳东河沟、东沟和文川河与太白河河水，最后汇入褒河。褒河是细鳞鲑和贝氏哲罗鲑的产地，而褒河支流太白河更是贝氏哲罗鲑的发现地。所以，摩天岭在加强大熊猫保护的同时，更应该促进这两种珍贵的冷水鱼类种群的复壮，以及对它们的开发利用。此外，保护区是褒河的发源地之一，也是汉中市重要的水源涵养地，留坝县褒河沿岸群众的生活及生产用水大部分由褒河提供，所以保护区对涵养水源、保持水土、改良气候、保证下游区域群众生活、生产用水都具有重要的意义。

　　在保护区内，还有一条历史悠久的文川古道，这是一条唐代驿道，古道的南端出口就在城固县西北的文川河。宋元明清四代，文川道都是洋县、城固军民进入关中的重要通道。遗迹有川辉驿(上南河村)、回雪驿(上南河沙岭子)，至今可以看到鳞次栉比的房屋残迹、堰渠、路基、桥涵和古驿道。它和中国古代最早的国道——褒斜道交相辉映，成为摩天岭保护区及周边最有价值的历史人文景观。