清初由于沿海的福建、广东、浙江、江苏等地，曾是明末残余势力南明福王、鲁王和唐王政权活动中心，他们的部属长期在沿海地区不断袭击清军。尤其是郑成功的水军对清朝政府威胁最大。迫于这种形势，清朝政府在顺治十二年(1655年)发布禁海令：海船除给有执照许令出洋外，若官兵人等擅造两桅以上大船，将违禁货物出洋贩卖番国，并潜通海贼，同谋结聚，及为向导，劫掠良民；或造成大船，图利卖与番国；或将大船赁与出洋之人，分取番人货物者，皆交刑部分别治罪。至单桅小船，准民人领给执照，于沿海附近处捕鱼取薪，营汛官兵不许扰累。其实这禁令并不严格，只是禁止私自出海，凡领得执照的可以出洋或在沿海捕鱼取薪。并谕令，凡私自下海将粮食货物与逆贼交易者，就得处斩。顺治十三年又严申：凡沿海地方口子，处处严防，不许片帆入口。
　　顺治十八年(1661)后，为了进一步禁海，又下令强行迁海：迁沿海居民，以垣为界，三十里以外，悉墟其地。康熙三年(1664年)又令再徙内地五十里。康熙十八年(1679年)在福建上至福宁下至诏安，赶逐百姓重入内地，或十里或二十里。上述18年中先后三次推行迁海，遍及山东、江苏、浙江、福建、广东五省沿海，以闽、广受灾最为严重。从沿海二三十里至上百里内居民，必须全部内迁，除随身可带之物外，一般沉重物品和房屋等一律烧毁。造成沿海地区一座座村庄被焚毁，大片大片农田和盐场被荒废，使之成为荒无人烟的空白地带。直到康熙二十二年(1683年)清政府统一了台湾之后，才废除迁海令，使沿海人民重返家园，陆续恢复旧业。
　　严厉的海禁使正常的海上交通被断绝了，沿海市舶机构实际等于罢废了。特别是市场流通阻塞，外国银元停止流入，造成白银货币严重短缺。有官员在奏疏中记述了海禁前后的变化：犹记顺治六、七年间，彼时禁令未设，见市井贸易咸有外国货物，民间行使多以外国银钱，因而各省流行，所在皆有。自一禁海以后，此等银钱绝迹不见一文。
　　海禁虽严，但海外贸易依然尚存。首先是正常朝贡贸易还在进行，主要是对琉球、暹罗。顺治三年(1646年)琉球就来朝贡，顺治十一年(1654年)规定朝贡两年一次，由福建福州进口。而暹罗于顺治九年(1652年)开始来清入贡，康熙四年(1665年)议定三年一贡，由广州为其进出口岸。这类朝贡贸易毕竟有限。其次是通过澳门进行转口贸易，因澳门为葡萄牙所占，经葡萄牙与清政府多次交涉，清廷于康熙十七年(1678年)准许开放广东和澳门的商路，这样内地商货部分可以经陆路运到澳门再转口运往海外。再有就是民间走私贸易，任何时候都会有人冒险违禁出海，高额的利润吸引那些富商孤注一掷，小商小贩和平民百姓为了生计也会去冒险。待开禁后连康熙本人也承认：“向虽严海禁，其私自贸易者何尝断绝。”
　　海禁期间，海外贸易最为活跃的是郑成功在沿海经营的通洋裕国，以商养兵的活动。清朝政府实行严厉的海禁和迁海政策，主要是为了对付郑成功在沿海的活动，未料收效甚微，适得其反，反而促使郑成功在海外贸易方面得到更大的发展。清时有人就说：我朝严禁通洋，片板不得入海，而商贾垄断，厚赂守口官兵，潜通郑氏，以达厦门，然后通贩各国。凡中国各货，海外皆仰资郑氏。于是，通洋之利，惟郑氏独操之，财用益饶。说明实行海禁后，国内商贾仍以重金贿赂官兵，暗通郑成功，由厦门通贩各国；而外国所需中国货，亦都靠郑成功商船提供，这样郑成功商贸集团反而成了国内、国外相互沟通的中间商了。
　　郑成功之所以能坚持长期反清复明活动，他能积极从事海外航运贸易，从经济、物质方面得到支持，也是一个重要原因。他利用地区差价，进行长途贩运，赚取高额利润。他的船队主要去日本和南洋各国，往往根据当时市场行情变化和军需物资来调整变化航线。其航线除了直达外，还有三角航线。如从厦门装载生丝、丝绸等物资先运往南洋地区换取香料等，再运往日本，从日本运回黄金、铜和军器等。他拥有约70艘船，每年可获利约有234万～269万两白银。郑成功拥兵约18万人，军饷开支约需360万两，其海外贸易的收入约占他全部支出400万两的62％左右。厦门港经他开发后，已成为对东南亚地区贸易的周转中心了。
　　顺治十八年十二月(1662年年初)，郑成功进军台湾，一举赶走了荷兰人，收复了祖国宝岛台湾。收复台湾不久，郑成功病逝了。他是杰出的民族英雄，是开发台湾的先行者。此后其子郑经继承父业，他们的海外贸易得到更大发展。台湾土产和砂糖均由他们外销，仅砂糖年产就有200万斤以上，还有鹿皮约10万张，出口量大为增长。最后于康熙二十二年(1683年)台湾为清军收复，方才结束郑氏海外贸易活动。郑成功发展海外贸易为发展当时的海上交通，促进中外物质文化交流，还是起了一定的积极作用的。
　　清政府收复台湾后，第二年就开禁了。其后，康熙五十六年(1717年)因惧外出华人聚集反清，便又一次实行海禁，不过这次只是禁内不禁外，受害的是，国内航运者，使地狭人稠的福建沿海居民深受其苦。雍正五年(1727年)便宣布解禁了。清初两次海禁，共39年，虽对发展海外贸易造成很大损失，但比起明代来说，大有进步。就在康熙二十三年(1684年)开禁的同时，便在上海、宁波、厦门、广州设立了江海、浙海、闽海、粤海四关，以海关替代了以往的市舶机构。自此沿海海上贸易很快有了较大恢复和发展，沿海港口广州、潮州、厦门、宁波、乍浦、上海等港都有显著发展；甚至北方的天津、牛庄等港也新兴起来，只是还没有直接外贸交往。清初海外贸易随着开禁，又有了新的发展。