张承奉去世后州将曹仁贵被众人推举出来接掌政权。曹仁贵接受张承奉自称天子，尽失人心的教训，废弃敦煌国国号，奉中原王朝正朔，恢复了归义军的旧称，敦煌历史从此进入了归义军政权的第二个时期——曹氏时期。从时间上说曹氏时期正相当于中原的五代和宋初。
　　曹仁贵，字议金，最初以名显于世，约自920年前后改用字题署之书，他是张氏的姻亲，曹氏归义军政权的开创者。上任后为扭转张承奉留下的混乱局面，曹仁贵制定实施了几大措施。以后曹氏归义军政权的内政和外交基本都遵行了他的策略，从而使曹氏归义军在中原政权走马灯般的交替中引人注目地支撑了一个多世纪。
　　首先，曹氏注意利用中原王朝在西北各族人民心目中的声威树立自己的正统地位。曹氏与中原王朝之间始终保持着密切关系，对中原王朝的奉献朝贡从未间断，历任节度使也均于自封前后向中原朝廷请授旌节，以得到王廷认可为要，十分重视名正言顺，敦煌曲子词中“若不远仗天威力，河湟必恐陷戎夷”正唱出了曹氏立国的基本思想。
　　其二，妥善处理与周边民族的关系。当曹仁贵重建归义军时，甘州回鹘已占据了瓜沙之外的河西各州，就连瓜沙二州也是他们的附庸，这样曹仁贵不得不暂时承袭张承奉留给他的与甘州回鹘可汗的子父关系，继续委屈求全。但同时他也积极着手解决这一问题：先主动娶甘州回鹘可汗女为妻，缓和与回鹘的关系，又分别嫁女给于阗国王李圣天、吐谷浑王族后代瓜州刺史慕容归盈等，以利用他们的势力牵制回鹘，并使周边各族相互制约，在夹缝中保存发展自己。
　　在曹仁贵(议金)的苦心经营下，10年后的归义军政权已积蓄了相当实力，终于在924年底或925年初乘甘州回鹘内乱之机发动了攻打这个最大政敌的战争。此战曹议金亲自领兵围攻酒泉、张掖，战败回鹘，基本达到了预期的目的，打通了经甘、肃二州通往中原的河西旧道，加强了归义军与中原王朝的联系，促进了中西方的经济文化交流。同时，战争的胜利也彻底改变了归义军与回鹘之间的关系，在重新结成的“父子”之盟中，归义军已取得了主动权，节度使升格为父，甘州回鹘可汗降为子。到928年时，仁喻继承了可汗位，被后唐册封为顺化可汗，曹议金便与之兄弟相称，两地关系已称平等友善，并一直维持到曹议金去世。以后虽有恶化，但至曹氏第四任节度使曹元忠继位后，又极力仿效议金的作法，再次与回鹘结成了人为的血缘关系，在他执政的后半期，两地的友好关系终于又恢复到了曹议金时代的水平。
　　曹元忠之后的几任节度使也多遵行和亲策略，如第五任、第六任节度使曹延恭、曹延禄就曾分别娶吐谷浑慕容氏为妻，曹延禄又与于阗金玉国皇帝女结亲等。通过联姻及其他外交手段，曹氏归义军与周边民族之间基本都保持住了平等共存关系，与于阗等国更是始终友善，在1006年于阗王国灭亡之前，两地的使节往来从未中断过。
　　其三，加强地方建设，置镇设使。曹氏归义军的辖地前后变化很大，始终由他们统领的仅是瓜、沙二州。曹氏在州下设镇，设县令在镇中分管政务，上领于州，下统乡、里、坊。镇中同时置镇遏使总理军务，直接受制于节度使，其下则有烽、铺、捉道等一套军事机构和人马。此外镇中还设有监使，与县令、镇使分掌监、政、军三权，也是节度使的下属。
　　其四，注意文治，大兴佛事，以文化取胜于周边民族，以佛教为政权的精神支柱。在这一点上，曹氏与张氏归义军政权的作法完全一致，正是这种文化政策上的连贯性，使得以佛教为主体的沙州文化在西北地区取得了独尊地位，深受少数民族政权的推崇。
　　此时敦煌佛教的发展突出表现在僧尼人数的增多和僧众生活方式的变化上，而这些又是敦煌独特的历史演进状况造成的。
　　安史之乱时唐王朝曾以军兴用度不足，在全国范围内几次出售度牒，使很多人成了不出家，但却可以逃避税役的伪僧人，这股风气也波及到了河西沙州地区。但唐王朝稍稍安定下来后便对中原地区的伪僧人进行了沙汰，将僧尼人数控制在总人口的百分之一左右。此时河西沙州却已沦为吐蕃领地，吐蕃对他们非但未与沙汰，反而将他们编入了僧尼籍，其身份进一步合法化，以致归义军建立后沙州敦煌地区的僧尼非常多，有时竟能达到当地总人口的百分之五左右，大大高于其他地区，甚至超过了武宗灭佛时僧尼在全国人口中所占的比例。但如此众多的僧尼却得到了归义军政权的认可。
　　早在吐蕃时代，敦煌的僧尼就在被编入僧籍的同时又编入户籍，与世俗百姓一样，向吐蕃政权交纳基于人身的突税。至归义军时代，他们更不象内地僧尼那样是一个“待耕而食，待织而衣”的寄生阶层，大多数敦煌僧尼并没有脱离生产，有些僧人甚至没有脱离家庭，不住寺而与家人同居共处，甚或拥有妻室子女。他们都同普通百姓一样向归义军政府缴纳基于所请土地和按户征收的赋税，既没有成为政府的财政负担，也没有影响政府的财政收入，不曾引起世俗社会的反感。所以归义军政权对本地佛教一直持扶植、保护、利用的态度，致使这一时期的敦煌佛教获得了长足发展，而归义军政权也由于博得了僧尼的支持更趋巩固。